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維特爾斯巴赫家族（德語：Haus Wittelsbacher）是一個德意志的王公世家，曾經在德意志境內的數個公國和其它一些歐洲國家建立過長期的、連續的統治。自1996年開始，該家族的族長是巴伐利亞公爵弗朗茨。
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維特爾斯巴赫家族起源於德國南部的巴伐利亞，因上巴伐利亞的維特爾斯巴赫城堡而得名。維特爾斯巴赫一詞的意思是森林中的小河（中古德語中Witu是森林的意思）。公元980年去世的巴伐利亞侯爵施魏因福特的貝爾托德是公元1072年去世的沙伊恩伯爵奧托一世的祖先。奧托一世的第三子，沙伊恩伯爵奧托二世買下了位於艾夏附近的維特爾斯巴赫城堡。奧托一世長子沙伊恩伯爵埃克哈特一世的次子沙伊恩伯爵奧托五世（1156年去世）於公元1115年首次使用「維特爾斯巴赫的奧托」（拉丁文：Otto de Witelinesbach）這一頭銜，是為維特爾斯巴赫家族進入歐洲貴族序列之始，並因其於1110-11年、1116-18年追隨時任神聖羅馬帝國皇帝亨利五世兩次進軍意大利並參與囚禁教宗賈利二世和扶植對立教宗額我略八世上台而於1120年獲封「巴伐利亞的普法爾茨伯爵」（德語：Pfalzgraf in Bayern），史稱奧托四世。公元1119年，奧托五世將其住所從始建於940年的沙伊恩城堡遷往維特爾斯巴赫城堡，前者則於同年改建為沙伊恩修道院。
維特爾斯巴赫家族一共出了兩位神聖羅馬帝國皇帝：路易四世（1314年－1347年在位）和查理七世（1742年－1745年在位），均來自該家族幼支；一位德意志國王（即羅馬之王）：魯普雷希特（1400-1410年在位但未加冕為神聖羅馬帝國皇帝），來自該家族長支。需要注意的是，儘管神聖羅馬帝國這個名稱直到1254年才正式定型，且1157年之後才加上了「神聖」一詞，但其根本含義，即所謂的「皇權傳遞」（神聖羅馬帝國的統治是羅馬帝國的延續）概念，則貫穿整個中世紀歐洲歷史。
1180年，霍亨斯陶芬家族的神聖羅馬帝國皇帝腓特烈一世剝奪了他的死敵、韋爾夫家族的薩克森和巴伐利亞公爵獅子亨利的領地巴伐利亞公國，並將其賜給鄂圖五世的次子、維特爾斯巴赫伯爵鄂圖六世，史稱巴伐利亞公爵奧托一世。從此該家族一直統治巴伐利亞直到1918年第一次世界大戰結束。奧托一世的第三子巴伐利亞公爵路易一世於公元1214年被時任神聖羅馬帝國皇帝腓特烈二世授予萊茵-普法爾茨（又稱普法爾茨選侯國），從而開啟了維特爾斯巴赫家族對這塊領地的統治。儘管1805年因拿破崙戰爭而統治短暫中斷，1815年萊茵-普法爾茨的一部分回到了維特爾斯巴赫家族手中，併入已於1806年被拿破崙升格為王國的巴伐利亞。
1253年，路易一世的獨子鄂圖二世去世，他的兒子們將其領地一分為二：長子路德維希得到上巴伐利亞和萊茵-普法爾茨，史稱路德維希二世；次子海因里希得到下巴伐利亞，史稱海因里希十三世。由於這一分家安排不符合當時的律法，巴伐利亞的主教們與波希米亞國王奧托卡二世於1257年結盟反對。同年8月，奧托卡二世率軍入侵巴伐利亞，但兄弟兩人合作成功退敵。海因里希十三世的長子下巴伐利亞公爵奧托三世作為匈牙利國王貝拉四世的外孫曾於1305年10月-1307年5月短暫擔任匈牙利國王，他是唯一一位出自維特爾斯巴赫家族的匈牙利國王。
