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巴基斯坦涉嫌以幫助恐怖主義組織的方式支持恐怖主義。該國經常受到許多國家的指控，包括其鄰國阿富汗[1]、印度、伊朗[2]以及美國[3][4]、英國、德國[5][6]和法國[7][8]，稱其牽涉進其所在南亞地區及之外的各種恐怖活動[9][10]。西方媒體和美國國防部長[11][12][13]將巴基斯坦西北部的阿富汗-巴基斯坦邊境部落地區稱為恐怖分子的溫良避風港，而印度則指控巴基斯坦對查謨和克什米爾地區的武裝叛亂提供財政和軍備上的支持以延續其叛亂活動[14][15]，同時派遣受過國家訓練的恐怖分子越過控制線和法理上的印巴邊境，在相應的印控克什米爾和印度本土地區發動襲擊[16][17][18][19][20]。據布魯金斯學會薩班中東政策中心在2008年發表的一項分析稱，巴基斯坦「可能是除了伊朗之外最活躍的恐怖組織贊助者......他們支援對美國構成直接威脅的組織。巴基斯坦的頻繁介入已在該地區造成數千人死亡；這些年來，儘管國際社會多次發出嚴厲警告，但巴基斯坦仍然在支持好幾個恐怖組織[21]。」中東政策中心恐怖主義與安全教授兼高級分析師丹尼爾·拜曼也寫道：「巴基斯坦可能是2008年裡最積極的恐怖主義支持者[22]。」2018年，巴基斯坦前總理納瓦茲·謝里夫暗示巴基斯坦政府（參見建制派 (巴基斯坦)）參與進了2008年由巴基斯坦伊斯蘭恐怖組織虔誠軍發動的孟買襲擊事件[23]。2019年7月，巴基斯坦總理伊姆蘭·汗在對美國進行正式訪問時，承認在巴基斯坦領土內大約有30000至40000名武裝恐怖分子存在。他進一步表示，在反恐戰爭的過去15年裡，前幾屆政府一直在隱瞞這一事實，尤其是對美國[24]。
美國在其恐怖主義支持國名單中稱巴基斯坦為「恐怖分子的避風港」——在該國，由於政府管理不當抑或政治上的意願不夠堅定（也可能兩者兼有），恐怖分子個人和組織能夠組織、計劃、籌集資金、溝通、招募、訓練、過境和在相對安全的情況下開展活動[25][26]。奧薩馬·賓·拉登，蓋達組織的頭目，也是2001年911襲擊事件的幕後策劃者，被美國海軍海豹突擊隊在海神之矛行動中擊斃於其住宅內，地點就是在巴基斯坦開伯爾-普赫圖赫瓦省阿伯塔巴德的軍事學院附近[27][28][29][30]。
1993年，美國國務卿將巴基斯坦列入了多次為國際恐怖主義行為提供支持的國家名單（直到後來因其成為反恐戰爭重要盟友的一員而將其剔除）[3]。事實上，許多人認為，巴基斯坦在反恐鬥爭中一直扮演雙面人的角色，一面展現出幫助遏制恐怖活動，另一面則助長恐怖活動[31][32]。巴基斯坦記者艾哈邁德·拉希德和作家泰德·蓋倫·卡彭特指控巴基斯坦三軍情報局向塔利班[33]和克什米爾的恐怖分子提供幫助[34]。
