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第三次鼠疫大流行（英語：Third plague pandemic），是人類歷史上鼠疫的第三次大流行，起始於1855年清朝咸豐年間的雲南，直到20世紀中葉逐漸結束[1][2][3][4][5]。此次鼠疫為腺鼠疫，於1890年代傳播到香港、廣州等地，此後逐漸傳播到世界上至少60餘個國家和地區[5]，造成疫情大流行，導致全球約1200萬至1500萬人死亡，是人類歷史上致死人數最多的流行病之一[1][3][4][6][7][8]。
此次鼠疫大流行中，印度於1898年-1908年間即有約600萬人死亡，其它較為重大的疫情包括香港鼠疫、東北大鼠疫等[3][7][9]。1894年，法國科學家亞歷山大·耶爾辛在香港首次成功分離出鼠疫桿菌（後人稱「耶爾辛氏菌」）[6][9][10]；1897年，法國猶太裔微生物學家沃爾德瑪·哈夫金發明了人類首劑鼠疫疫苗[11][12][13]。
人類歷史上第一次鼠疫大流行（開端為查士丁尼瘟疫）、第二次鼠疫大流行（開端為黑死病）曾造成歐洲人口銳減[2][14]。1855年，清朝雲南地區爆發鼠疫、成為第三次鼠疫大流行的源頭，而此前從1772年起，該地區已出現多次小規模疫情[1][2][3][5][6]。
1856年-1873年間，雲南回變，但被清軍鎮壓，與此同時鼠疫開始流行[15][16]。1882年，鼠疫傳播到廣西北海，由前往雲南地區平叛的清軍帶回[15][16]。
1894年，鼠疫傳播到了廣州和香港等地，導致大流行、造成了香港鼠疫[7]。1894年3月至6月之間，據不完全統計，廣州有約4萬人死亡[17]。1894年5月，香港成為疫區，而據英屬香港政府、《香港歷史圖說》等記載，香港地區（香港島、九龍）死亡至少2500餘人[17]。
此後，從19世紀末到中華人民共和國成立，中國大陸先後發生過六次較大的鼠疫疫情，波及20多個省（區），發病人數約115萬、死亡約100萬人[1]。其中較為重大的疫情包括東北大鼠疫、山西鼠疫、察北鼠疫等，在東三省一度出現「全村絕戶，重病必死」的情況[2][3]。清政府曾成立「京師防疫事務局」以應對東三省的鼠疫蔓延，並在山海關設立了檢驗所[3]。
此後疫情蔓延到了世界其它地區，鼠疫通過蒸汽商船由海上傳播到日本、新加坡、台灣以及印度等地，此後又傳播到里約熱內盧、夏威夷、舊金山、雪梨、開普敦等地[4][6][7]。全球至少五大洲、60多個國家和地區都爆發了鼠疫疫情，其中印度於1898年-1908年間即有約600萬人因此死亡[5][7]，其它發生疫情的地區包括：
據各方估計，此次疫情在全球範圍內共造成1200萬-1500萬人死亡，大多數集中在印度、中國以及印度尼西亞的人口密集地區，是歷史上致死人數最多的流行病之一[1][3][4][6][7][8][25]。此次疫情直到二十世紀中葉（1959年左右）才結束， 依據世界衛生組織，此後世界範圍內每年因鼠疫死亡人數最低降至約200人[7][25]。
1894年，法國科學家亞歷山大·耶爾辛前往香港調查當地鼠疫疫情，並首次成功分離出鼠疫桿菌（後人因此稱鼠疫桿菌為「耶爾辛氏菌」）[6][9][10]。他的發現及時促成了現代的鼠疫預防和治療手段，譬如殺蟲劑、抗生素以及鼠疫疫苗等[9][10]。
1897年，法國猶太裔微生物學家沃爾德瑪·哈夫金在印度孟買省發明了首劑鼠疫疫苗，隨即在當地開始了大規模接種[11][12][13]。
1898年，法國研究人員保爾–路易·西蒙德展示了跳蚤是如何作為鼠疫傳播的載體[26][27]。鼠疫常由攜帶鼠疫桿菌的跳蚤叮咬引起，而跳蚤來自於被感染的宿主（常為黑鼠）[27][28]。
1910年，東北大鼠疫期間，知名醫學家伍連德在防疫過程中扮演了重要角色，發現了旱獺在傳播鼠疫中的作用，確認了肺鼠疫由「呼吸」和「飛沫」傳播，並採取了多種防治措施在數月之內控制住了疫情[1]。1911年4月，清政府曾在瀋陽舉辦「萬國鼠疫研究會」，有11國參與、由伍連德主持，此後還在哈爾濱建立了「鼠疫研究所」、伍連德任所長[3][29]。
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