里昂帕爾迪厄站最初建於1859年，但僅作為一個貨運車站而存在。而當時里昂的主要客運車站是布洛托火車站（Gare des Brotteaux），該站位於里昂帕爾迪厄站北側大約一公里。1983年，隨著法國高速鐵路東南線（LGV Sud-Est）的建成通車，里昂地區的客流量大幅度增加，原有的布洛托火車站已無法滿足客流增長的需要，為此，里昂市政府動工興建了新的里昂帕爾迪厄站，而原有的布洛托火車站則成為了博物館。
里昂帕爾迪厄站位於里昂市區東側，距離里昂市政廳（Hôtel de ville）大約3公里。車站呈南北走向，東西兩側均有出入口，分別叫維萊特（Villette）和維維耶-梅爾勒（Vivier-Merle）。其中維維耶-梅爾勒一側的出口可連接附近的里昂帕爾迪厄商業區。
前往里昂讓·馬塞站（Gare de Lyon-Jean-Macé），在維維耶-梅爾勒廣場乘坐里昂地鐵B線（方向：烏蘭火車站（Gare d'Oullins）），在讓·馬塞站（Jean Macé）下車即可，大約需要15分鐘。
前往韋尼雪站（Gare de Vénissieux），在維萊特廣場乘坐里昂有軌電車4號線（T4）（方向：費贊-韋尼雪醫院（Hôpital Feyzin Vénissieux）），在韋尼雪站（Gare de Vénissieux）下車即可，全程大約需要30分鐘。
前往里昂韋斯站（Gare de Lyon-Vaise），在維維耶-梅爾勒廣場乘坐里昂地鐵B線（方向：烏蘭火車站（Gare d'Oullins）），在薩克斯-甘必大站（Saxe-Gambetta）換乘里昂地鐵D線（方向：韋斯火車站（Gare de Vaise））即可到達，此方案全程大約需要30~40分鐘。
前往里昂聖保羅站（Gare de Lyon-Saint-Paul），順著維維耶-梅爾勒大道（Boulevard Marius Vivier Merle）向北步行大約5分鐘（200米左右），在「Part-Dieu - Jules Favre」車站乘坐里昂公交C3路（無軌電車）（方向：聖保羅站（Gare Saint-Paul）），在終點下車即可，此方案全程大約需要30分鐘。
前往里昂戈爾日迪盧站（Gare de Lyon-Gorge-de-Loup），在維維耶-梅爾勒廣場乘坐里昂地鐵B線（方向：烏蘭火車站（Gare d'Oullins）），在薩克斯-甘必大站（Saxe-Gambetta）換乘里昂地鐵D線（方向：韋斯火車站（Gare de Vaise）），在戈爾日迪盧站（Gorge de Loup）下車即可，此方案全程大約需要25~35分鐘。
