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大专院校教授涉挪用国科会补助款弊案，又称台湾教授假发票案、大学教授诈领国科会补助款案，是于2012年在台湾爆发的法律案件。受陈水扁国务机要费案、中华民国首长特别费事件影响，检调单位全面清查国科会计划，发现多位教授以无关实际支出的发票来报销国科会计划中所使用的研究经费。据媒体引述，共有约1500名国立大学教员涉案，检调单位陆续约谈了其中约700人。
至2024年9月为止，各地地检署共约谈数百名被告，包括台大、成大、嘉义、中正、中山等大学的教授，及高雄荣总、成大医院医师和国立海洋生物博物馆研究员等共三十五人，其中台大就有十二个教授被约谈。
2011年11月，法务部廉政署侦办中央研究院生物医学科学研究所博士萧雅文涉嫌长期诈领国科会补助经费案，搜索元霖文具行时，意外查到元霖与上千名教授交易内帐。廉政署请教育部政风司查核发现，竟有数百名教授涉案情节与萧雅文雷同，其中多名医院医师、国立大学教授均涉嫌利用不实发票核销国科会补助款。经与检察官研商后，廉政署决定将教授诈领补助款案交由法务部调查局台北市调查处接续侦办。
- 前国立嘉义大学教授余哲仁被控以34万元的研究经费购买两台酒精泵浦，再请厂商开假发票报账，被依贪污罪判刑3年6月确定，于2013年5月底假释。[1]
- 2013年1月，彰化地检署检察官以贪污罪起诉17名国立阳明、国防、及台中教育大学的教授，2015年9月被台湾高等法院台中分院依商业会计法判处有期徒刑2～8个月，均得易科罚金定谳。
- 中正大学教授林昭任被控接受国科会委托购买的器材验收不实，盗卖实验室器材、挪用补助款购买电脑私用，不法所得200万元；一审被判10年，二审判5年，最高法院2013年4月发回更审，2014年12月更一审改判2年，缓刑5年定谳。
- 2014年12月起，台北地检署检察官陆续侦结，共91名教授、助理人员依违反商业会计法、伪造文书罪、诈欺罪获得缓起诉处分确定。
- 2015年1月，台南地检署调查国立成功大学教职人员涉民间公司不实发票向成大校方核销请领公款案，检察官查出成大航太、政治等系的教授、副教授、助理教授到专案人员有21人涉类似案件，共不实请领80多万元，均以商业会计法罪嫌对21位教职人员缓起诉处分1年，每人都要向国库交3万元确定。
- 2015年12月，国立台湾大学大气科学系教授助理王美云被台北地方法院依商业会计法判处拘役40日，缓刑2年，向公库支付新台币4万元定谳。
- 2016年6月，国立台湾大学森林系教授王亚男被台北地方法院依商业会计法判处有期徒刑4个月，缓刑2年，向公库支付新台币20万元；研究助理刘子棻亦依商业会计法判处有期徒刑3个月，缓刑2年，向公库支付新台币5万元定谳。
- 2018年11月，士林地检署检察官侦结，台北荣总7位教授、名医，涉以假发票浮报请领补助款，获得缓起诉处分确定，但须支付公库3万至4万元的处分金。
- 2019年8月，台北地检署检察官侦结，依诈欺、伪造文书、违反商业会计法起诉国立台湾科技大学教授郑明渊；学生、助理及厂商等36人依违反商业会计法、伪造文书罪、诈欺罪获得缓起诉处分确定。2021年5月11日，台北地方法院依三人以上共同诈欺取财罪、商业会计法等罪判处郑明渊有期徒刑2年，缓刑5年定谳。
- 2019年11月，台北地检署检察官谕令台北科技大学经营管理系教授林凤仪50万元交保，昔日学生吴姓厂商以20万元交保，林女的男性亲友5万元交保，另名亲友获请回。2021年3月24日，台北地检署检察官侦结，给予林凤仪缓起诉处分，期间3年，命她支付公库65万元、40小时法治教育，吴姓学生因提供不实发票，亦获缓起诉处分2年，支付公库25万元、20小时法治教育。
- 慈济大学徐姓女教授遭控利用国科会研究计划经费78万余元，支付丈夫牙医诊所陈姓助理薪水，夫妇分别被花莲地方法院依诈欺罪判处有期徒刑2年10个月、2年6个月。他们不服提起上诉，经花莲高分院审理，撤销原判决，2人获判无罪定谳 。
- 2014年12月，台北地检署检察官侦结，有5名教授因助理坦承隐瞒教授持假发票核销经费，教授本人对此并不知情，获得不起诉处分确定。
- 2012年3月，台北地检署检察官谕令台大物理治疗系助理教授简盟月3万元交保候传，仍在侦查中。
