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软骨硬鳞亚纲（学名：Chondrostei）又名软质亚纲，是辐鳍鱼纲的一个亚纲，同时也是辐鳍鱼纲的基干类群，保留了辐鳍鱼类的一些原始特征，如软骨脊索等。
软骨硬鳞鱼类具有骨质脑颅，但大部分是软骨质组成。上颌骨与前鳃盖骨、下眶骨固结，几乎不能活动。尾鳍为Y型或半Y型。体侧有板质硬鳞。
在不同的分类系统中，本亚纲也被称为软质总目或硬鳞总目。
本亚纲包括比耶鱼目及鲟形目等。传统分类将多鳍鱼目（Polypteriformes）归类于此，但本亚纲因而成为并系群，于是新的分类将多鳍鱼一支独立为腕鳍鱼纲，使本纲成为有效的单系群。新鳍亚纲是本亚纲的姐妹群[1][2]。
本亚纲大部分种类已经灭绝（以“†”标示），目前仅存鲟形目[1][2]。
- †比耶鱼目 Birgeriiformes
- †?软骨硬鳞目 Chondrosteiformes
- 鲟形目 Acipenseriformes
依据2017年美国学者 Betancur-R 等人修订的硬骨鱼系统发育分类，本亚纲和其他硬骨鱼的演化关系如下[1][2]：
| 有颌下门 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Gnathostomata |
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