作家戈登·托馬斯稱，在幫助抓捕蓋達組織成員的同時，巴基斯坦「仍然支持印度查謨和克什米爾邦的恐怖組織，對他們提供資金、訓練和軍備來達到對印度進行消耗戰的目的」。記者史蒂芬·施瓦茨指出，有好幾個恐怖分子和犯罪集團「得到了巴基斯坦軍隊高級官員、該國三軍情報局情報機構和其他武裝單位的支持」[35]。卡托研究所國防和外交政策研究高級研究員泰德·蓋倫·卡彭特說：「如果沒有伊斯蘭瑪巴德政府的積極支持，那麼塔利班能不能在阿富汗上台掌權就要劃個問號。巴基斯坦當局在1990年代中期為該民兵組織提供資金和軍事裝備上的幫助，而當時塔利班只是阿富汗內戰中幾個相互競爭的派別之一。伊斯蘭瑪巴德直到美國在911事件發生後向其施以巨大外交壓力之時，才開始切斷和塔利班的政治與財政上的聯繫。但即使是到現在，也不確定巴基斯坦情報部門的主要成員是否已經拋棄了他們的塔利班客戶。
巴基斯坦領導人並不單單只在阿富汗這一個地方和恐怖分子客戶眉來眼去，該國甚至還援助過克什米爾的對平民採取過恐怖行動的反叛武裝團體。而開在巴基斯坦的由沙特人資助的極端主義宗教學校的數目也多得不成比例[36]。」巴基斯坦前駐美大使海珊·哈卡尼曾表示，巴基斯坦支持恐怖主義[37]。
作者丹尼爾·拜曼說：「巴基斯坦可能是當今最積極的恐怖主義支持者。[22]」他在《澳大利亞人報》發表的一篇文章中寫道，「隨著孟買的恐怖屠殺的發生，巴基斯坦現在可能是恐怖主義的最大支持國，甚至超過了伊朗，但它從未被美國國務院列為恐怖主義的支持國。[38]」
巴基斯坦前總統佩爾韋茲·穆沙拉夫承認，他的部隊訓練激進組織在印控克什米爾與印度作戰[39]。他承認，政府對此「視而不見」，因為想迫使印度走上談判桌，並讓國際關注這個問題[39]。他還表示，2001年後，三軍情報局的巴基斯坦間諜培養了塔利班，因為卡爾扎伊的政府不是由該國最大的民族普什圖族來主導，主要成員是一些被指偏袒印度的官員[40]。
三軍情報局經常被人指控參與進了橫跨印度各地的重大恐怖襲擊事件，包括克什米爾的恐怖襲擊[42][43]、2006年7月的孟買火車爆炸案[44]、2001年印度議會襲擊事件[45]、2006年瓦拉納西爆炸案[46]、2007年8月的海得拉巴爆炸案[47][48]和2008年11月的孟買襲擊[49][50]。
三軍情報局還被人指控支持塔利班部隊[51]並招募和訓練聖戰士[51][52]去阿富汗[53][54]和克什米爾作戰[54]。美國情報機構根據截獲的通訊資料得出結論，巴基斯坦的三軍情報局是2008年7月7日襲擊印度駐喀布爾大使館的幕後黑手，而印度和阿富汗政府此前也提出過這一指控[55]。
據信，巴基斯坦的情報機構，也就是三軍情報局，正在幫助這些聖戰組織消滅被他們視作敵人或阻礙其行動的勢力，包括印度、俄羅斯、中國、以色列、美國、英國和北約其他成員國[56][57]。來自美國聯邦調查局的衛星圖像[58]表明巴基斯坦存在多個恐怖分子營地，至少有一名武裝分子承認他是在該國接受訓練，是涉及到部分正在發生的克什米爾爭端，其中巴基斯坦被指支持分離主義民兵[59]。許多無黨派消息人士認為，巴基斯坦軍方和三軍情報局的官員同情並幫助伊斯蘭恐怖分子，稱「三軍情報局向活躍在克什米爾的恐怖組織，包括蓋達組織的附屬機構穆罕默德軍，提供了雖秘密但記錄詳盡的支持」[60]。
阿富汗總統哈米德·卡爾扎伊經常重申其指控稱，武裝分子在巴基斯坦開設訓練營，並將巴基斯坦當作發射平台來攻擊阿富汗境內的目標。他還敦促西方的軍事盟友瞄準鄰國巴基斯坦的極端分子藏身處[61]。針對躲藏在巴基斯坦山中部落地區的阿富汗武裝分子，美國和巴基斯坦同意讓美國無人機在巴基斯坦境內實施空襲[62]。
