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輔因子[1][2]（英語：cofactor）是生物體系中，使酶（酵素）顯現活性所需、對熱穩定、非蛋白質小分子化合物或金屬水合離子。輔因子能促進酶及反應物進入活化狀態（催化），通常作為電子、原子、某些化學基團的載體，而決定反應的性質。某些分子如水和部分常見的離子所扮演的角色和輔因子相當類似，但由於含量不受限制且普遍存在，因此不歸類為輔因子。
生物體系其他可與主要組分結合併有輔助功能的分子，如轉錄和免疫過程中的所需的輔助因子，也稱輔因子。
酶的輔因子分為兩大類：無機離子和 輔酶（複合有機分子）[3]，後者主要衍生自少量的維生素和其他有機必需營養素。
一個不含輔因子的酶稱為去輔基酶（apoenzyme），去輔基酶加上輔因子並產生完整作用時，稱為全酶（holoenzyme）：
金屬離子是常見的輔因子，這些金屬離子反映在生物必須的微量元素名單當中。例如鈣、鎂、錳、鐵、鈷、鎳、銅、鋅與鉬等。除了這些無機化學物之外，輔因子也包括一些有機物質，例如血紅素中與鐵結合的血基質。另外有些維生素也可作為輔因子，如維生素C；或是輔因子的前趨物，如維生素B1。
輔因子可分為兩大類：
有機輔因子有時進一步分為"輔酶"（coenzymes）和"輔基"（prosthetic groups）。 術語"輔酶"具體是指酶，因此是指蛋白質的功能特性。 另一方面，「輔基」強調輔因子與蛋白質（緊密或共價）結合的性質，因此是指結構性質。 不同來源對輔酶，輔因子和輔基的定義略有不同。一些人認為緊密結合的有機分子是輔酶基團，而不是輔酶，而另一些人則將酶活性所需的所有非蛋白質有機分子都定義為輔酶，並將緊密結合的有機分子分類為輔酶輔基團（coenzyme prosthetic groups）。 這些術語經常被寬鬆地使用。
在許多酶中，充當輔因子的部分是透過部分蛋白質序列的翻譯後修飾形成的。這通常取代了蛋白質功能對外部結合因子（例如金屬離子）的需求。潛在的修飾可能是芳香族殘基的氧化、殘基之間的結合、裂解或成環。[4]這些改變與其他翻譯後蛋白質修飾（例如磷酸化、甲基化或醣基化）不同，因為胺基酸通常會獲得新功能。
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