衣原體門（學名：Chlamydiae）是一門細菌。它們的生長完全在其它生物的細胞內進行，是專性寄生菌。衣原體原先多被歸入衣原體屬(Chlamydia)，隨着分子生物學發展，目前根據系統發育樹分爲四個科。
衣原體門細菌比一般細菌小，有的比病毒小。衣原體門被歸類為革蘭氏陰性菌，具有類似於其他革蘭氏陰性菌的外膜和內膜；最開始，科學界普遍認為衣原體門的細胞壁不含肽聚糖，然而最近已有研究顯示其細胞壁上的確有肽聚糖存在，並成功辨認出幾種蛋白質。
下屬分類
本門只包括一個綱（衣原體綱）和一個目（衣原體目），衣原體目包括以下科和屬：[1]
參見
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