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脊索（英語：notochord）是存在於某些後口動物軀體背側的一條長而韌的棒狀結構，主要起到支撐體軸的作用；在生命周期的某段或全部時間擁有脊索的動物，稱為脊索動物。脊索代表身體的原始中軸和中軸骨發育的中心；且脊索、背神經管和咽鰓裂是脊索動物的三大特徵[1]。
脊索只在胚胎發育階段出現，隨後或多或少地被脊柱所代替的動物稱為脊椎動物，其擁有骨質或軟骨內骨骼，成年後脊索殘餘部分退化為椎間盤的髓核；因此脊索是脊椎動物胚胎發育中的共性結構[2]。
脊索具有彈性，能彎曲，不分節；位於消化道背面和背神經管腹面之間，來源於脊索動物的胚胎的原腸背壁。 有的物種，例如文昌魚，圓口類。終生都靠脊索支撐身體。
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