原生生物分類表

變形蟲門（Amoebozoa）

Tubulinea
- Arcellinida
- Leptomyxida
- Tubulinida
- 目未定及環境樣本
Pelobiontea
- Pelobiontida
Entamoebea
- Entamoebida
Flabellinea
- Dactylopodida
- Dermamoebida
- Himatismenida
- Vannellida
Myxomycetes
- Echinosteliales
- Liceales
- Physarales
- Trichiales
- Stemonitales
- 目未定
Dictyosteliomycetes
- Dictyosteliales
Protosteliomycetes
- Protosteliales
綱未定及環境樣本

頂復門（Apicomplexa）

Aconoidasida
- Haemosporida
- Piroplasmorida
Conoidasida
- Archigregarinorida
- Eugregarinorida
- Neogregarinorida
- 目未定及環境樣本
Coccidiasina
- Agamococcidiorida
- Eucoccidiorida
- Ixorheorida
- Protococcidiorida
- 目未定及環境樣本
綱未定及環境樣本

無根蟲門（Apusozoa）

Diphyllatea
- Diphylleida
Thecomonadea
- Ancyromonadida
- Apusomonadida
- Hemimastigida
綱未定及環境樣本

絲足蟲門（Cercozoa）

Ascetosporea
- Claustrosporida
- Haplosporida
- Paramyxida
Gromiidea
- Gromiida
Phytomyxea
- Phagomyxida
- Plasmodiophorida
- 目未定
Imbricatea
- Euglyphida
- Thaumatomonadida
Sarcomonadea
- Cercomonadida
- Metopiida
- 目未定
Thecofilosea
- Cryomonadida
- Tectofilosida
Chlorarachnea
- Chlorarachniida
Proteomyxidea
- Heliomonadida
- Leucodictyida
- Pseudosporida
- Reticulosida
Spongomonadea
- Spongomonadida
綱未定及環境樣本

輪藻門（Charophyta）

Mesostigmatophyceae
- Mesostigmales
- 環境樣本
Klebsormidiophyceae
- Klebsormidiales
Zygnematophyceae
- Zygnematales
- Desmidiales
Charophyceae
- Charales
Coleochaetophyceae
- Coleochaetales
綱未定及環境樣本

綠藻門（Chlorophyta）

Chlorophyceae
- Chaetopeltidales
- Chaetophorales
- Chlorococcales
- Chlorocystidales
- Microsporales
- Oedogoniales
- Sphaeropleales
- Tetrasporales
- Volvocales
- 目未定及環境樣本
Mamiellophyceae
- Mamiellales
- 目未定
Nephroselmidophyceae
- Nephroselmiales
Pedinophyceae
- Pedinomonadales
- Scourfieldiales
- 目未定
Pleurastrophyceae
- Chlorodendrales
- Prasinococcales
- Pseudoscourfieldiales
- Pyramimonadales
- 目未定及環境樣本
Trebouxiophyceae
- Chlorellales
- Oocystales
- Prasiolales
- Trebouxiales
- 目未定及環境樣本
Ulvophyceae
- Acrosiphoniales
- Bryopsidales
- Chlorocystidales
- Cladophorales
- Dasycladales
- Ignatiales
- Oltmansiellopsidales
- Scotinosphaerales
- Trentepohliales
- Ulotrichales
- Ulvales
- 目未定及環境樣本
綱未定及環境樣本

領鞭毛蟲門（Choanozoa）

Aphelidea
Choanoflagellata
- Choanoflagellida
Corallochytrea
- Corallochytrida
Cristidiscoidea
- Ministeriida
- Nucleariida
Mesomycetozoea
- Amoebidiales
- Dermocystida
- Eccrinales
- Ichthyophonida
- 目未定
綱未定

Chromerida

Chromeraceae
- Chromera
Vitrellaceae
- Vitrella
綱未定

纖毛蟲門（Ciliophora）

Colpodea
- Bryometopida
- Bryophryida
- Bursariomorphida
- Colpodida
- Cyrtolophosidida
- Sorogenida
- 目未定及環境樣本
Litostomatea
- Cyclotrichida
- Haptorida
- Pleurostomatida
- Entodiniomorphida
- Trichostomatida
- Vestibuliferida
- 目未定及環境樣本
Nassophorea
- Microthoracida
- Nassulida
- Synhymeniida
- 目未定
Oligohymenophorea
- Apostomatida
- Astomatophorida
- Pilisuctorida
- Astomatida
- Hymenostomatida
- Peniculida
- Mobilida
- Sessilida
- Philasterida
- Pleuronematida
- Thigmotrichida
- 目未定及環境樣本
Phyllopharyngea
- Cryptogemmida
- Exogemmida
- Chlamydodontida
- Dysteriida
- Hypocomatida
- Rhynchodida
- Endogenida
- Evaginogenida
- Exogenida
- 目未定及環境樣本
Plagiopylea
- Odontostomatida
- Plagyopylida
- 環境樣本
Prostomatea
- Prorodontida
- Prostomatida
- 環境樣本
Spirotrichea
- Choreotrichida
- Tintinnida
- Euplotida
- Kiitrichida
- Halteriida
- Oligotrichida
- Strombidiida
- Protocruziida
- Plagiotomida
- Sporadotrichida
- Stichotrichida
- Urostylida
- Armophorida
- Clevelandellida
- Odontostomatida
- Phacodiniida
- 目未定及環境樣本
Heterotrichea
- Heterotrichida
- Licnophorida
- 環境樣本
Karyorelictea
- Loxodida
- Protoheterotrichida
- Protostomatida
- 目未定及環境樣本
綱未定及環境樣本

