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軍艦鳥科（學名：Fregatidae）在鳥類全基因組測序分類系統上是鰹鳥目中的一個科，其下有軍艦鳥屬一屬的五種：
軍艦鳥中文名較為混亂，黑腹軍艦鳥也稱「大軍艦鳥」[1]或「小軍艦鳥」[2]，而「小軍艦鳥」又可以指白斑軍艦鳥[3]，故本文不採用大小命名。
此外，還有一屬已滅絕的始新世軍艦鳥，學名為Limnofregata，該屬軍艦鳥生活在淡水環境，不同於生活在海洋環境中的現代的軍艦鳥。
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