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食道黏膜在賁門處與胃黏膜相接。此處的食管下段括約肌能起到收緊胃上口的作用，在胃蠕動過程中防止胃內容物返入食道，從而避免胃酸燒傷食道內壁（胃壁本身可以耐酸）。正常人體即使在平躺或倒置時，胃內容物也不會返流進入食道，也是由於食管下段括約肌的作用。一些嬰兒在吃奶後平躺容易吐奶，其原因之一也是賁門肌肉比較薄弱。
賁門處的腺組織稱為賁門腺，其與比其他兩類胃腺（胃底腺、幽門腺）的構造不同在於賁門腺比較淺，且呈簡單管狀。
食道的內層表面覆蓋有多層的無角質化鱗狀扁平上皮細胞。胃內壁則為簡單柱狀上皮細胞覆蓋。賁門即為二者交界之處。
然而，食道在久經反流胃酸侵蝕後可以出現巴雷斯特食道症（Barrett's esophagus）。此種病變可以導致賁門上方分化出柱狀上皮。
食道下括約肌薄弱或收縮受阻可以造成多種症狀，包括胃酸對食道的損害。其中賁門痙攣（賁門失弛緩）是指在吞咽時LES不及時鬆弛，因而造成吞咽困難和食管擴大等症狀。
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