隱藻門 (Cryptophyta)

Cryptomonadea
- Cryptomonadales
- Pyrenomonadales
- Tetragonidiales
Goniomonadea
- Goniomonadales
Katablepharidophyceae
- Katablepharidales
綱未定及環境樣本

雙鞭毛蟲門（Dinoflagellata）

Blastodiniophyceae
- Blastodiniales
Dinophyceae
- Dinophysiales
- Gymnodiniales
- Ptychodiscales
- Gonyaulacales
- Peridiniales
- Prorocentrales
- Chytriodiniales
- Desmocapsales
- Dinamoebales
- Dinocloniales
- †Hystrichosphaerida
- Phytodiniales
- Suessiales
- Thoracosphaerales
- Zooxanthellales
- 目未定
Noctiluciphyceae
- Noctilucales
Syndiniophyceae
- Syndiniales
Apicomonadea
- Colpodellida
- 目未定及環境樣本
Colponemea
- Colponemida
Ellobiopsea
- Ellobiopsida
Perkinsea
- Perkinsorida
- 目未定
†Acritarcha
- †Acanthomorphitae
- †Diacromorphitae
- †Dinetromorphitae
- †Disphaeromorphitae
- †Herkomorphitae
- †Netromorphitae
- †Oomorphitae
- †Platymorphitae
- †Polygonomorphitae
- †Prismatomorphitae
- †Pteromorphitae
- †Sphaeromorphitae
- †Stephanomorphitae
- †Versimorphitae
- 目未定
綱未定及環境樣本

眼蟲門（Euglenozoa）

Diplonemea
- Diplonemida
Euglenoidea
- Euglenida
- Peranemida
- Petalomonadida
- Rhabdomonadida
- 目未定
Kinetoplastea
- Bodonida
- Trypanosomatida
Postgaardea
- Postgaardida
綱未定及環境樣本

有孔蟲門（Foraminifera）

Allogromioidia
- Allogromiida
Athalamea
- Biomyxida
†Fusulinidia
- †Fusulinida
Miliolidia
- Miliolida
Rotalidia
- Carterinida
- Globigerinida
- †Involutinida
- Lagenida
- Robertinida
- Rotaliida
- Silicoloculinida
- Spirillinida
Textularidia
- Astrorhizida
- Textulariida
Xenophyophorea
- †Paleodictyida
- Psamminida
- Stannomida
綱未定及環境樣本

灰胞藻門（Glaucophyta）

Glaucophyceae
- Cyanophorales
- Glaucocystales
- Gloeochaetales
- 目未定及環境樣本

槽蟲門（Loukozoa）

Jakobea
- Jakobida
Malawimonadea
- Malawimonadida

後滴門（Metamonada）

Carpediemonadea
- Carpediemonadida
Anaeromonadida
- Trimastigida
- Oxymonadida
Retortamonadea
- Retortamonadida
Trepomonadea
- Enteromonadida
- Distomatida
- Giardiida
Trichomonadea
- Lophomonadida
- Spirotrichonymphida
- Trichomonadida
Trichonymphea
- Trichonymphida
綱未定及環境樣本

定鞭藻門 (Haptophyta)

Prymnesiophyceae
- Coccolithales
- Coccosphaerales
- Isochrysidales
- Phaeocystales
- Prymnesiales
- Syracosphaerales
- Zygodiscales
- †Arkhangelskiales
- †Discoasterales
- †Eiffelithales
- †Podorhabdales
- †Stephanolithiales
- †Watznaueriales
Pavlovophyceae
- Pavlovales
綱未定及環境樣本

不等鞭毛門 (Heterokontophyta)

