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此條目介紹的是植物界中以「綠藻門」為正式名稱的分類階元。關於「綠藻」的其它含義，請見「綠藻」。綠藻門（學名：Chlorophyta）是植物中的一門[4]，包含有約8000個物種[5][6]，大部份都是水生光合真核生物。和陸生植物 （苔蘚植物和維管植物）一樣，綠藻也含有葉綠素 a 和 b ，且將能源轉化為澱粉存在其色素體內。[5]綠藻門和輪藻門與有胚植物相關，一起合稱為綠色植物。
此門包含單細胞和多細胞的物種。大部份物種生活在淡水裏，其他許多物種則居住在海水中，另外還有一些物種適應了許多的環境，如雪藻居住在夏天的高山雪原中。其他還有依附在岩石或樹木上頭的。一些地衣和真菌與綠藻有共生關係，綠藻門中的藻類也會和原生動物、海綿及刺胞動物等形成共生關係。有些會有鞭毛而利於移動，有些會行同配生殖或異配生殖等有性生殖。
根據 Guiry & Guiry (2020)的AlgaeBase數據庫紀錄，本門之下分類單元如下[4]：
- 綠藻亞門（Chlorophytina Cavalier-Smith）[7]
- 四爿藻綱（Chlorodendrophyceae Massjuk）
- 綠藻綱（Chlorophyceae Wille）
- 平藻綱（Pedinophyceae Moestrup）
- 共球藻綱（Trebouxiophyceae Friedl）
- 石蓴綱（Ulvophyceae K.R.Mattox & K.D.Stewart ）：原羽藻綱（Bryopsidophyceae，只有羽藻目一個成員）併入至此。
- Chlorophyta classis incertae sedis
- Chloropicophyceae Lopes dos Santos & Eikrem
- 綠色鞭毛藻亞門 Prasinophytina Round：或作綠枝藻亞門
- 小豆藻綱（Mamiellophyceae Marin & Melkonian）
- Nephrophyceae Cavalier-Smith
- 塔胞藻綱（Pyramimonadophyceae）
- 腎爿藻綱（Nephroselmidophyceae）
- 掌葉藻綱（Palmophyllophyceae Leliaert et al.）
- 塵囊藻綱 Picocystophyceae Eikrem & Lopes dos Santos
- 假心胞藻綱（Pseudoscourfieldiophyceae）
- 地位未定類群：
- 本門包括以下綱：
- 四爿藻綱 Chlorodendrophyceae Massjuk
- 綠藻綱 Chlorophyceae Wille
- 四爿藻綱 Chloropicophyceae
- 小豆藻綱 Mamiellophyceae Marin & Melkonian
- 腎爿藻綱 Nephroselmidophyceae
- 掌葉藻綱 Palmophyllophyceae Leliaert et al.
- 平藻綱 Pedinophyceae Moestrup
- 塵囊藻綱 Picocystophyceae Eikrem & Lopes dos Santos
- Pleurastrophyceae
- 綠色鞭毛藻綱 Prasinophyceae
- 塔胞藻綱 Pyramimonadophyceae
- 共球藻綱 Trebouxiophyceae Friedl
- 石蓴綱 Ulvophyceae K.R.Mattox & K.D.Stewart，石蓴綱
- 綱的地位未定的目：
- Marsupiomonadales
- 綱、目的地位未定的科：
- Distomataceae
- Monostysisyrinaceae
- 綱、目和科的地位未定的屬：
- Actionoporella
- Anthracochondrus Kušta, 1898
- Antrosphaera Sarjeant, 1961
- Apiroschadon Loeblich & Tappan, 1976
- Asphaltinella B.Mamet & A.Roux, 1978
- Bion Lohmann
- Bogutschanophycus Korde
- Bombycina Örsted, 1844
- Calathella R.Florin, 1929
- Chlorodendron Skvortzov, 1959
- Colonella
- Dasyhapsis A.R.Loeblich Jr. & E.R.Wicander, 1976
- Dasyphapsis A.R.Loeblich Jr. & E.R.Wicander, 1976
- Dictyodiscus Playford & Wicander, 1988
- Diploglossa C.J.E.Morren
- Gambangia I.C.Cookson & A.Eisenack, 1979
- Hemiruptia Ottone, 1996
- Heterocystinella I.C.Cookson & A.Eisenack, 1979
- Hysginum M.Perty, 1852
