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頭索動物亞門（學名：Cephalochordata）是脊索動物門的一個亞門。頭索動物的脊索延伸到背神經管的前方，故名。其咽鰓裂眾多。頭索動物一般稱為文昌魚[1]，故又名狹心綱及文昌魚綱。因無真正的頭部，又稱為無頭類（Acrania）。如白氏文昌魚（Branchiostoma belcheri）。
頭索動物亞門有1個綱：頭索綱（Leptocardii）。遍布於各地淺海海域。現存大約30種。
僅有兩科：
其中偏文昌魚的顯著特點是只在身體的右側有生殖腺。
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