- 2012年3月，台北地检署检察官谕令台大生化科学所副教授果伽兰2万元交保候传，仍在侦查中。
- 2012年3月，台北地检署检察官谕令台师大地球科学系教授简芳菁8万元交保候传，仍在侦查中。
- 2012年3月，台北地检署检察官谕令台师大餐旅管理与教育研究所教授孙瑜华5万元交保候传，仍在侦查中。
- 2015年1月，台南地检署检察官调查国立成功大学教职人员涉民间公司不实发票向成大校方核销请领公款案，检察官查出成大航太、政治等系的教授、副教授、助理教授到专案人员有数十位教职人员涉案，仍在侦查中。
- 2015年8月，台北地检署检察官侦结，中研院生物医学科学研究所博士萧雅文等35人依违反商业会计法等罪起诉。2019年1月，台北地方法院依商业会计法等罪判处萧雅文等33人拘役20日～有期徒刑1年10个月不等的刑度，均得易科罚金，有2人获判无罪。2021年8月18日，台湾高等法院二审宣判，萧雅文等5人依商业会计法等罪判处有期徒刑2个月～2年8个月不等的刑度，均得易科罚金。
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最高法院一○三年度第十三次刑事庭会议决议 （103年8月12日）
- 公立大学教授受政府、公立研究机关（构）或民间之委托或补助，负责科学技术研究计划，由学校出面签约，受托或受补助之研究经费经拨入学校账户，其办理采购事务，是否具刑法公务员身份？
乙说（否定说）：
- 现行刑法已采限缩旧法公务员之定义，刻意将公立医院、公立学校、公营事业机构人员，排除在身份公务员之外。
- 虽然立法理由中，又将依政府采购法规定之各公立学校、公营事业之承办、监办采购等人员，列为刑法第十条第二项第一款后段之“其他依法令从事于公共事务，而具有法定职务权限者”（授权公务员），然则较诸身份公务员，其性质上既属次要、补充之规范，解释上自应从严限缩。此观诸政府采购法第九十五条规定，是类采购人员，宜以专业人员为之，并特别设有一定之资格、考试、训练、发证及管理，作配套规范甚明，益见所谓承办、监办采购等人员，系以上揭医院、学校、事业机构之总务、会计等专业人员为主；至于非专业之人员，仍须以采购行为所系本身之事务，攸关国计民生之事项者为限。
- 再由修法理由对非身份公务员之职能性公务员（授权公务员、委托公务员），所指“从事法定之公共事务”、“公务上之权力”等字词，并参照国家赔偿法有关行政委托之界定，本于刑法谦抑思想，作为最后手段性之刑法，其涵摄自应较诸行政法愈为严格。易言之，所称公共事务或公务权力，除所从事者为公权力行政（高权行政）外，虽有包括部分之给付行政在内，惟应以学说上之通说，亦即以攸关国计民生等民众依赖者为限，此从刑法学界对公共事务之看法，认为必须兼备对内性与对外性二种要件，亦可印证。
- 题示从事科学研究计划之公立大学教授（下称主持教授），既非总务、会计人员，采购物品，并非其法定职务权限，实际上，其任务主要系在于提出学术研究之成果，政府或公立研究机关（构）对于主持教授，并无上下从属或监督之对内性关系，人民对于主持教授学术研究之成果，亦毫无直接、实质的依赖性及顺从性，遑论照料义务。是主持教授虽有办理采购，仍不符合公务员有关公共事务、法定职务权限等要件，自非刑法上之公务员。具体而言，请购物品（非采购）固勿论；纵有直接办理采购事务，依政府采购法规定意旨及法律解释之原则，因非专业之人员，且所涉亦非攸关国计民生之事项，同非在授权公务员之列。况其后修正通过之技术基本法，为杜争议，已经直接在第六条第四项明文 ，上揭各情形，不适用政府采购法之规定，排除授权公务员之适用；至于科学技术基本法虽有子法即科学技术研究发展采购监督管理办法之设，仅为内部管理之便，不能超越该母法及政府采购法规定意旨，采取更为宽松之解释，不应因此被视成委托公务员。
- 倘主持教授有诈领或溢领补助经费等情形，则视具体案情，依刑事法相关之规定论处，自不待言。
- 公立大学教授受政府、公立研究机关（构）或民间之委托或补助，负责科学技术研究计划，由学校出面签约，受托或受补助之研究经费经拨入学校账户，其办理采购事务，是否具刑法公务员身份？
乙说（否定说）： 公立大学教授受民间委托或补助，负责执行科学技术研究发展计划，由学校与委托或提供补助者签约，受托或补助之研究经费拨入学校账户，该教授为执行此项科学技术研究发展计划而参与相关采购事务，因经费既系来自民间，即不涉及国家资源之分配使用，而与公共事务无涉，非属授权或委托公务员，自不能认为具有刑法上之公务员身份。
