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中國生化製藥廠創辦於1937年7月1日，其前身上海綜合化工廠，由上海聖約翰大學化學碩士倪懷祖和他的父親倪文修共同出資，創辦於1934年11月。生產原料及滴鈣等針劑、成藥，1949年有職工270人[1]。後來，倪懷祖的胞兄、教會領袖倪柝聲（Watchmen Nee）為主要投資人並出任總經理，起初由其弟倪懷祖擔任廠長，後來專心於任化學師、技術經理，陸續發明、研製成功多種藥品。
1939年，倪懷祖的胞兄教會領袖倪柝聲（倪儆夫）訪問歐洲回國後，出任中國生化製藥廠廠長。關於倪柝聲經商的原因，一般認為是為了應對戰爭時期教會工作所面臨嚴重的經濟問題，當時他的數十位忠心的同工及其家屬面臨營養不良、肺病和貧窮的困境[2]。「我去作生意，如同寡婦被迫再嫁。」[3]
抗戰期間，中國生化製藥廠雖設於上海，仍秘密向重慶國民政府登記，供應軍需藥品。後期藥廠遷往重慶。抗戰期間，該廠的經營頗為成功，在規模上達到頂峰，成為中國軍隊戰時藥品的重要來源，為抗日戰爭做出了重大貢獻。生產的「三大名藥」避倦丸、暈動藥、玻璃藥膏均為服務於戰場需要的特色藥品[4]。
在重慶期間，該廠與政界人士建立了良好關係。張治中將軍、朱經惠部長、強靜愚署長、財政廳廳長尹任先、李亞震均為該廠董事。1946年，軍醫署新署長林可勝要生化藥廠擔任其技術顧問，要該廠接收上海、南京的三十幾個日本藥廠，並要該廠負責人出任軍醫署副署長。戰爭結束後，國民政府請生化藥廠負責編制了《中國醫藥生產計劃》[4]。
同時，中共勢力也潛伏進入生化藥廠，從事地下工作。張汝勵受到倪柝聲的庇護（其妻張品蕙的六叔），逃避追捕，並擔任藥廠總經理。中共高層吳克堅常來生化藥廠，與張汝勵見面。此外藥廠內還滲透進不少中共黨員。
有許多教會信徒也在中國生化製藥廠工作，每天早上開工之前都先禱告。中國生化製藥廠職工只領取微薄的工資，結餘的利潤大量用於教會事業，包括購買福州鼓嶺訓練所用的房舍以及海關巷執事之家的房子。倪柝聲投入大量精力到中國生化製藥廠的經營活動，在地方教會中產生非議，此後愈演愈烈；加上了人身攻擊，幾乎所有同工長老都否定倪柝聲，到1942年年底將其革除；只有俞成華堅持不可只憑傳言，需當面核實才可定案；於是造成倪柝聲此後6年時間無法服事教會，到1948年春才恢復盡職[5]。
抗戰結束後，軍用藥品需求減少，生化藥廠規模也進行了收縮。1950年，中華人民共和國政府下令將中國生化製藥廠併入瀋陽東北製藥總廠（前身為延安八路軍衛生材料廠），倪柝聲擔任工廠管理委員會主任[6]，倪懷祖繼續擔任技術總顧問。1952年4月，倪柝聲在五反運動中被捕，倪懷祖也回到上海任教會所辦翠華染料廠總工程師[7]。
中國生化製藥廠的廠址初設於上海，不久抗戰爆發，曾遷至香港、澳門。1941年遷回上海，在海格路（華山路）設廠，1942年秋租用膠州路397號上海私立貧兒教養院院址。另在中區江西路322號設辦公室。膠州路廠址位於今靜安區膠州路397號（武定路口），今為「靜安孵化基地」。廠內辦公樓和一棟廠房保存至今。
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