關塔那摩灣拘留營的幾名被拘留人員告訴美國審訊人員稱，他們得到了三軍情報局的幫助，在有爭議的克什米爾地區發動襲擊[63][64][65][66]。
巴基斯坦被人指稱為恐怖組織的避風港，包括以下組織：
- 蓋達組織[67]
- 奧馬爾軍[68]
- 虔誠軍 (LeT)[69]
- 穆罕默德軍 (JeM)[69]
- 先知同伴護衛[70]
- 正義之軍[71]
- 巴德爾組織[72]
- 伊斯蘭聖戰者組織[70]
- 伊斯蘭國-呼羅珊省[73]
儘管巴基斯坦否認為任何恐怖組織提供安全庇護[74]。已有一些恐怖分子營地設在巴基斯坦的例子，如：
- 2009年6月，印度陸軍參謀長迪帕克·卡普爾將軍在與美國國家安全顧問吉姆·瓊斯會面時聲稱，巴基斯坦是43個「恐怖分子營地」的所在地[75]。
- 許多克什米爾團體還將其總部設在巴基斯坦控制的克什米爾，印度政府認為這是進一步的證據。
- 巴基斯坦社會中有公開招募恐怖分子以及為其籌款的現象[72]。
查謨和克什米爾解放陣線公開承認，仍有3000多名來自不同國家的武裝分子正在接受訓練[76]。
穆罕默德軍指出巴基斯坦軍方和三軍情報局都有同情和幫助伊斯蘭激進分子的人員，並補充說「三軍情報局向活躍在克什米爾的恐怖組織，包括穆罕默德軍，提供了秘密但記錄很詳細的支持」。其他消息源也贊同這一點[60]。巴基斯坦否認與克什米爾的恐怖活動有任何牽連，稱其只是為所謂的「分離主義」團體提供政治和道義上的支持。許多克什米爾團體還將其總部設在巴基斯坦控制的克什米爾，這被印度政府當作進一步的證據。
因巴基斯坦對其與阿富汗的邊界控制不力，再加上其對被聯合國認定為恐怖分子的塔利班領導人的活動不施以限制，一向沉默寡言的聯合國組織（UNO）也公開向其施壓[77][78]。
巴基斯坦前總統佩爾韋茲·穆沙拉夫承認，巴基斯坦在20世紀90年代支持和訓練虔誠軍(LeT)等恐怖組織在克什米爾開展武裝行動[79]。從1979年起，巴基斯坦就開始支持宗教激進主義[80]。他還說「包括哈菲斯·薩伊德和拉赫維在內的克什米爾自由戰士當時是我們的英雄。我們訓練了塔利班，派他們去對抗蘇聯。塔利班、哈卡尼、奧薩馬·賓·拉登和扎瓦希里當時（蘇阿戰爭期間）是我們的英雄。後來他們變成了惡棍」[80][81]。
根據佩爾韋茲·侯德胡伊的說法，「賓拉登是只巴基斯坦軍隊一直在看守著的『金鵝』。但現在，讓他們惱火的是，這隻金鵝就在他們眼皮子底下被偷走了。在這之前，他們的想法是在合適的時間以合適的價格賣了這隻鵝，要麼換來美元，要麼換來政治讓步」[82]。
據稱，巴基斯坦還要對2001年入侵阿富汗時撤離了被北約部隊包圍的大約5000名塔利班和蓋達組織高層領導人一事負責。此事被稱為昆都士空運，也被大眾稱為「邪惡空運」，涉及到多架巴基斯坦空軍運輸機，這些運輸機在數日內曾多次出動。然而，這些說法的可靠性受到了五角大樓的質疑。美國和巴基斯坦都否認發生過任何此類空運事件。參謀長理察·邁爾斯將軍稱，昆都士機場已因美國的襲擊而「癱瘓」。儘管機場的一部分還能用，但跑道不夠長，無法讓運輸機起降。美國國防部長唐納德·拉姆斯菲爾德也稱，他沒有收到任何報告能夠證實這些稱飛機進出過該市的說法。他還說，他對這些說法表示懷疑[83]。根據美國反恐協調員辦公室在2001年發表的一篇題為「國家支持的恐怖主義概述」的文章的說法，「在南亞，美國越來越對巴基斯坦支持活躍在克什米爾的恐怖組織和恐怖分子，以及其對塔利班的尤其是在軍事上的支持的有關報道表示關注，他們塔利班繼續包庇恐怖組織，包括蓋達組織、埃及伊斯蘭聖戰組織、伊斯蘭集團和烏茲別克斯坦伊斯蘭運動[84]。」據報道，2011年時，美軍從阿富汗的塔利班叛亂分子手中繳獲了巴基斯坦的軍用物資[85]。