- Jansaella B.L.Mamet & A.Roux, 1975
- Johnson Eiseman & Earle
- Klebsormidium
- Lanceoforma Walter et al., 1976
- Mawsonella F.Chapman, 1927
- Merrettia S.F.Gray, 1821
- Microfasta Morgan, 1975
- Nesea Lamouroux
- Palaeomastigocladus Misra & Kumar, 1988
- Paramastix
- Pechengia A.Y.Rozanov & M.M.Astafieva, 2008
- Peltacystia B.E.Balme & K.L.Segroves, 1966
- Phaeostrepte Skuja ex T.Willén, 1992
- Physophycus W.P.Schimper, 1869
- Piriurella I.C.Cookson & A.Eisenack, 1979
- Protonema C.Agardh
- Pseudomurilella N.Hanagata, 1998
- Pseudopalaeoporella Buggisch & Fluegel, 1992
- Pteroverricatus T.K.Al-Ameri, 1984
- Ptilotoscolus A.R.Loeblich Jr. & E.R.Wicander, 1976
- Quadratimorpha Xing & Liu, 1973
- Radiosphaeroporella
- Retialetes S.C.D.Sah & S.K.Dutta, 1966
- Saharifusa E.D.Pöthe de Baldis, 1997
- Schizosporis I.C.Cookson & M.E.Dettmann, 1959
- Schodackia R.Ruedemann, 1942
- Sgrossoella P.de Castro, 1969
- Sinophyllum Wu, 1991
- Sphaerodesmus Corda
- Sphaeroporella Wu, 1991
- Sphaerosiphon Schussnig, 1915
- Spheroporella Antropov, 1967
- Sporangites J.W.Dawson, 1863
- Springerella O.Dragastan & D.K.Richter, 2001
- Thrypticosphaera W.A.S.Sarjeant, 1987
- Vesicularius Roussel
- Wendiella Timofeev, 1962
- Yuknessia C.D.Walcott, 1919
- Zygoxanthium Ehrenberg
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綠藻的繁殖方式多樣，有無性生殖、有性生殖，又因單細胞植物體、多細胞植物體、生殖結構是否被營養結構包被而有不同；還具有接合生殖等特有的生殖方式。
一些單細胞綠藻既能進行無性生殖，也能進行有性生殖，衣藻屬是其典型代表。無性生殖時，單倍體核行有絲分裂，在細胞壁內產生最多16個子細胞。然後每個子細胞各自的細胞壁和鞭毛，並分泌一種分解親代細胞壁的酶，這些子細胞——游動孢子釋放出來，各自發育成新個體。有性生殖時，衣藻的營養細胞在缺氮條件下形成配子，配子相互結合，形成二倍體的受精卵。受精卵周圍形成厚厚的細胞壁，經過一段時間的休眠後，受精卵進行減數分裂，產生四個單倍體細胞，這些細胞可以進行分裂或相互交配以產生新的受精卵。[10]:348-349
石蓴屬是多細胞植物，藻體葉片狀，石蓴屬的營養結構和生殖結構沒有絕對的界限，除基部及固着器以外，孢子體每個細胞均可形成孢子囊，其內的細胞核進行減數分裂，產生多個單倍體的具有4條鞭毛的游動孢子。游動孢子釋放出來後，可以萌發產生單倍體的配子體。除基部及固着器以外，配子體成熟時，每個細胞均可形成配子囊，經有絲分裂產生多個游動配子（+配子和－配子同型），配子結合後形成合子，合子萌發產生孢子體。石蓴屬的孢子體和配子體形態上區別不大。[10]:351-353
接合生殖是水綿屬特有的生殖方式，進行時藻體變為黃綠色，有以下類型：
- 梯形接合：兩條水綿並排靠近，相鄰處每個細胞各產生一個突起，伸長並融合成數條通道，稱為接合管。同時兩個相鄰水綿單個細胞的細胞質與細胞核分別濃縮成兩個配子，一條水綿的單個細胞中的雄配子做變形蟲式運動，通過接合管到達另一條水綿的單個細胞內，與雌配子融合，形成一個合子，其他細胞亦然。結束後，一條水綿體內細胞全空，而另一條水綿體內每個細胞各含有一個合子。由於接合過程的形態像一架整齊的梯子，故該類型稱為梯形接合。
- 側面接合：一條水綿上相鄰的兩個細胞各產生一個突起，伸長並融合成一條接合管於水綿體一側。剩餘過程同第一種類型，最後形成合子。結束後，一個細胞變空，另一細胞內有一合子。由於該類型於水綿體一側進行，故稱為側面接合。[10]:355-356
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