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台大医院器官捐赠移植程序争议是一场于2014年台北市长选举中爆发的争议事件。
台大医院创伤医学部主任医师柯文哲及其研究团队，在1998年至2006年间，应用这个技术提高器官移植手术的成功几率。因法律上有毁坏尸体争议，台大医院在2006年后暂停心跳者器官者捐赠。
在2014年台北市长选战中，柯文哲以无党籍身份参选，国民党立委苏清泉等人在立法院重新针对此项研究提出质询，认为在26例中有4例，病患并没有进行脑死判定，质疑柯文哲可能涉及强摘器官及谋杀，在台湾成为新闻焦点。
2000年，台大医疗团队在国际医学期刊《临床移植》（Clinical Transplantation）上，发表论文〈使用叶克膜支撑的无心跳腹部器官捐赠〉（Extracorporeal membrane oxygenation support of donor abdominal organs in non-heart-beating donors），柯文哲挂名为第一作者，台大医学院教授李伯皇为通讯共同作者。论文中提出新的器官移植程序，针对心跳已经停止的器官捐赠者，以叶克膜来维持捐赠者腹部器官中的血液流动，以延长捐赠器官的活性，提高器官移植手术的成功几率。
2008年，柯文哲与李志元于澄清医护管理杂志，联名发表〈无心跳者器官捐赠的法律伦理问题〉，其中提到在1998年至2006年间，台大医院共有26名器官捐赠者，在已宣告心跳停止的状况下，进行叶克膜辅助的器官移植手术，共摘取52个肾脏和1个肝脏来进行移植，所施行的器官移植手术成果良好。但因可能衍生毁坏尸体等法律争议，台大医院决定暂停执行无心跳者器官捐赠，等待国内完成相关立法后，再重新开始[1]。
2014年11月20日，国民党立委廖国栋、苏清泉，在立法院质询，声称接获两位医界大老爆料，台大医院近15年来共对26例重创患者，给降血压药及装入叶克膜，让病患心跳终止，便于进行器官摘除手术。苏清泉拿出柯文哲在2000年发表的论文作为根据，认为一般来说器官移植的手术者不会参与器官劝募和判定，所以问题出自器官劝募和死亡判定。[2][3]
苏清泉在事后宣称此次质询在事前咨询过高资敏及魏峥医师，这两位医师皆否认是由他们向苏清泉提出资料，但承认曾提供意见。高资敏及魏峥医师分别提出，在26个案例中，有4例只有判定心跳停止，无法确实判定脑死，因为相关程序需要对病患注射降血压药且装入叶克膜，批评医疗团队可能因此提前造成病患死亡[4][5]。
1987年，中华民国行政院卫生署发布脑死判定程序，作为医院判定死亡的法律根据。因应器官移植手术等医学发展所带来的伦理与法律冲击，卫生署于2004年8月9日颁布脑死判定准则，并于即日起施行。台大医院团队进行的研究在2000年之前执行，当时相关的法律规范，包括《安宁死亡条例》等，都尚在建立之中。
台北地检署表示，医院针对器官移植手术及患者脑死判别，有一套非常严谨的程序，目前看不出有何违法之处，没必要分案调查[6]。
台湾大学国家发展研究所的刘静怡教授于2015年1月21日根据《政府资讯公开法》第7、9和10条规定向台大医院申请就柯文哲、陈益祥医师等人任职期间的器官捐赠资料请求公开，其中包括：“柯文哲、陈益祥任职期间‘进行无心跳器官捐赠摘取之次数及各次日期’；‘以人为研究对象之研究(即人体试验)次数及各次进行日期’；‘以人为对象之研究(即人体试验)经研究伦理审查次数与各次日期’”，以作为促进民主参与以及学术研究之用。
嗣后遭到台大医院以对遗体的研究并不算是“以人为研究对象之研究”为主要理由拒绝，刘静怡因此提出的诉愿书，要求撤销台大医院所作的处分。[7]随后于2015年5月13日台大医院的上级机关教育部所提出的书函表示，刘静怡已依法提起诉愿，要求台大医院应该依照诉愿法的规定尽速检送诉愿书正本至教育部，并应依法答辩。[8]
而后，刘静怡不服教育部所作成的诉愿决定(驳回诉愿)，提起行政诉讼。一审台北市高等行政法院以刘静怡未能证明台大医院确实有“人体试验”的相关资讯存在，于2016年4月21日判刘静怡败诉。[9]
刘静怡不服一审法院的判决遂提起上诉，最高行政法院认为行政法院应依职权调查证据，而原判决(一审法院)并没有尽到查证是否真有“人体试验”相关的资料存在就以刘静怡未尽到举证责任而判其败诉，判决显然违背法令，因此于2016年10月13日，废弃原判决(一审判决)，发回更审。[10]
2018年12月20日，更一审法院作成判决，命台大医院应该提供属柯文哲、陈益祥“进行无心跳器官捐赠摘取之次数及各次日期”资讯之书面资料，其余的请求驳回。[11]
