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抗藥性[1]（英語：drug resistance）又稱耐藥性[2]，是指微生物、寄生蟲及腫瘤細胞等對於藥物作用的抵抗性或耐受性，此時藥物治療疾病或改善病人症狀的效力降低。
例如當投入藥物濃度不足，不能殺死或抑制病原體時，殘留的病原體就可能具有抵抗此種藥物的能力。細菌常因抗生素產生的活性氧誘發DNA突變而造成抗藥性[3]，這種現象被稱為超突變性（hypermutability）。
抗藥性一詞等於藥物劑量失敗或藥物抵抗。抗藥性多指由病原體引起的疾病，而抗藥性則亦指因長期服藥，造成相同劑量卻不如當初有效的情況。抗藥性產生亦可能是抗生素的濫用，或未按處方服藥。
以下病原對藥物產生抗藥性的機率較高：
當中尤以抗生素耐藥性最為突出[4][5]。一些腫瘤細胞也會對抗腫瘤藥物產生抗藥性，減低化療功效。病毒，尤其是引起愛滋病的人類免疫缺乏病毒，也會對藥物產生抗藥性[6]。當使用某一種藥物，去對付某一種易發生基因突變的生物時，該生物便有可能產生基因突變，而對藥物產生抗藥性，並會把抗藥性基因遺傳給其後代，從而令新的生物個體有耐藥性[7]。
突變機率愈高的物種，發生抗藥性的機會也愈高，而哺乳類等突變機率較低的物種，則較少產生抗藥性，如老鼠一般不會對老鼠藥產生抗藥性。
通常藥效減少是因為太多物質與配體結合，導致配體敏感性下降（Desensitization）。或者因為調升與調降機制，減少了配體的數量。
藥物或令到體內的酶加速，加快了新陳代謝而藥效減少。
環境也可影響藥效。經常在某一環境，透過習慣化或古典制約方式會令身體會適應該藥物。例如嗎啡使用者若經常在同一舊房間會出現高熱反應，但當他們轉了環境，體溫卻保持穩定[8]。這也解釋一些高風險藥物使用在新環境的時條有可能發生藥物過量而致命。
細菌對抗生素（包括抗菌藥物）的抗藥性主要有4種機制：
- 使藥物分解或失去活性：細菌產生一種或多種水解酶或鈍化酶來水解或修飾進入細菌內的抗生素使之失去生物活性。例如細菌產生的β-內醯胺酶能分解β-內醯胺類抗生素的β-內醯胺環；細菌產生的鈍化酶（磷酸轉移酶、核酸轉移酶、乙醯轉移酶）使氨基糖苷類抗生素失去抗菌活性。
- 使藥物作用的靶點發生改變：由於細菌自身發生突變或細菌產生某種酶的修飾使藥物的作用靶點（如核酸或核蛋白）的結構發生變化，使抗菌藥物無法或不易發揮作用。如耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌是通過對青黴素的蛋白結合部位進行修飾，使細菌對藥物不敏感所致。
- 改變細胞特性：改變細菌細胞膜滲透性或其它特性，使抗菌藥物無法進入細胞內。
- 將藥物泵出細胞[9]：細菌產生藥泵，以主動運輸的方式將進入細胞內的藥物泵出至胞外。
具高抗藥性的病菌將使第一線醫師用藥困難。
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