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上海交通大學醫學院位於中國上海市市中心的重慶南路，是中國一所國立醫科院校，也是中國歷史最為悠久的醫科院校之一。
聖約翰大學醫學院（1896－1952）、震旦大學醫學院（1911－1952）、同德醫學院（1918－1952）於1952年上海高等學校院系調整時合併成立上海第二醫學院。上海交通大學醫學院校徽中的「J·A·T」代表這三所醫學院。1985年，更名為上海第二醫科大學。2005年7月18日，上海第二醫科大學與原上海交通大學合併，在原上海第二醫科大學和原上海交通大學醫學院的基礎上，組建上海交通大學醫學院。
在2012年第三輪學科評估中，在全國內地高等院校評估中，上海交通大學臨床醫學位列全國第1、口腔醫學全國第2、基礎醫學全國第3，生物醫學工程第3，護理學第5，藥學第10，公共衛生與預防醫學第10。自2009年起，醫學院的國家自然科學基金數、國家三大獎數、SCI論文數在全國醫學院中均排名第一，ESI排名全國第二，僅次於北京協和醫學院（中國醫學科學院），優勢學科中以內科學（血液、呼吸、消化、風濕、心內、腎病、內分泌）、外科學（整形外科、骨科、燒傷、普外）、兒科學、口腔醫學最為出名。
