鯨頭魚目為條鰭魚綱的其中一目。其下分為5科：
- 紅口倣鯨科（Rondeletiidae）
- 鬚倣鯨科（Barbourisiidae）
- 倣鯨科（Cetomimidae）
- 奇鰭魚科（Mirapinnidae）
- 巨鼻魚科（Megalomycteridae）
鯨頭魚目
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科學分類 
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| 界： | 動物界 Animalia |
| 門： | 脊索動物門 Chordata |
| 綱： | 條鰭魚綱 Actinopteri |
| 亞綱： | 新鰭亞綱 Neopterygii |
| 下綱： | 真骨下綱 Teleostei |
| 高群： | 骨舌魚高群 Osteoglossocephalai |
| 總群： | 鯡頭魚總群 Clupeocephala |
| 群： | 正真骨魚群 Euteleosteomorpha |
| 亞群： | 新真骨魚亞群 Neoteleostei |
| 下群： | 寬鰭下群 Eurypterygia |
| 派： | 櫛鱗派 Ctenosquamata |
| 亞派： | 棘鰭亞派 Acanthomorphata |
| 類： | 棘鰭類 Acanthopterygii |
| 目： | 鯨頭魚目 Cetomimiformes |
| 科 | |
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