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清廷在入關前，即根據八旗制度在蒙古建立盟旗制度。旗逐成為蒙古各部的軍事和行政單位。外藩各旗與八旗一樣，也設「固山額真」[2]，最初也稱「管事貝勒」、「執政貝勒」。1642年後，漠南蒙古各旗旗主稱呼逐漸固定為「扎薩克」[3]:16。此後，外藩蒙古一般被稱為「扎薩克旗」，此外還有錫勒圖庫倫、察罕諾門罕兩個扎薩克喇嘛旗，札薩克、掌印札薩克達喇嘛均世襲。而內屬蒙古則根據長官的不同分別稱為「總管旗」、「副都統旗」、「散秩大臣旗」幾類[4]:48[5]:53。總管旗、副都統旗亦有世襲的情況出現[6][7]。
清代時，旗長是掌管本旗政治、經濟、民事、司法權力的一旗之長[8]。旗長與都統（滿語固山額真）視同為管理地方軍政、民政的職務[1]。
外藩蒙古的札薩克由各部首領即蒙古王公擔任，多為世襲。少數由清廷勅任，稱「公中」。札薩克的任命由盟長（由各旗旗主輪流擔任，僅負責監察非行政）轉呈理藩院審查，皇帝勅許[5]:53。札薩克受當地駐防將軍、駐劄大臣的監督。實際蒙古地方行政，仍是由地方自治的扎薩克制度推動[9]:68。內屬蒙古的「總管」、「副都統」等旗主由清廷選任，大多數情況下非世襲[4]:48。「喇嘛旗」因附屬於寺廟，由藏傳佛教高僧（呼圖克圖、葛根等）擔任「掌印札薩克達喇嘛」（Jasag Terigün Lama）。掌印札薩克喇嘛在旗內兼有宗教領袖和行政首領雙重身份[10]:10。
清滅準噶爾之後，清朝得以掌握新疆地區。伊犁將軍直接管轄的察哈爾營、錫伯營、厄魯特營、索倫營設有總管[11][4]:48。新疆北部的蒙古土爾扈特部、和碩特部編立扎薩克旗。在新疆東部的哈密、吐魯番二地亦實行旗制，設有哈密扎薩克旗（哈密回王旗）、吐魯番扎薩克旗。哈密扎薩克旗由哈密札薩克和碩親王額貝都拉家族世襲執政[9]:6。乾隆十九年（1754年），清朝政府在瓜州以額敏和卓屬下的回部民眾設立吐魯番扎薩克旗。日後，額敏和卓家族的爵位——吐魯番回部札薩克多羅郡王雖承襲至民國時期。但在同治三年（1864年），因新疆地區叛亂不斷、人口流失，清朝政府在新疆地區實行改土歸流，伯克和扎薩克成為虛職。光緒十年（1884年），新疆改建行省，清朝政府廢除吐魯番扎薩克旗，額敏和卓家族統治結束。但哈密扎薩克旗直至1930年才廢除[12]:48—49。
當代研究者指出，哈密扎薩克旗、吐魯番扎薩克旗設置初期，旗下屬民（回部民眾）均為其農奴。扎薩克掌握本旗的行政、司法等權力。「生殺予奪，任旗長所為」[12]:48。
中華民國大陸時期，蒙古地區、青海、新疆的盟旗制度保留。原札薩克旗衙門改稱旗公署。札薩克的任命沿用清朝習慣。北洋政府時期，由蒙藏院轉呈大總統命令照准。國民政府時期，由蒙藏委員會轉呈行政院，最終由國民政府發布命令任命[5]:53。
1930年6月，新疆省哈密扎薩克旗的末代哈密札薩克和碩親王沙木胡索特逝世。在當地農民和駐軍支持下，省主席金樹仁廢除王爵，撤銷哈密扎薩克旗。其所屬人民、土地歸屬哈密縣以及新設的宜禾縣、伊吾縣。1938年開始，主政新疆的盛世才全面推行改土歸流。1月，正式撤銷伊犁屯墾使，原伊犁四營（察哈爾營、錫伯營、厄魯特營、索倫營）改為四設治局，八旗制度隨之消失。同時，對舊土爾扈特部、和碩特部，廢除原有盟旗制度，但仍保留盟長、固孜達（旗長）、藏根（章京，即佐領）職務，固孜達兼任區長、藏根兼任鄉長。1939年，取消全部盟長、固孜達、藏根[4]:48—51。
1945年8月，日本投降。國民政府光復內蒙古地區的失地後，恢復抗戰之前的省縣兩級行政區建制。此後，內蒙古地區的民族自治問題成為政治討論焦點。對於盟、旗及其相關定位，各方有不同觀點。1946年制憲國民大會後期，由第八審委會審議盟旗相關爭議。熱河、察哈爾、綏遠三省提交四項原則，具體操作：盟不是與省（省政府）地位等同的行政機構；縣、旗為自治單位，蒙漢共治。縣、旗內蒙古族人占3/5，漢族人占2/5，以蒙古族人為縣長或旗主持人，漢族人副之。縣、旗內漢族人占3/4，蒙古族人占1/4，以漢族人為縣長或旗主持人，蒙古族人副之。純粹漢族人之縣由漢人任縣長，純粹蒙古族之旗由蒙古族人主持旗務。省政府主席、委員、廳長則不分民族，以資歷相當者充任[13]:79。
中華人民共和國時期，旗做為行政區單位僅存於內蒙古自治區，1950年代呼倫貝爾新設三個非蒙古族的自治旗，分別是鄂倫春自治旗、鄂溫克族自治旗和莫力達瓦達斡爾族自治旗。旗（包括自治旗）屬於縣級行政區，受地級市或盟領導。目前，地方各級人民政府實行首長負責制。包括旗長在內的各級地方行政首長職責為，主持本級人民政府的工作；領導本級人民政府依法行使憲法和法律賦予的職權；召集和主持本級人民政府會議，討論決定政府工作中的重大問題[14]:62。
與縣長一樣，在中國共產黨一黨專政背景下，旗的地方行政一把手實為旗委書記。旗長黨內職務多僅次旗委書記，兼任旗委常委[14]:62（旗委副書記）。
2015年統計數據中，鄂倫春自治旗的主體民族鄂倫春族人口2733，約占人口的1.07%；鄂溫克族自治旗的主體民族鄂溫克族人口11474，約占總人口的8.21%；莫力達瓦達斡爾族自治旗的主體民族達斡爾族人口32866，約占總人口的10.30%。根據《中華人民共和國選舉法》、《內蒙古自治區各級人民代表大會選舉實施細則》，以及三個自治旗的《自治條例》規定，這三個主體民族做為自治旗法定立法主體的民族構成，在人民代表選舉中享有優待，其代表比例超過漢族和其他少數民族。三個自治旗代表大會選舉的國家機關領導人——旗長、副旗長、人大常委會主任、副主任、人民法院院長、人民檢察院檢察長，均以本旗主體民族和其他少數民族為主。其中，鄂倫春自治旗第六屆至第十一屆代表大會選舉的旗長、人大常委會主任均是鄂倫春族；鄂溫克族自治旗第六屆至第十一屆代表大會選舉的旗長、人大常委會主任均是鄂溫克族；莫力達瓦達斡爾族自治旗第六屆至第十一屆代表大會選舉的旗長、人大常委會主任均是達斡爾族[15]:20，23—24。
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