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明朝初期沿袭元朝制度，以中书省为行政中枢，置左、右丞相。甲辰正月，初置左、右相国，其中李善长为右相国，徐达为左相国。吴元年，改右相国为左相国，左相国为右相国。洪武元年，改为左、右丞相[1]。由中书省统六部，但不设置中书令[2]。洪武十三年（1380年），胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部[3]。原中书省官属尽革，惟存中书舍人[4]。
洪武十三年，明太祖以丞相胡惟庸谋反伏诛，于是废去丞相一职，子孙不得复立。秦、汉以降实行一千六百余年的宰相制度自此废除，六部直接向皇帝负责，相权与君权合二为一，明朝皇帝大权独揽，在世界政治史上明朝的政治体系也属于罕见的专制政体，施行军权、行政权、监察权三权分立的国家体制，后期由于监察权被废止，国体失衡很快衰败。由于国家事务繁多，皇帝无法处理，初召民间有名望之儒士任四辅官，并依周朝官制称春、夏、秋、冬官，但辅官学问学问虽好，却无行政经验，无法胜任，于是明太祖于洪武十五年九月罢四辅官，仿宋殿阁制设内阁。其后的清朝也大多继承明朝的政治制度。
内阁初期只为皇帝的顾问，相当于今日秘书或幕僚的职务，奏章的批答为皇帝的专责，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会[5]。到明仁宗、明宣宗时期，大学士均因有太子经师的恩情，而得以累加至太子三孤身份，地位日益受尊崇。宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数咨询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其还远不如杨士奇等内阁成员得以亲自接见[6]。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部[7]。“虽无宰相之名，但有宰相之责”。
内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担任，初期只照皇帝的意旨写出，称“传旨当笔”，权力及地位远远不及过去的宰相，品阶仅为正五品。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度，又授予宦官机构司礼监“批朱”。票拟之法补救皇帝不见阁臣之弊，但内阁大臣与皇帝沟通，全赖司礼监（宦官），不得不依赖于内部太监送达批红[8]。首辅大学士的职权如同以往的丞相，但必须与宦官合作，才能执掌大政，如张居正结合冯保。而宣宗授予司礼监票拟，由是开启明朝宦官专政之大门。
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明朝实行严密的特务政治。为加强对全国官吏的监视，明太祖还设立特务机构锦衣卫，明成祖又设立东厂，明宪宗再设西厂（后来取消），合称“厂卫”，由宦官统领。[9]。武宗时期还一度设有内行厂。锦衣卫设立于洪武十五年，直接听命于皇帝，可以逮捕任何人，并进行不公开的审讯。在东厂设立后，锦衣卫权力受到削弱。东厂成立于永乐十八年，是明成祖为镇压政治上的反对力量而成立。地点位于京师东安门北。东厂的主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。东厂在设立之初，就由宦官担任提督，后来通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。内厂设置于武宗时期，首领为宦官刘瑾，刘瑾伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂[10]。
明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书、侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以礼部（主管教育，负责领导儒家学术，以及祭祀，外交等）和吏部（主管文官升迁）最为重要，户部（主管财政，土地和人口）人员最多。兵部（主管国防），刑部（主管司法，有对较大刑事案件的审判权）与工部（主管公共建设）地位较低[11]。
明朝开始只设给事中。到洪武廿四年，设都给事中六人，分吏、户、礼、工、刑、兵六科，每科一人。该制度基本是继承唐朝的门下省制度。六科官职品级虽低，然职权很高。他们可以不赞成皇帝的意旨。而该制度也发挥一定的改善朝政作用。五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，也是九卿之一。其余四个寺的卿职权较低。太常寺负责祭祀；太仆寺管理马匹；光禄寺负责寿宴；鸿胪寺负责接待外宾[12]。
在洪武十三年前，明朝还沿袭元的监察制度，设立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年后，朱元璋废御史台。两年之后，朱元璋设立新的监察机构—都察院。都察院下面设立监察御史若干人，分巡全国各省，称为十二道监察御史。每道有监察御史三至五人，范围大体为一省。但监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。到明末，监察御史分为十三道，共有一百一十人[13]。
包括太师、太傅、太保。这些官职都是虚衔，一般授予功劳相当大的大臣以示荣耀。其中太保和太傅名义上是太子的老师，而太师则是皇帝名义上的老师，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院，专门负责皇室人员的健康和医疗。太医院附属有生药库和惠民药局。翰林院作为政府的官方学术最高机构，地位相当重要，甚至在政府中都有相当大的影响力。翰林院首长是翰林大学士，此职位者经常会同时兼任内阁大臣[14]。
指不属于各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司负责传递公文，公告周知。行人司负责到地方上颁诏谕及赴外国作使臣[15]。
包括国子监、钦天监、上林苑监。钦天监负责观测星象。国子监是当时的最高官方教育机构，有祭酒一人，司业一人，监丞一人，博士五人，助教十五人，学正十人，学录七人，典簿一人，典籍一人，典馔两人。上林苑监负责掌管皇帝的御花园，畜牧场与菜圃[15]。
为宦官衙门。事实上只有在这些衙门工作的宦官才是太监。包括司礼监、内宫监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。以司礼监最为重要，监内的提督太监主管宫内一切宦官礼仪刑名。而秉笔太监在宦官极端专权时竟代替皇帝批公文。此外还设有四个司（惜薪、钟鼓、宝钞、混堂），八个局（兵仗、银作、浣衣、巾帽、针工、内织染、酒醋面，司苑），合为内官廿四衙门。宫女也有六个局（尚宫、尚仪、尚服、尚食、尚寝、尚工），每个局下设四个司[15]。
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