1340年，海因里希十三世的曾孫下巴伐利亞公爵約翰一世死後絕嗣，於是時任神聖羅馬帝國皇帝、路德維希二世的幼子路易四世收回了下巴伐利亞，重新統一了巴伐利亞公國。作為其父路德維希二世第三任也是最後一任妻子瑪蒂爾德（哈布斯堡家族第一位德意志國王魯道夫一世長女）所生的五個孩子中最年幼的一位，路易四世與其同母所生的長兄、其父死後繼承爵位的上巴伐利亞公爵和萊茵-普法爾茨伯爵魯道夫一世不和，起因是當時德意志境內的王朝政治和權力鬥爭：1291年，德意志國王魯道夫一世去世後，各選帝候出於削弱哈布斯堡家族以及選舉一位政治根基較淺的國王從而獲得更多利益讓步的考慮，於次年將拿騷家族的阿道夫一世推上了德意志國王的寶座。這引發了對王位覬覦已久的魯道夫一世長子阿爾布雷希特一世對阿道夫一世強烈的敵視。在這場王位爭奪戰中，上巴伐利亞公爵和萊茵-普法爾茨伯爵魯道夫一世站在他的岳父阿道夫一世這邊，而其母親則支持自己的弟弟、魯道夫的舅舅阿爾布雷希特一世。
1298年7月2日，阿道夫一世與阿爾布雷希特一世的軍隊在格爾海姆戰役中決戰，結果前者戰敗被殺，後者則於25天後被選為德意志國王。1301年，在權力鬥爭中押錯寶的哥哥魯道夫遭其母親和舅舅逼宮迫使其同意與弟弟路易分享上巴伐利亞的統治權，舅舅阿爾布雷希特一世甚至派兵圍困魯道夫領地的都城海德堡逼其就範。阿爾布雷希特一世於1308年5月1日被侄子士瓦本的約翰暗殺後，儘管魯道夫和路易兄弟二人都希望能繼承王位，但最終包括哥哥魯道夫本人在內的七位選帝候中的六位推選了各方均可接受的妥協人選——盧森堡家族的亨利七世為德意志國王（1312年加冕為神聖羅馬帝國皇帝）。1310年兄弟倆的堂兄下巴伐利亞公爵施特凡一世去世後，兄弟二人之間的矛盾升級為內戰。1313年6月21日兩人在慕尼黑達成和解，哥哥保有原有領地和選帝候資格，但承諾在在下一屆國王選舉中支持弟弟。兩個月後亨利七世在遠征意大利期間感染瘧疾去世，但在次年10月份的選舉中，哥哥魯道夫未信守承諾，將選票投給了奧地利和施蒂利亞公爵腓特烈三世。作為阿爾布雷希特一世的次子，腓特烈三世也是兄弟倆的表弟。
1313年，下巴伐利亞公爵施特凡一世的子女的監護權被下巴伐利亞當地貴族授予了腓特烈三世，後者趁機入侵下巴伐利亞，卻無奈於11月的加梅爾斯多夫戰役中被路易四世擊敗而被迫放棄監護權，但隨即與路易四世在1314年10月的選舉中競爭德意志王位。那次選舉中出現了罕見的一幕：由於此前波希米亞國王和薩克森公爵都有兩個相互競爭的人選，七張選帝候選票變成了九張。腓特烈三世於10月19日得到了四張選票（分別來自對手的哥哥魯道夫、科隆大主教菲爾內堡的路德維希二世、薩克森-維滕堡公爵魯道夫一世和1310年被逼退位的前任波希米亞國王克恩滕的海因里希）；路易四世則於次日得到了另外五張選票（分別來自美因茨大主教阿斯珀爾特的彼得、特里爾大主教盧森堡的鮑德溫、勃蘭登堡侯爵瓦爾德馬一世、薩克森-勞恩堡公爵約翰二世以及亨利七世之子、波希米亞國王約翰一世）。兩人都宣佈自己當選，並於11月25日分別在波恩和亞琛加冕為德意志國王。1322年9月28日的米爾多夫戰役中，路易四世決定性地擊敗並俘獲了腓特烈三世以及支持他的1300名奧地利和薩爾茨堡大主教國的貴族。雙方於1325年3月13日在特勞斯尼茨議和，腓特烈三世承認路易四世的王位；1326年1月7日，雙方在烏爾姆達成協議，路易四世將加冕為神聖羅馬皇帝，腓特烈三世則繼續保留德意志國王頭銜，協助前者統治整個德意志地區。1328年，路易四世加冕為首位來自維特爾斯巴赫家族的神聖羅馬帝國皇帝。
