GROMACS(全稱:GROningen MAchine for Chemical Simulations,格羅寧根化學模擬體系)是一套分子動力學模擬程序包,主要用來模擬研究蛋白質、脂質、核酸等生物分子的性質。它起初由荷蘭格羅寧根大學生物化學系開發,目前由來自世界各地的大學和研究機構維護[5][6][7]。GROMACS是開源免費的軟件,4.6版之前的版本使用GNU通用公共許可證(GPL)發行,而4.6版之後使用GNU寬通用公共許可證(LGPL)發行[8]。
歷史
GROMACS項目始於1991年,由荷蘭格羅寧根大學生物化學系開發(1991-2000),起初目標是構建一個在環形架構集群中進行並行計算的分子模擬環境。之後同一研究組使用C語言重寫了程序,替代早期的Fortran 77版本。目前,Fortran 77編譯器是可選的,Fortran代碼仍然被用於性能敏感的模塊[9]。
特性
基於算法上的優化,GROMACS效率很高。並且,GROMACS使用編譯安裝以期望在特定處理器下達到最優化的運行效率。GROMACS使用命令行接口運轉,使用文件輸入輸出,提供剩餘時間估計(ETA)反饋,提供分子軌跡查看器及分子軌跡分析擴展包。[3]。此外,GROMACS支持多種力場,能並行運行,或使用MPI做集群計算。GROMACS使用PDB文件導入分子坐標信息。導入一個或多個(例如溶劑)分子坐標文件開始計算,程序間隔一段模擬時間取樣輸出軌跡文件,這些軌跡文件可用自帶的工具或自行編程分析[10]。
截至2010年1月[update],GROMACS的原始碼中含有大約400個英語以GROMACS為縮略語的笑話,這些句子隨機出現在程序運行的輸出流中。
應用
GROMACS的非GPL許可證版本被應用於分佈式計算項目Folding@home[11][12]。模擬人工生命的EvoGrid是另一個應用了GROMACS的項目[13]。
參考資料
外部連結
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