批評人士指控巴基斯坦的軍方和安保機構保護奧薩馬·賓·拉登，直到他被美軍發現並被擊斃[86]。這一問題可能會惡化美國與巴基斯坦的關係[87][88]。賓拉登是在他位於巴基斯坦阿伯塔巴德已經住了五年多的住所里被殺的[89]。這是一所豪華的大院[90]，距離首都伊斯蘭瑪巴德不到100公里的車程，可能是專門為賓拉登建造的[91]。該座大院位於巴基斯坦軍事學院西南方1.3公里（0.81英里）處，這是一所著名的軍事學院，可與英國的桑德赫斯特和美國的西點軍校相提並論[92]。巴基斯坦總統扎爾達里否認了他的國家的安全部隊有為奧薩馬·賓·拉登提供庇護的可能性[93][94]。
史蒂夫·科爾表示，截至2019年，沒有直接證據表明巴基斯坦知道賓拉登在阿伯塔巴德的存在。從阿伯塔巴德大院繳獲的文件普遍顯示，賓拉登對與巴基斯坦情報部門和警察的接觸持謹慎態度，特別是考慮到巴基斯坦在哈立德·謝赫·穆罕默德的落網中起到的作用。根據科爾的說法：「中央情報局和其他歐巴馬政府官員表示，他們沒有證據——沒有截獲的信息，也沒有來自阿伯塔巴德的未公開文件表明——卡亞尼或帕夏或任何其他三軍情報局官員知道賓拉登的藏身之處。考慮到2011年美國國家安全官僚機構普遍存有對巴基斯坦的敵意，如果美國擁有如此確鑿的證據，那麼幾乎肯定會被捅出來[95]。」巴基斯坦則採取行動搗毀了為美國人帶路報信的網絡，作為對美國揭露賓拉登藏身之處的回應[96]。
除了賓·拉登和哈立德·謝赫·穆罕默德之外，拉姆齊·本·希布赫、阿布·祖拜達、阿布·萊斯·利比和謝赫·薩伊德·馬斯里都在巴基斯坦境內被俘或被殺[97]。
虔誠軍在1990年代時就開始在印控克什米爾地區展開活動。該組織在三軍情報局和巴基斯坦軍隊的幫助下，積極從巴基斯坦一側派遣武裝分子滲透控制線，開展破壞活動[98]。巴基斯坦陸軍和三軍情報局長期以來都覺得虔誠軍是該國最可靠的對抗印度的代理人，且在這一方面仍有利用價值，或許還能當作談判桌上的籌碼[99]。
公眾普遍認為激進組織虔誠軍該為2008年11月的孟買襲擊事件承擔責任，而美國對其創始人哈菲斯·穆罕默德·薩伊德開出了1000萬美元的懸賞。薩伊德現在是達瓦慈善會組織的負責人，一般認為該組織是用來掩蓋虔誠軍的門面組織[100]。2001年的印度議會襲擊事件發生後，虔誠軍被指控為幕後黑手，因此其在2002年被巴基斯坦取締。而達瓦慈善會目前被美國、歐盟、印度和俄羅斯列為恐怖組織並加以禁止。2014年6月，華盛頓宣布達瓦慈善會是虔誠軍的附屬機構，並宣布懸賞資金買下其政治部負責人、薩伊德的姐夫阿卜杜勒·拉赫曼·馬基的人頭[101]。虔誠軍的領導人、據稱是2008年孟買襲擊的策劃者扎基爾·雷曼·拉赫維被巴基斯坦釋放，引起了印度的譴責[102]。