為了報復哥哥魯道夫支持自己的死對頭，路易四世於1314-17年出兵進攻哥哥魯道夫在上巴伐利亞和萊茵-普法爾茨的領地，並迫使後者於1317年將全部領地讓給前者。公元1329年，維特爾斯巴赫家族正式分成了長幼兩個分支。根據當年簽訂的帕維亞條約，出自該家族的神聖羅馬帝國皇帝路易四世將萊茵-普法爾茨連同巴伐利亞境內的上普法爾茨歸還給其長兄魯道夫一世的次子、第三子和長孫萊茵-普法爾茨伯爵魯道夫二世、普法爾茨選帝候魯普雷希特一世、魯普雷希特二世。魯道夫一世的後代即家族的長支，亦稱為普法爾茨支（因萊茵-普法爾茨和上巴伐利亞都是普法爾茨領地），1356年金璽詔書（拉丁文：Bulla aurea）確認萊茵-普法爾茨伯爵為神聖羅馬帝國的七大選帝侯之一。路易四世自己的後代即家族幼支（亦稱巴伐利亞支）繼續擁有巴伐利亞公國（1340年路易四世收回下巴伐利亞後重新統一），但巴伐利亞公爵不具有選帝侯資格。這不僅是為了防止同一個家族在決定皇帝寶座歸屬的選舉中擁有兩票，更是時任神聖羅馬帝國皇帝、來自盧森堡家族的查理四世藉以打擊其前任皇帝同時也是其政治對手的路易四世的手段。公元1777年因幼支絕後，長支重新返回巴伐利亞統治直到一戰結束。
幼支在巴伐利亞的統治一直維持到1777年。儘管家族於1329年分裂為長幼兩支，但幼支的祖先、神聖羅馬帝國皇帝路易四世在位時通過一系列的政治聯姻安排在巴伐利亞以外地區獲得了大片領地：1323年獲得勃蘭登堡，1342年獲得蒂羅爾，1345年獲得荷蘭伯爵國、澤蘭和埃諾。1347年路易四世去世後，他的六個兒子分別繼承了這些領地和巴伐利亞公國。但好景不長，這些領地在路易四世死後陸續喪失。首先是路易四世的長孫、上巴伐利亞公爵和蒂羅爾伯爵邁恩哈德三世於1363年去世後無嗣，其叔叔、路易四世次子巴伐利亞公爵斯蒂芬二世出兵佔領上巴伐利亞併入侵蒂羅爾。為保住其家族世襲領地，邁恩哈德三世之母、蒂羅爾女伯爵瑪格麗特與兒子的內兄、哈布斯堡家族的奧地利公爵魯道夫四世達成協議，由後者繼承蒂羅爾伯爵，從而將蒂羅爾併入奧地利。
最終，斯蒂芬二世與魯道夫四世之弟、奧地利公爵阿爾布雷希特三世於1369年簽訂謝爾丁和約，正式放棄對於蒂羅爾的聲索並獲得一大筆金錢作為補償。其次是1373年，路易四世幼子巴伐利亞公爵奧托五世作為維特爾斯巴赫家族的最後一位勃蘭登堡選帝候（史稱奧托七世）辭去了勃蘭登堡侯爵的爵位，將領地拱手讓給其岳父、盧森堡家族的神聖羅馬帝國皇帝查理四世（他於1366年娶了查理四世的女兒、魯道夫四世的遺孀波希米亞的嘉芙蓮）。作為補償，查理四世支付了女婿50萬金幣，並保留其選帝候名號直到後者1379年去世。儘管查理四世於1371年以奧托五世怠政為由出兵佔領勃蘭登堡是導致後者辭職的直接原因，但事實上奧托五世及其前任、路易四世第三子巴伐利亞公爵路易六世（1351–1365年任勃蘭登堡選帝候，史稱路易二世）早在1364年就承諾將領地讓給查理四世，以報復他們的兄長斯蒂芬二世在侄子邁恩哈德三世前一年去世後侵佔其領地的行為。他們擔心，由於他們都沒有子嗣，自己死後斯蒂芬二世也會派兵攻佔勃蘭登堡。最後是1404年，路易四世第五子、巴伐利亞公爵阿爾布雷希特一世去世後，荷蘭-澤蘭伯爵國和埃諾伯爵國由長子巴伐利亞公爵威爾漢姆二世繼承，而第三子巴伐利亞公爵約翰三世則成為首任列日主教（1389–1418年在位）。
