2006年2月24日，成立「海洋科技研究中心籌備處」。10月26日，儀器科技研究中心與美國威斯康辛大學麥迪遜分校高分子工程中心（Polymer Engineering Center）簽訂《超精密加工光學模組製造技術合作協議》。11月12日至25日，科技政策研究與資訊中心與韓國科學技術計劃評價院（Korea Institute of Science and Technology Evaluation and Planning, KISTEP）進行人員互訪。
2007年1月29日，國家奈米元件實驗室與國立成功大學簽訂《奈米能源及太陽能電池研究合作計劃合約書》。1月30日，儀器科技研究中心與中央研究院物理研究所簽訂《學術合作研究計劃同意書》。5月21日，國家高速網絡與計算中心、國立清華大學腦科學研究中心、美國冷泉港實驗室共同簽署合作協議。7月中，國家奈米元件實驗室與巴黎-薩克雷高等師範學校（École Normale Supérieure de Cachan）簽署合作協議。8月9日，國家地震工程研究中心與臺北翡翠水庫管理局簽訂《大壩安全監測研究合作協議》。8月15日，儀器科技研究中心與國立虎尾科技大學簽訂《在地型產業加值學界科專計劃合作意願書》。8月30日，國家實驗動物中心與美國喬治城大學醫學院簽訂三年合作協議。9月3日，國家災害防救科技中心與日本即時地震情報利用協議會（リアルタイム地震情報利用協議会）簽訂《台日雙方交流合作備忘錄》。9月28日，國家太空中心與車輛研究測試中心簽訂合作協議。11月28日，國研院與美國史丹福大學簽訂《醫療器材產品設計人才培訓計劃合作協議》。
2008年1月1日，儀器科技研究中心與印度韋洛爾理工大學（Vellore Institute of Technology）簽訂合作備忘錄。7月29日，國家太空中心與國立台灣師範大學簽訂建教合作備忘錄。9月5日，國家高速網絡與計算中心與南非共和國高速電腦中心（Center for High-Performance Computing, CHPC）簽訂合作備忘錄。9月10日，海洋科技研究中心籌備處改組為台灣海洋科技研究中心。10月27日，台灣檢驗科技公司（SGS Taiwan Ltd.）授予國研院《ISO 9001品質認證證書》與《ISO 27001資訊安全認證證書》。
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