達瓦慈善會定期舉行大規模的政治和宗教集會[103]，倡導在克什米爾進行聖戰。巴基斯坦在其2014年12月的集會上派出了兩列專列將人群運送到拉合爾[104]。印度外交部稱這「無異於是將恐怖主義和恐怖分子主流化」[105]。集會在巴基斯坦的國家紀念建築——決議日紀念塔附近舉行，並提供了4000名警察作為安全保障。達瓦慈善會還為其反印度和支持聖戰的運動索要捐款[101]。
巴基斯坦還被人指控向塔利班提供援助，如人權觀察稱：「其中包括為塔利班籌集資金、資助塔利班的行動、作為塔利班在事實上的駐外使者提供外交支持、為塔利班戰士安排訓練計劃、招募新老人力去塔利班軍隊服役、策劃和指揮進攻、提供和幫助彈藥及燃料的運輸，還有的時候似乎是直接提供戰鬥支持」[106]。美國在2008年時曾表示，對美國的下一次襲擊可能會來自巴基斯坦[107]。
美國前參謀長聯席會議主席麥可·馬倫稱哈卡尼網絡是「巴基斯坦三軍情報局名副其實的左膀右臂」[108]。馬倫說，該國主要情報機構三軍情報局正在支持哈卡尼網絡，該組織被指控要為2011年9月襲擊美國駐喀布爾大使館[109][110]以及同月造成77名聯軍士兵受傷、5名阿富汗平民死亡的北約卡車爆炸事件負責[111][112][113]。
美國和北約駐阿富汗部隊高級指揮官約瑟夫·安德森中將在五角大樓主持的阿富汗視頻簡報中說：「利劍行動有助於削弱哈卡尼網絡在阿富汗領土發動襲擊的能力」。他還補充說，哈卡尼網絡現在也已支離破碎[114]。
巴基斯坦總理國家安全和外交事務顧問薩爾塔傑·阿齊茲在2014年11月接受烏爾都語BBC採訪時表示[115]，巴基斯坦不應該針對像阿富汗塔利班和哈卡尼網絡這樣的武裝分子，因為他們對巴基斯坦的安全沒有威脅[116][117]。在巴基斯坦議會對此言論提出質詢後，巴基斯坦外交部澄清說，這一聲明[118]是在歷史背景之下發表的[119][120]。
巴基斯坦過去曾因被指控反恐不力而受到國際孤立的威脅。原定於2016年在伊斯蘭瑪巴德舉行的南盟峰會在遭到印度、阿富汗、孟加拉國和不丹這四個國家的抵制後被取消[121][122][123]。巴基斯坦因涉嫌洗錢和資助恐怖主義而被列入反洗錢金融行動特別工作組灰名單，這使得該國難以從國際貨幣基金組織、世界銀行亞洲開發銀行和歐盟等國際機構獲得財政援助[124]。
美國國家安全顧問詹姆斯·洛·瓊斯過去曾向巴基斯坦發信稱無法接受對恐怖主義的雙重標準[125]。
2016年9月時，美國眾議院反恐小組委員會主席、來自德克薩斯州的眾議員泰德·波伊和來自加利福尼亞州的達娜·羅拉巴赫在美國眾議院提出一項法案，要求將巴基斯坦定為「支持恐怖主義的國家」。這項名為HR 6069的法案[126]要求美國總統在90天內發布一份報告，詳細說明巴基斯坦在支持國際恐怖主義中起到的作用，然後由美國國務卿進行討論。泰德·波伊在一份聲明中說，巴基斯坦不僅不是一個值得信任的盟友，而且還幫助和教唆了美國的敵人。他稱2016年烏里襲擊事件是「長期以來巴基斯坦支持『聖戰』恐怖組織並為其行動提供空間的這種不負責任的政策所導致的最新的一起後果」[127][128]。而美國參議員約翰·麥凱恩則表示該法案不會通過，並指出該法案是由國會內部少數人推動的。麥凱恩還承認巴基斯坦在反恐鬥爭中也蒙受了損失[129]。