1417年威爾漢姆死後，其女雅克蓮繼承了荷蘭-澤蘭伯爵國、埃諾伯爵國和巴伐利亞-施特勞賓公國；對此不滿的叔叔約翰隨即與布拉班特的安托萬的遺孀盧森堡女公爵伊利沙伯聯姻，於次年辭去列日主教之位，並在其妻叔德國國王西吉斯蒙德（1433年加冕為神聖羅馬帝國皇帝）支持下發動內戰與侄女爭奪兄長留下的領地。儘管雅克蓮得到了荷蘭貴族的支持，但由於她的支持者（屬魚鈎派）和其丈夫、布拉班特的安托萬之子布拉班特公爵約翰四世的支持者（屬鱈魚派）在當時的魚鈎和鱈魚戰爭（1350-1490年）中分屬對立陣營，從而使得約翰乘虛而入，於1420年從其侄女婿手中獲得了攝政王的頭銜（荷蘭語：ruwaard），從而成為這兩塊領地的實際統治者。由於丈夫與自己的政治對手沆瀣一氣，雅克蓮於1421年逃往英國並於次年離婚，改嫁英王亨利四世的第五子漢弗萊（此次婚姻於1428年被教宗瑪定五世宣佈無效）。1425年，叔叔約翰中毒身亡後，侄女婿約翰四世再次恢復統治並任命自己的堂兄、瓦盧瓦勃艮第王朝的勃艮第公爵菲利普三世為攝政王。1427年約翰四世去世後，菲利普三世擊敗了支持其表妹雅克蓮復位的勢力並於1432年將這些領地併入勃艮第公國；根據1428年的德爾福特合約，雅克蓮保留了荷蘭-澤蘭-埃諾女伯爵的頭銜，直到其1436年死於肺結核。
雖然路易四世於1340-49年間短暫統一了巴伐利亞公國，但其死後六個兒子之間不睦，家族幼支進一步分裂成巴伐利亞-蘭茨胡特、巴伐利亞-施特勞賓、巴伐利亞-英戈爾施塔特、巴伐利亞-慕尼黑等旁支。這種局面直到1505年巴伐利亞-慕尼黑支通過蘭茨胡特爵位繼承戰重新統一巴伐利亞才告結束。幼支各旁支間於1392年和1450年簽有協議，無論哪一支絕男嗣，其領地將由另外幾支瓜分。1503年12月，巴伐利亞-蘭茨胡特支的巴伐利亞公爵喬治死後無男嗣，他在1496年就擬好的遺囑中無視家族協議，將領地傳給他的女兒伊利沙伯。
1499年，伊利沙伯嫁給了維特爾巴赫家族長支的普法爾茨選帝候菲利普的第三子魯普雷希特。這就意味着，一旦巴伐利亞公爵喬治的意願達成，原屬幼支的巴伐利亞-蘭茨胡特支的領地將成為長支的囊中之物，而這是巴伐利亞-慕尼黑支的巴伐利亞公爵阿爾布雷希特四世無法接受的，戰爭隨即爆發。在持續兩年的戰爭中，巴伐利亞-蘭茨胡特支領地滿目瘡痍，很多村莊被夷為平地。普法爾茨選帝候菲利普力挺他的兒子，神聖羅馬帝國皇帝馬克西米利安一世則選擇支持他的妹夫阿爾布雷希特四世（作為報酬，馬克西米利安一世於1506年將巴伐利亞-蘭茨胡特支領地南部的庫夫施泰因、基茨比厄爾和拉滕堡等地併入蒂羅爾，受皇帝直接管轄的帝國自由城市紐倫堡也擴張了領土），並於1504年4月23日向魯普萊希特和伊利沙伯發出帝國制裁令（德文：Reichsacht）。同年8月20日魯普萊希特死於痢疾；9月12日，兩方在文岑巴赫舉行決戰，普法爾茨選帝候菲利普的波希米亞僱傭軍不敵皇帝的軍隊，三天後伊利沙伯本人也死於痢疾。
次年戰事結束，在皇帝的調停斡旋下，7月30日在科隆舉行的帝國議會發佈通稿（德文：Kölner Spruch）宣佈巴伐利亞-蘭茨胡特支領地大部分併入巴伐利亞-慕尼黑支，但允許魯普萊希特和伊利沙伯兩個年幼的兒子奧托·海因里希和菲利普保有多瑙河北岸經弗蘭肯至上普法爾茨北部的幾片互不相連的領地，以都城諾伊堡而得名普法爾茨-諾伊堡；因兩兄弟時年分別3歲和2歲，該領地從此得名「幼年普法爾茨」（德文：Junge Pfalz）。兩兄弟成年前，他們的爺爺普法爾茨選帝候菲利普和叔叔普法爾茨選帝候腓特烈二世曾先後作為他們的監護人和領地的實際統治者。