检察总长黄世铭于2012年开会统一侦办标准，公立大学教授若以不实单据购买与研究无关的物品私用，就构成利用职务上之机会诈取财物的贪污罪，可处七年以上徒刑，得并科六千万元以下罚金。
- 2014年6月24日，最高法院刑事庭会议开会讨论此议题，认定办理采购的公立大学教授未从事公共事务（限于公权力的行使），也没有法定职务权限，不是《刑法》定义的公务员，不适用贪污治罪条例。
- 2014年10月3日，检察总长裁示公立教授不具《刑法》的公务员身份，不依贪污罪侦办。相关案件改依最重五年以下的伪造文书、诈欺等轻罪侦办，而教授不实核销取得的补助款，若仍用于公用事项，依伪造文书、商业会计法侦办；如流于私用，依伪造文书、商业会计法、诈欺罪侦办；若认罪，检方可予以缓起诉处分，否认犯罪，检方就依罪证起诉，而诈款私用者另须追缴不法所得。
- 教育部长蒋伟宁，为此缓颊。
- 国科会主委朱敬一，为此缓颊。朱敬一说，学者作法多数是“买A物、报B帐”，若将公款放进个人口袋当然应严办，但若钱都用于研究，没进私人口袋，以贪污罪起诉恐怕就太过严厉，且教授专长不是报账，如此可能打击台湾学术研究环境，未来将留不住人才。
- 中研院长翁启惠，为此缓颊。翁启惠说，“公款私用即为贪污”，但若是因制度僵化所致，希望检调侦办能弹性处理，不要让国际认为台湾学术界好像都在贪污，否则会损伤台湾竞争力。
- 对于近500名大学教授涉案，国科会副主委孙以瀚表示，相信多数教授都不是中饱私囊，可能是教授或助理报账时便宜行事。
- 教育部高教司长何卓飞说，建议未来可以提供更多经费使用弹性，避免类似弊端。
- 台大主秘张培仁表示究责问题，“等判决确定再惩处。”
- 教育部人事处长陈国辉说，涉案教授依法重可解聘、停聘或不续聘，轻可减薪。
- 一名多次承接国科会研究计划的刘姓教授说：“99%承接国科会研究专案的老师或助理，都有用假发票、收据核销剩余经费。”他叹气说：“并非所有跟厂商合作的老师都贪污，有些确实为了研究才铤而走险。”
- 台中一名大学公共工程科系不具名教授指出，一般教授平常专责教学，对于账款及发票、采购一窍不通，繁复的销账法令更搞不懂，为顺利完成计划销账拿到钱，到处找发票报账是很普遍。
- 成功大学校长黄煌煇说，会有这么多教授涉案，“是制度上的问题”，他认为相关会计制度应更有弹性。
- 清华大学荣誉讲座教授李家同教授认为，可能只有极少数教授把钱拿进自己口袋，大部分仍用在研究上，“不过再怎么说，拿假发票核销国科会经费就是不对的。”他建议应要深切检讨此种补助制度。
此案涉及数个法律上的争议，例如，国立大学教授被认定是公务员，因此遭到以贪污罪起诉；但相同的行为，私立大学教授与研究员，就不会遭到起诉。同样行为，但法律认定不同，引发争议。
涉案教授认为，他们以假发票来报账，是因为国科会经费核销的方式过于繁锁。且，若研究经费皆属公款公用，只是报销方式有问题，根据马英九大水库理论的前例，应判无罪。
- 2013年6月，立法院再度通过会计法修正案，将民意代表与大专院校教授以假发票报账行为除罪化，并溯及既往。因修法过程中，条文中漏掉“教”字，使教授无法比照民意代表除罪，此修正案因而被称为“颜清标条款”，引发民意愤怒。一周后马英九总统召开记者会道歉，责成行政院进行覆议，立法院召开临时会，同意覆议，修法退回该决议，是为“会计法第99-1条修正乌龙事件”。
- 台大名医柯文哲也因为公款报销与实际支出不符而遭调查，“被国家机器恶整”的感受也是他参选台北市长的原因之一（在此之前，民进党一直劝进他出来选台北市长，但是他不同意）；而后柯文哲以高票当选台北市长，民进党也在国民党攻击柯文哲的过程中受惠，获得超于预期的胜利。
《新新闻》杂志报导指出，国安体系认为中共利用此案件，有计划有、策略性的聘得对台湾国安有重大影响的知名学者陈锟山，主要就是在检调体系大举侦办大学教授虚报研究费的案件，检调单位的侦办方法，让许多教授害怕冤狱、或因为被收押而失去学术生命，陈锟山保护妻小、将他们送往美国定居，中国大陆在此时聘请陈锟山，其时机非常巧合。[4]
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