2017年，美國總統唐納·川普指責巴基斯坦為塔利班等組織提供「庇護」。由於巴基斯坦在支持美國南亞戰略方面「缺乏果斷行動」，2018年1月美方取消對巴基斯坦的軍事援助項目。這是美國先前宣布暫停對巴安全援助的一部分[130]。
2010年7月時，英國首相戴維·卡梅倫指控巴基斯坦政府採取雙重標準：「我們無論如何都不能容忍有這樣的想法——讓這個國家腳踏兩條船，並且讓它能夠以某種方式幫助恐怖活動輸出到無論是印度，還是阿富汗，還是世界其他的哪個地方。」然而，與卡梅倫首相同行的英國外交大臣威廉·黑格澄清了卡梅倫的言論說：「他並沒有指控任何人從事雙重交易。他也在說巴基斯坦在打擊恐怖主義方面取得了很大進展。巴基斯坦本土當然也發生過許多恐怖主義暴行[131]。」卡梅倫的言論引發了其與巴基斯坦的外交爭端，巴基斯坦的許多官員和政界人士強烈批評他的言論，對其進行撻伐[132]。2010年12月，他在阿富汗訪問期間想要訪問巴基斯坦來緩和雙方關係。但巴基斯坦拒絕了他的訪問，明顯是因其言論而對他冷落[133]。
美國情報官員聲稱，巴基斯坦的三軍情報局為2008年印度駐喀布爾大使館爆炸案提供了支持[134]。他們說，協助襲擊的三軍情報局官員並非組織的內鬼，表明他們的行動可能得到了上級的授權。這次襲擊是由賈拉魯丁·哈卡尼實施的，西方情報機構稱其組織的地下網絡要對阿富汗各地的暴力活動負上責任，包括印度大使館爆炸案和2008年喀布爾塞雷納酒店襲擊事件[134]。加拿大公民和移民部長克里斯·亞歷山大在2014年時稱巴基斯坦是支持威脅世界安全的恐怖主義的國家[135]。
《衛報》針對阿富汗戰爭文件洩露事件作出的回應中對巴基斯坦支持恐怖主義的指控有截然不同的看法。迪克蘭·沃爾什在2010年7月25日星期日時表的一篇文章指出：「儘管這些情報文件的細節令人瞠目結舌，但它們大多是由初級官員依賴線人和阿富汗官員來整理出來的，未能為三軍情報局的同謀行為提供令人信服的確鑿證據。大多數報告都含糊不清充滿了不一致的細節，抑或是粗製濫造的。相同的人物——著名的塔利班指揮官、著名的三軍情報局官員——和相同的場景反覆出現。而且這些報告中預測的事件最後幾乎沒有發生的。一位退休的美國高級軍官說，一般都認為基層的報告是『謠言、胡說八道和二手信息』的混合體，會在向上級指揮部門傳遞的過程中被扔掉[136]」。
在阿富汗政府開始公開指控巴基斯坦利用其三軍情報局的間諜網絡幫助塔利班和其他武裝分子之後，阿富汗與巴基斯坦的關係變得更加緊張了。巴基斯坦通常都會否認這些指控，但其過去曾表示其無法完全控制三軍情報局的活動。有許多關於阿富汗與巴基斯坦小規模衝突的報道，這種衝突通常發生在軍隊士兵緊急追捕來回越境的叛亂分子時。這導致了兩國之間的關係緊張，尤其是在聽到有平民傷亡的報告後[137]。
奧薩馬·賓·拉登於2011年5月在巴基斯坦被擊斃後，許多阿富汗知名人士開始遭到暗殺，其中包括穆罕默德·達烏德·達烏德、艾哈邁德·瓦利·卡爾扎伊、揚·穆罕默德·汗、古拉姆·海德爾·哈米迪、布爾漢努丁·拉巴尼等人[138]。同年，阿富汗與巴基斯坦的小規模衝突開始加劇，以巴基斯坦為基地的哈卡尼網絡在阿富汗各地發動了多次大規模襲擊。這使得美國警告巴基斯坦可能對聯邦直轄部落地區的哈卡尼網絡成員採取軍事行動[139]。美國指責巴基斯坦政府——主要是其軍隊和三軍情報局間諜網絡，是這一切的幕後黑手[140]。