Hyphochytriomycetes
- Hyphochytriales
Labyrinthulomycetes
- Labyrinthulales
- Thraustochytriales
- 目未定及環境樣本
Opalinea
- Slopalinida
Bicosecophyceae
- Bicosoecales
- Pirsoniales
Peronosporomycetes
- Albuginales
- Olpidiopsidales
- Peronosporales
- Pythiales
- Rhipidiales
- Leptomitales
- Salilagenidiales
- Saprolegniales
- Sclerosporales
- Anisolpidiales
- †Galtierella
- Lagenidiales
- Lagenismatales
- Myzocytiopsidales
- Rozellopsidales
- 目未定及環境樣本
Chrysophyceae
- Chromulinales
- Chrysamoebidales
- Chrysapiales
- Chrysocapsales
- Chrysosphaerales
- Hibberdiales
- Hydrurales
- Ochromonadales
- Phaeothamniales
- Rhizochrysidales
- Thallochrysidales
- 目未定及環境樣本
Eustigmatophyceae
- Eustigmatales
- 目未定及環境樣本
Phaeothamniophyceae
- Phaeothamniales
- Pleurochloridellales
- 目未定及環境樣本
Raphidophyceae
- Raphidomonadales
- 目未定及環境樣本
Synurophyceae
- Synurales
- 目未定及環境樣本
Phaeophyceae
- Ascoseirales
- Chordariales
- Cutleriales
- Desmarestiales
- Dictyosiphonales
- Dictyotales
- Durvillaeales
- Ectocarpales
- Fucales
- Laminariales
- Scytosiphonales
- Scytothamnales
- Sphacelariales
- Sporochnales
- Tilopteridales
- 目未定
Xanthophyceae
- Chloramoebales
- Heterogloeales
- Mischococcales
- Rhizochloridales
- Tribonematales
- Vaucheriales
- 目未定及環境樣本
Chrysomerophyceae
- Chrysomeridales
Actinochrysophyceae
- Actinophryida
- Ciliophryida
- Pedinellales
- Rhizochromulinales
- Dictyochales
- 目未定及環境樣本
Pelagophyceae
- Pelagomonadales
- Sarcinochrysidales
- 目未定及環境樣本
Bolidophyceae
- Bolidomonadales
Coscinodiscophyceae
- Thalassiosirales
- Chrysanthemodiscales
- Melosirales
- Paraliales
- Aulacoseirales
- Orthoseirales
- Coscinodiscales
- Ethmodiscales
- Asterolamprales
- Arachnoidiscales
- Stictodiscales
- Stictocyclales
- Triceratiales
- Biddulphiales
- Hemiaulales
- Anaulales
- Lithodesmiales
- Corethrales
- Cymatosirales
- Rhizosoleniales
- Leptocylindrales
- Chaetocerotales
- 目未定及環境樣本
Fragilariophyceae
- Fragilariales
- Tabellariales
- Licmophorales
- Rhaphoneidales
- Ardissoneales
- Toxariales
- Thalassionematales
- Rhabdonematales
- Striatellales
- Cyclophorales
- Climacospheniales
- Protoraphidales
- 目未定及環境樣本
Bacillariophyceae
- Eunotiales
- Lyrellales
- Mastogloiales
- Dictyoneidales
- Cymbellales
- Achnanthales
- Naviculales
- Thalassiophysales
- Bacillariales
- Rhopalodiales
- Surirellales
- 目未定及環境樣本
Xanthomonadophyceae
Blastocystae
- Blastocystida
綱未定及環境樣本

透色門（Percolozoa）

Heterolobosea
- Acrasida
- Lyromonadida
- Schizopyrenida
- 目未定及環境樣本
Percolatea
- Percolomonadida
- Pseudociliatida

放射蟲門（Radiolaria）

Acantharea
- Arthracanthida
- Chaunacanthida
- Holacanthida
- Symphyacanthida
- 目未定及環境樣本
Phaeodarea
- Phaeocalpida
- Phaeoconchida
- Phaeocystida
- Phaeodendrida
- Phaeogromida
- Phaeogymnocellida
- Phaeosphaerida
Polycystina
- †Albaillellaria
- Archaeospicularia
- Collodaria
- Entactinaria
- †Latentifistularia
- Nassellaria
- Spumellaria
- 目未定及環境樣本
Sticholonchea
- Taxopodida
- 環境樣本
綱未定及環境樣本

紅藻門（Rhodophyta）

Rhodophyceae
- Bangiales
- Goniotrichales
- Porphyridiales
- Ahnfeltiales
- Pihiellales
- Corallinales
- Rhodogorgonales
- Hildenbrandiales
- Acrochaetiales
- Balbianiales
- Balliales
- Batrachospermales
- Colaconematales
- Nemaliales
- Palmariales
- Bonnemaisoniales
- Ceramiales
- Gelidiales
- Gigartinales
- Gracilariales
- Halymeniales
- Nemastomatales
- Plocamiales
- Rhodymeniales
- 目未定及環境樣本
Cyanidiophyceae
綱未定及環境樣本

門未定

其餘的原生生物種類（包括早期原生生物種類及混合生物片段、X細胞寄生物）