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内生孢子(英语:endospore,又称芽孢或内孢子)是某些特殊种群的细菌,主要是芽孢杆菌属Bacillus与梭菌属Clostridium中细菌产生的特殊休眠体,这些细菌会在缺乏养分的环境时开始进入此休眠状态,有极强的抗逆性,对热、碱、酸、高渗以及辐射均有强耐受性。通常使用的杀灭芽孢的方法为高压灭菌。普通的巴斯德消毒法无法杀灭芽孢。
这些孢子里面含有细菌的遗传物质、核糖体和大量的吡啶-2,6-二甲酸,吡啶二羧酸是一种内生孢子特有的化学物质,作用是帮助维持孢子处于休眠状态,在孢子里占了高至10%的干重。
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