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染色質免疫沉澱-測序（英語：ChIP-sequencing，簡稱為ChIP-seq）被用於分析蛋白質與DNA的交互作用。該技術將染色質免疫沉澱（ChIP）與大規模並行DNA測序結合起來以鑑定與DNA相關蛋白的結合部位。其可被用於精確繪製任意目的蛋白在全基因組上的結合位點。在此之前，ChIP-on-chip是研究這些蛋白-DNA聯繫的最常用的技術。
ChIP-seq主要用於確定轉錄因子和其他染色質相關蛋白質如何影響表型影響機制。確定蛋白質如何與DNA相互作用來調控基因表達對於充分了解許多生物過程和疾病狀態至關重要。這種表觀遺傳信息與基因型和表達分析是互補的。 ChIP-seq技術目前主要被看作是需要雜交陣列的ChIP-on-Chip的替代品。 這必然會引入一些偏差，因為一個陣列僅限於有固定數量的探針。相反，儘管不同測序技術的測序偏差尚未完全了解，測序被認為偏差較小。
與轉錄因子和其他蛋白質直接物理相互作用的特定DNA位點可通過染色質免疫沉澱被分離出來。 ChIP產生在活體內In vivo興趣蛋白質結合的目標DNA位點文庫。 大規模平行序列分析與全基因組序列資料庫結合使用來分析任何蛋白質與DNA的相互作用模式[1]或任何表觀遺傳染色質修飾的模式。 這可以應用於一系列ChIP蛋白和修飾，如轉錄因子，聚合酶和轉錄機制，結構蛋白質，蛋白修飾和DNA修飾[2]。 作為對特異性抗體依賴性的替代方法，已經開發了不同的方法來發現基因組中所有核小體耗盡的(nucleosome-depleted)或核小體擾動(nucleosome-disrupted)的活性調控區的超集，如DNase-Seq和FAIRE-Seq。
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- ChIPBase v2.0 （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）: decoding transcriptional regulatory networks of non-coding RNAs and protein-coding genes from ChIP-Seq data. It provides the most comprehensive ChIP-Seq data set for various cell/tissue types.
- Sono-Seq，與ChIP-Seq等同但略去了免疫沉澱的步驟。
- HITS-CLIP[3][4]（亦被稱為CLIP-Seq），用於研究蛋白質與RNA而非DNA的關係。
- PAR-CLIP，鑑定RNA結合蛋白（RBPs）的結合位點另一種方法。
- RIP-Chip，same goal and first steps, but does not use cross linking methods and uses microarray instead of sequencing
- SELEX, a method for finding a consensus binding sequence
- Competition-ChIP, to measure relative replacement dynamics on DNA.
- ChiRP-Seq用於檢測與RNA結合的DNA和蛋白質。
- ChIP-exo uses exonuclease treatment to achieve up to single base-pair resolution
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