「巴基斯坦政府，尤其是其軍隊和三軍情報局，當他們選擇使用暴力極端主義作為施政的工具時，傷害的不僅僅是我們戰略夥伴的前景，還有他們自身成為一個受人尊重並且有正當的地區影響力的國家的機會。他們可能以為通過用這些代理人能夠兩邊倒下賭注或者糾正他們認為的不平衡的地緣勢力，但實際上，他們已經輸掉了這場賭注[141]。」
美國駐巴基斯坦大使卡梅隆·芒特爾告訴巴基斯坦廣播電台說：「幾天前在喀布爾發生的襲擊是哈卡尼網絡干的。有證據表明哈卡尼網絡與巴基斯坦政府有關係。這種事情必須要叫停[142]。」其他的美國高級官員，如希拉蕊·柯林頓和萊昂·帕內塔也發表了類似的聲明[140][143]。儘管如此，阿富汗總統哈米德·卡爾扎伊仍將巴基斯坦稱為阿富汗的「孿生兄弟」[144]。這些在外交談判中的言辭意味著阿富汗不會為了取悅他人而與巴基斯坦為敵。而這兩個國家現正共同努力，為影響它們的問題找到解決方案——包括可能的國防合作和情報共享，以及進一步加強雙邊貿易和「取消外交護照持有人的簽證要求，來方便兩國外交官免簽旅行」[145][146]。
在2017年5月喀布爾襲擊事件發生後，阿富汗國家安全局聲稱這次爆炸是由阿富汗叛亂組織哈卡尼網絡策劃的，並重申指控稱這些成員有在邊境另一側的巴基斯坦出現和受其支持[147]。阿富汗總統阿什拉夫·加尼表示，巴基斯坦煽動了一場對該國的「未宣戰的侵略」[148]。巴基斯坦外交部發言人納菲斯·扎卡里亞否認阿富汗的指控，稱其「毫無根據」[149]。
《華盛頓郵報》稱，2021年塔利班攻勢「與巴基斯坦有著千絲萬縷的聯繫」[150]。據《紐約時報》報道，「阿富汗部落領導人表示，巴基斯坦軍方帶領一眾新戰士從巴基斯坦境內的避難所大浪般涌過邊境」[151]。
儘管塔利班重建了阿富汗伊斯蘭酋長國，然而在巴基斯坦塔利班問題日益嚴重和兩國在杜蘭線邊界發生武裝衝突之後，雙邊關係急劇惡化，雙方互相指責對方支持恐怖主義[152]。在巴基斯坦軍方指責阿富汗人參與香拉爆炸之後。阿富汗國防部發言人赫瓦里茲米在社交平台X上發布聲明稱：「巴基斯坦軍方發言人最近的說法是不負責任的……將此類事件歸咎於阿富汗是企圖轉移人們對真相的注意，我們堅決反對這種做法。」他還表示，阿臨時政府有很多證據表明「達伊什」（Daesh，即伊斯蘭國）成員在巴基斯坦策劃恐怖活動並襲擊阿富汗境內目標[153]。
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巴基斯坦政府被人指控援助在其境內活動的恐怖組織來襲擊鄰國印度。巴基斯坦否認所有指控，稱這些活動並非是由國家的政府所施行[154][155]。
印度聲稱2008年孟買襲擊事件來自於巴基斯坦，襲擊者與一名巴基斯坦上校及其他一些在巴基斯坦的操控人員有聯繫。參與孟買襲擊的案犯大衛·黑德利的證詞指出，三軍情報局大量涉入虔誠軍的活動，包括這次孟買襲擊[156]。這導致聯合國禁止虔誠軍這一組織，而巴基斯坦政府尚未執行該禁令[157][158]。
