分子力學採用經典力學來模擬分子體系。在分子力學中,使用分子力場方法計算出所有系統的勢能。分子力學可用於研究小分子,也可用於研究具有成千乃至上百萬原子數的大型生物系統或材料。
此條目翻譯品質不佳。 (2014年3月15日) |
全原子分子力學方法具有以下性質:
- 將每個原子模擬為單個粒子
- 每個粒子具有一個半徑值(通常為范德華半徑),極化率和一個恆定的淨電荷數(通常來自於量子計算和/或實驗)
- 將原子間互相成鍵作用模擬為「連線」,取平衡距離等於實驗或計算所得的鍵長
這個方法有幾個可能的變體。例如,許多模擬方法曾使用「原子團」模型(此模型將一個甲基基團或亞甲基單元視為單個粒子),而大型蛋白系統則通常使用「珠」模型(此模型將一個氨基酸視為二至四個粒子)進行模擬。
函數形式
下文中的函數(即化學勢函數,或稱化學力場函數),用於在給定的構象下,對獨立能量進行加和,計算分子體系的勢能(E)。
其中,共價鍵和非共價鍵的貢獻由下面的和式求出:
分子體系的確切的勢能函數形式,或其分子力場形式,取決於所使用的特定的仿真程序。
應用領域
分子力學的一個應用是能量最小化。換句話說,將 力場原則用作 優化 準則,通過適當算法(如 最速下降法)尋找(局部)最小值。
環境和溶劑化
軟件包
這個列表不完整。有許多列表中未包含的軟件可以用於進行分子力學模擬的計算。
- ACEMD - GPU MD
- Abalone
- AMBER
- Ascalaph
- BOSS
- CHARMM
- COSMOS
- CytoSolve
- Ghemical
- GROMOS
- GROMACS
- ICM
- MacroModel
- MDynaMix
- NAMD
- Q-Chem
- Spartan
- StruMM3D (STR3DI32)
- TINKER
- Zodiac
- X-PLOR
- Yasara
- LAMMPS
相關條目
- 分子圖像
- 分子動力學
- Molecule editor
- 分子力場(化學)
- Force field implementation
- 分子設計軟件
- GPU上的分子模擬
- Software for molecular mechanics modeling
- Software for Monte Carlo molecular modeling
參考文獻
外部連結
Wikiwand in your browser!
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.