2012年亚足联冠军联赛淘汰赛一共有16支球队参加（其中8支来自西亚区和8支来自东亚区）。它们包括小组赛阶段8个小组的前两名。淘汰赛使用单败淘汰制，每轮进行一场或两场比赛。其中十六强阶段只进行一场比赛，在各组第一名的主场进行。四分之一决赛和半决赛进行主客场两回合比赛。最后的决赛由抽签决定在其中一支参赛队的主场进行。
淘汰赛阶段在有必要的时候可以使用客场进球优惠制、加时赛（加时赛的进球不计入客场进球优惠制）和点球大战来决定最后晋级的球队。[1] 十六强的对阵根据小组赛的分组确定，[2] 四分之一决赛和半决赛的对阵以及决赛的主场由抽签决定。在四分之一决赛抽签中，将会应用“国家保护”规则，即如果来自同一国家的俱乐部刚好有两支，他们将不会在四分之一决赛中碰面；但如果晋级的同一国家的俱乐部在3支以上，将不会采用回避原则。
晋级球队
晋级图
| 十六强 | 半准决赛 | 准决赛 | 决赛 | ||||||||||||||||
 阿德莱德联
| 1 | ||||||||||||||||||
 名古屋鲸鱼
| 0 | ||||||||||||||||||
| 阿德莱德联
| 2 | 2 | 4 | ||||||||||||||||
 宾约哥（加时）
| 2 | 3 | 5 | ||||||||||||||||
 城南一和天马
| 0 | ||||||||||||||||||
| 宾约哥
| 1 | ||||||||||||||||||
| 宾约哥
| 1 | 0 | 1 | ||||||||||||||||
| 蔚山现代
| 3 | 2 | 5 | ||||||||||||||||
| 蔚山现代
| 3 | ||||||||||||||||||
| 柏雷素尔
| 2 | ||||||||||||||||||
| 蔚山现代
| 1 | 4 | 5 | ||||||||||||||||
 希拉尔
| 0 | 0 | 0 | ||||||||||||||||
| 希拉尔
| 7 | ||||||||||||||||||
 宾尼耶斯
| 1 | ||||||||||||||||||
| 蔚山现代
| 3 | ||||||||||||||||||
| 吉达艾阿里
| 0 | ||||||||||||||||||
| 伊蒂哈德
| 3 | ||||||||||||||||||
 柏斯波利斯
| 0 | ||||||||||||||||||
| 伊蒂哈德
| 4 | 1 | 5 | ||||||||||||||||
 广州恒大
| 2 | 2 | 4 | ||||||||||||||||
| 广州恒大
| 1 | ||||||||||||||||||
| FC东京
| 0 | ||||||||||||||||||
| 伊蒂哈德
| 1 | 0 | 1 | ||||||||||||||||
| 吉达艾阿里
| 0 | 2 | 2 | ||||||||||||||||
| 沙巴罕
| 2 | ||||||||||||||||||
| 艾斯迪格拿
| 0 | ||||||||||||||||||
| 沙巴罕
| 0 | 1 | 1 | ||||||||||||||||
| 吉达艾阿里
| 0 | 4 | 4 | ||||||||||||||||
| 艾查捷拉
| 3 (2) | ||||||||||||||||||
| 吉达艾阿里 (p)
| 3 (4) | ||||||||||||||||||
十六强
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