论文作者之一的台大心脏外科教授陈益祥表示，当年收治的心跳停止患者，都是无法判定脑死的病患，经家属同意后，才能移除呼吸器，并与脑死患者一样施打麻醉剂，主因是人在濒临死亡之际会挣扎，这属于人道考量。直到患者死亡，才装上叶克膜，打降血压药及抗凝血剂。[12][13]共同作者李伯皇教授受访时强调在器捐过程中，对于脑死判定或死亡处理均非常严格且谨慎[14]。
器官捐赠移植登录中心董事长李伯璋指出，器官捐赠过程相当严谨，术前均获家属同意。当时没有人体试验委员会的相关规定，无法以现在标准去检视论文发表的时空背景。对于“强摘器官”说法，李伯璋说，对于捐赠者都有给予麻醉药、供给氧气，使用降血压药，是为了减轻病人的痛苦。[15][12]
麻醉科医师简吉聪撰文表示根据2000年临床移植期刊里头柯文哲医师等人发表文章，开宗明义便提及使用叶克膜是针对心肺衰竭脑死病患，用以支持等待器官移植前法律鉴定程序之完成，并已获得病患家属之确认与同意。认为苏清泉刻意扭曲。[16]
前台大医院院长及前卫生署长林芳郁指出，这是卫生署的研究计划，论文审查有多层关卡，规范相当严格。前卫生署长叶金川，认为这项争议对台湾器捐的环境造成伤害。[17] [18][13]
台大妇产科名医施景中痛批苏清泉“把医学当做选举操作的工具”，要求苏委员辞去全联会理事长。台大创伤医学部整合医学科的蔡宏斌医师也站出来捍卫台大医院的清誉，反驳台大强摘器官的指控 。[19]
台南市长赖清德医师也在脸书下重话谴责苏清泉的行为是“医界之耻”。要求苏应向国人和医界公开道歉，并辞去医师公会理事长职务。[20]
网络流传一篇昵称“白猿”网友写的《我所认识的柯文哲》指控柯文哲为取得器官不择手段，对还没脑死的病患注射过量降血压药物，让病患的心脏停止跳动，然后请检察官判定死亡。[21][22]
姚立明表示，好几天前就接到这个资讯，已请李应元向检察官告发，要找出网络黑客，这是完全没属名的黑函，竟然还有立委拿这个来质询，很不道德，一个人乱写一通，就暗指柯文哲是杀人犯，选举只剩不到10天，这是低估、侮辱台北市选民，姚也说除非是连胜文办公室的人具体指控，否则若是网络黑函，不再多作说明。[23][24]。李应元在律师陪同下，到台北地检署告发PO者、昵称“白猿”的网友涉嫌诽谤及违反《公职人员选举罢免法》。[22]
柯文哲说：“选举不用选成这样，我现在真的觉得很烦，真的太没品了！[23]”文章指涉的案例他大约只有参与一半，不清楚对方是要对付他还是台大医院。若有人质疑此套保存移植器官的方法是杀人，等于指控国家医院的多名医师联合杀人。[14]
医劳盟立即在脸书发起连署，请苏清泉委员辞去医师全联会理事长，并要求医师公会全联会召开临时理事会，罢免理事苏清泉。敏盛医院神经外科主任柯绍华、奇美医院睡眠中心主任陈志金、万芳医院外科部副主任李绍榕、门诺医院心脏科医师吴静皆提出反驳。[25]
卫福部长蒋丙煌面对民进党立委管碧玲质询表示，“我当然相信台大”；次长许铭能则说，文献提到的病例距今近二十年，追查困难，脑死后器官移植会考量器官新鲜可用度，目前文献仅能看出是在患者有心跳情况下施打药物，但重要是在脑死前或脑死后施打药物，这需厘清。[25]
台大妇产科名医施景中痛批苏清泉“把医学当做选举操作的工具”，要求苏委员辞去全联会理事长。台大创伤医学部整合医学科的蔡宏斌医师也站出来捍卫台大医院的清誉，反驳台大强摘器官的指控 。[19]
前卫生署长叶金川也怒斥，这项争议短期内并不会有答案，却已经对台湾器捐的环境造成伤害，不管是捐赠或受赠器官的患者、家属都有疑虑，他气愤表示，相信选后不会再有人关心这件事。另一位前卫生署长杨志良说，目前讨论此问题不太恰当，因为会牵扯到候选人，容易流于蓝绿与情绪。新光医院心脏内科医师洪惠风引用荣总的《姜必宁教授回忆录》，说明柯文哲论文所提争议降血压药phentolamine在1972年，将老蒋从九死一生中救回来，堪称医学奇迹。洪惠风说，此案例经常被他用于教学，当做使用血管扩张剂治疗心脏衰竭的范例。[26] [27][13]
台南市长赖清德医师也在脸书下重话谴责苏清泉的行为是“医界之耻”。要求苏应向国人和医界公开道歉，并辞去医师公会理事长职务。[20]
前卫生署长涂醒哲医师说，苏清泉诬指柯文哲强摘器官如同宇昌案翻版，沦为政治的工具。[28]
国民党议员杨实秋表示，如果器官移植有违法的行为，被移送法办的可能是前几任的院长。回顾MG149事件，造成柯P政治献金破亿。用抄家灭族的方式去打，结果连胜文的民调并没有上升，因为大家认为过分了。[29]
吕秋远说：“为了一个人的选举，这样污蔑尽心尽力帮助病患与捐赠人的医师，你们适不适合当医师啊？所以我早说了，这次台北市长的选举为什么意义重大？因为我们不是选市长，是选价值观啊！”[30]
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