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次級代謝產物(英語:Secondary metabolites,又稱為次生代謝物、二代謝物)是不直接涉及到生命正常生長、發育或繁殖的有機化合物[1]。不像初級代謝產物,缺少次級代謝產物不會導致立即死亡,但是在長期看來,有可能損傷生物的存活率、配對成功率或繁殖力,也可能一點也沒有明顯的改變。特定的次級代謝產物常常只出現在特定的一個類群中作為這些物種的共有衍徵[2]。次級代謝產物在植物防被食防衛方面起着重要的作用[3]。人類利用次級代謝產物作為藥物、調味品或消遣類藥物。細菌利用抗生素來和周圍的細菌合作和溝通,常常次級代謝都發生在細菌成長期之後的固定期(stationary phase),而人類使用提煉出來的抗生素做藥物。
大多數人類所感興趣的次級代謝產物被放入基於其生物合成來源分類的分類。因為次級代謝產物常由被修飾的初級代謝產物合酶生產出來,或來源於從初級代謝產物上「借來」的底物,這些分類方法不應該被解讀為:分類中的所有分子都是次級代謝產物(例如甾體化合物類),相反地,只是說這些次級代謝產物存在於這些分類中。
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