2006年4月5日，印度警方逮捕了六名伊斯蘭武裝分子，其中包括一名幫助策劃瓦拉納西爆炸事件的神職人員。據信該神職人員是被取締的南亞伊斯蘭激進組織伊斯蘭聖戰運動的一名指揮官，並且其與三軍情報局有聯繫[159]。
巴基斯坦否認參與進了克什米爾的激進活動，儘管其總統阿西夫·阿里·扎爾達里在2010年7月時[160]承認激進分子是由過去的政府「作為實現某些短期的戰術上的目標的政策」所「故意製造和培養」的，並表示他們在九一一之前都是「英雄」。
2010年10月時，巴基斯坦前總統、前巴基斯坦陸軍司令佩爾韋茲·穆沙拉夫透露，巴基斯坦武裝部隊訓練激進組織在克什米爾與印度軍隊作戰[161]。許多被美國認定為恐怖組織的克什米爾激進組織仍然在巴控克什米爾設有總部。印度政府將此作為巴基斯坦支持恐怖主義的進一步的證據。許多恐怖組織雖被聯合國禁止，但繼續改用不同的名稱活動。就連一向沉默寡言的聯合國也因為巴基斯坦對其與阿富汗邊境控制不力、對被聯合國認定為恐怖分子的塔利班領導人的活動不施以限制而公開向其增加壓力[77][78]。印度的聯邦和州政府都仍然在指控巴基斯坦協助好幾個被禁止的恐怖組織，包括對本國政府不滿的印度組織，比如阿薩姆邦的阿薩姆聯合解放陣線[162][來源請求]。
除了克什米爾之外，巴基斯坦還被印度指控支持其在旁遮普邦的叛亂。印度聲稱，巴基斯坦向錫克教分離主義組織提供了支持，試圖建立獨立的卡利斯坦國家[163][164]。而巴基斯坦否認了印度的所有指控。印度的一名旁遮普邦邦議員認為，巴基斯坦支持錫克教分離主義組織是為了報複印度在孟加拉國解放戰爭期間的所為[165]。巴基斯坦前陸軍參謀長米爾扎·阿斯拉姆·貝格曾在接受採訪時表示熱烈支持對印度的聖戰以及抓住時機利用卡塔普爾走廊支援卡利斯坦運動[166]。
2019年時，巴基斯坦總理公開勸阻巴基斯坦民眾不要去克什米爾進行聖戰。去了克什米爾的人會做「對克什米爾人民不義的事情」[167][168]。多年來大多數越過邊境並被印度安全部隊抓獲的巴基斯坦武裝分子發現是來自巴基斯坦旁遮普省[168]。
巴基斯坦駐達卡高級專員公署的官員被指控為被禁止的孟加拉聖戰者組織的恐怖活動提供資金和涉嫌另一起不相關的事件。孟加拉國外交部指控外交官員馬扎爾汗在達卡經營非法的印度貨幣業務，並涉嫌與武裝分子有聯繫。然而，巴基斯坦外交部堅稱針對他的指控毫無根據，並對此表示遺憾[169]。
2015年12月時，巴基斯坦決定召回第二秘書法麗娜·阿爾沙德——之前孟加拉國當局因為據稱她「向一名面臨間諜指控的疑似武裝分子提供了財政支持」而要求這名外交官離開。同樣擁有巴基斯坦國籍的孟加拉聖戰者特工伊德里斯·謝赫聲稱他從她那裡收到了錢，並與她有過一段時間的聯繫[170]。巴基斯坦外交部表示，在受到「騷擾」後已從孟加拉國撤回一名外交官。伊斯蘭瑪巴德的一份正式聲明駁斥這些指控「毫無根據」，並補充說：「媒體以虛假的指控對她發起了一場不間斷的精心策劃的宣傳運動[171]。」
- 三軍情報局在阿富汗的活動
- 印度的跨軍種情報活動
- 伊朗對恐怖主義的支持
- 以色列對恐怖主義的支持
- 卡達對恐怖主義的支持
- 沙烏地阿拉伯－美國關係#資助恐怖主義的指控
- 恐怖主義與蘇聯
- 美國對恐怖主義的支持
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