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隱胞子蟲病（Cryptosporidiosis）是由頂複門的隱孢子蟲造成的脊椎動物腸道疾病，是導致人腹瀉的主要原因之一。這是一類通過糞口途徑傳播的疾病[1][2]，主要發生在胎盤動物當中。病原體通常寄生在小腸腸上皮細胞的帶蟲空泡內。免疫缺陷患者（如愛滋病病人）經常患有此類併發症，同時，由於免疫功能的不完善，寄生蟲還可能會進入病人的肝、肺、胰和膽囊等器官，造成更為嚴重的病理反應。隱胞子蟲病是一種水源性疾病（waterborne disease），病原體在水中以卵囊（oocyte）形式存在並得以傳播，對自然水中環境有較好的耐受性，因此飲用不潔淨的水成為該病的主要患病原因。
 | 此條目需要補充更多來源。 (2022年6月12日) |
隱孢子蟲病最早發現於家鼠身上（Edward E Tyzzer, 1907）之後被證實為許多動物腹瀉的主要原因之一。1976年在美國一名兒童身上發現第一例人類病例。1980年代人們對愛滋病患者的研究發現，隱胞子蟲是導致愛滋病病人腸炎的主要原因。歷史上最出名的隱胞子蟲病爆發發生在美國密爾沃基市，1993年春，由於取自密歇根湖的飲用水遭到污染，有大約403,000名的市民（占城市總人口的26％）罹患該病。這一事件迫使密爾沃基市政府對飲用水處理工廠進行了大規模的改造。
隱孢子蟲是屬於頂複門真球蟲目隱孢子蟲屬的寄生蟲。隱胞子蟲的生命周期比較複雜，包括很難在體外進行培育。在宿主體內，它們一般是以單倍體的多核單細胞形式存在的，被稱之為第一型分裂體（type 1 meront）。這一型的分裂體可以進行無性繁殖，每個細胞核同一部分細胞質結合成裂殖子（merozoite），之後在細胞內再進行染色體複製，形成新的細胞核和第一型分裂體。這個無性繁殖循環可以一直持續下去。
如果外部環境發生變化，隱孢子蟲會轉化為第二型分裂體（type 2 meront），這時候分裂體會形成大配子母細胞（macro-gametocytes）和小配子母細胞（micro-gametocyte），二者結合形成雙倍體合子。這是有性繁殖階段，合子再進行孢子生殖，形成含有大量單倍體孢子的卵囊，隨糞便排出宿主體外。
隱孢子蟲的卵囊對外界環境有較好的耐受性，在8攝氏度的淡水和海水中可以存活1年以上，在零下20度的低溫環境下亦可存活。然而臭氧和過氧化氫可以有效殺滅卵囊，零下70度的低溫，或者對水進行加熱（64度5分鐘，72度10秒）也可以殺死寄生蟲。然而，由於西方社會沒有煮白開水飲用的習慣，造成這種疾病疫情一而再，再而三地在英美等發達國家中爆發。
可以感染人類的隱孢子蟲有人隱孢子蟲（Cryptosporidium hominis）和小隱孢子蟲（Cryptosporidium parvum）。另外，寄生於鳥類的鵪鶉源火雞隱孢子蟲（Cryptosporidium meleagridis）和其他隱孢子蟲也偶爾會感染人體。
隱孢子蟲症的主要症狀是腹瀉，在患者糞便和體液中可以檢測出大量病原體。免疫缺陷患者則易於引發腸炎，肺炎的疾病。潛伏期3天到6周，通常會延續4到6周，有轉化為慢性的風險，沒有特別的藥物可以給予治療。
隱孢子主要附在小腸壁微絨毛之間吸取宿主細胞的養分，由於某種未知的機制，蟲體和宿主細胞形成帶蟲空泡，蟲體寄生於帶蟲空泡內，實質上是細胞內寄生。
主要的防範措施是控制水和食物的品質，政府應積極倡導個人飲食衛生。
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