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鞭毛（flagellum）是很多單細胞生物和一些多細胞生物細胞表面像鞭子一樣的細胞器，用於運動及其它一些功能。
一個微生物可能有一個到多個鞭毛。在三個域中，鞭毛的結構各不相同。細菌的鞭毛是螺旋狀的纖維，像螺絲一樣旋轉，屬於生命系統中的旋轉運動。古菌的鞭毛表面上和細菌的類似，但很多細節不同，和細菌的鞭毛可能也不是同源的。真核生物，比如動物、植物、原生生物細胞的鞭毛是細胞表面結構複雜的突出物，像鞭子一樣來回抽打。
鞭毛可分為三種類型：細菌鞭毛，古菌鞭毛，和真核生物的鞭毛。
真核生物的鞭毛含有動力蛋白和微管，以彎曲甩動的方式獲力。細菌和古菌的鞭毛中不含有動力蛋白或微管，以旋轉運動運行。[1]
其它的區別包括：
不同種類的細菌有不同的數目的鞭毛。Monotrichous細菌有一個單一的鞭毛（如霍亂弧菌）。 Lophotrichous細菌有多種鞭毛設在細菌同樣的表面上，而協調一致地行動，將細菌進往單一的方向前進。
一些細菌，如selenomonas ，鞭毛有組織外胞體。
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古菌的鞭毛表面上看起來類似細菌的鞭毛。但在20世紀90年代，研究人員曾發現了古菌和細菌鞭毛的具體不同，其中包括：
真核生物的鞭毛是由9+2的微管構成，利用動力蛋白用ATP拉動微管擺動。 鞭毛具有抗原性，可誘使宿主產生抗體。
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