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甲烷菌(英語:Methanogen)為可行無氧呼吸作用產生甲烷的微生物,均屬廣古菌門的古菌,通常生長在厭氧的環境,如濕地沼澤、動物的消化道中與缺乏硫酸鹽的海底沉積物[1],在沼澤中可產生沼氣,在消化道則會造成打嗝與屁[2]。多數甲烷菌不能在有氧的環境中生存,巴氏甲烷八疊球菌為少數例外,因具有超氧化物歧化酶(SOD)而對氧氣的抗性稍強[3]。甲烷菌的細胞壁成分為假肽聚糖或蛋白質組成的准結晶結構[4]。
有些甲烷菌可分解有機污染物,因而被用於處理污水[5]。
以下列出部分類群的甲烷菌
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