普法爾茨選帝候腓特烈二世1556年死後無嗣，由奧托·海因里希繼位為普法爾茨選帝候。1529年，奧托·海因里希希娶了父母的死對頭阿爾布雷希特四世的女兒巴伐利亞的蘇珊娜，但兩人沒有生育。1557年，奧托·海因里希根據家族長支各旁支於1553年11月簽訂的《海德堡繼承協議》將普法爾茨-諾伊堡讓給了普法爾茨-茨魏布呂肯伯爵沃夫岡。沃夫岡死後五個兒子分家，其中長子諾伊堡的普法爾茨伯爵菲利普-路德維希分到了普法爾茨-諾伊堡領地，從而創立了長支的一個新旁支：普法爾茨-茨魏布呂肯-諾伊堡支，簡稱普法爾茨-諾伊堡支。1614年這個旁支中又分離出另一個旁支：普法爾茨-蘇茨巴赫支（出自該支的卡爾·泰奧多爾最終於1777年幼支宣告終結後作為長支的後人回到巴伐利亞統治）。
三十年戰爭中的1623年，巴伐利亞公爵馬克西米利安一世作為天主教諸侯同盟的首領積極協助哈布斯堡家族的時任神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世鎮壓屬家族長支的普法爾茨選帝候和波希米亞國王腓特烈五世，因而獲授褫奪自普法爾茨的選帝候席位，巴伐利亞公國由此升格為巴伐利亞選候國，並永久佔領了上普法爾茨。馬克西米利安一世的孫子、巴伐利亞選帝候馬克西米利安二世埃瑪紐埃爾曾擔任末任西屬尼德蘭總督（1692-1706年），以及盧森堡大公（1712-14年）。馬克西米利安二世埃瑪紐埃爾的兒子卡爾·阿爾布雷希特於1722年娶了約瑟夫一世的二女兒奧地利的瑪利亞-阿瑪莉亞（瑪麗亞·特蕾西亞的堂姐）為妻，並於1742年1月當選為神聖羅馬帝國皇帝查理七世，他是1437年以來唯一一位非哈布斯堡家族的神聖羅馬帝國皇帝，還是波希米亞國王（1741-43年）。
導致這一變故的根源在於哈布斯堡家族內部的一系列發展。首先，哈布斯堡家族的最後一位西班牙國王卡洛斯二世1700年死後絕嗣（歷史學家懷疑他患有陽痿或不育症），哈布斯堡家族長支宣告終結，西班牙王位傳到了卡洛斯二世同父異母的姐姐西班牙的瑪麗-泰蕾茲（法王路易十四的第一任王后、法王路易十五的曾祖母）的第二個孫子、波旁家族的安茹公爵菲利普手上，史稱費利佩五世。
然而，哈布斯堡家族幼支的神聖羅馬帝國皇帝利奧波德一世對此提出異議，認為應該由他的次子查理繼承西班牙王位，西班牙王位繼承戰爭（1701-14年）隨即爆發。得到英國、荷蘭共和國、葡萄牙、薩伏伊公國和大部分德意志諸侯支持的查理於1705年抵達西班牙（有效統治區域僅限於加泰羅尼亞地區），直到1711年其兄神聖羅馬帝國皇帝約瑟夫一世去世後才回到奧地利。早在查理動身前的1703年，為防止重蹈長支的覆轍，神聖羅馬帝國皇帝利奧波德一世和他的兩個兒子約瑟夫和查理，即未來的神聖羅馬皇帝約瑟夫一世和查理六世訂立了《相互繼承協約》，規定：查理獲得對西班牙的聲索權，約瑟夫則繼承除西班牙之外的哈布斯堡家族領地。兩兄弟死後應由各自的合法男嗣繼承，如果一方沒有合法男嗣，則由另一方繼承。如果兩方都沒有合法男嗣，則兩人的合法女嗣也獲得繼承資格，但哥哥約瑟夫的女兒比弟弟查理的女兒有優先繼承權。換句話說，如果兩兄弟都沒有合法男嗣，則哥哥約瑟夫的的女兒將繼承哈布斯堡家族的所有領地。
然而，西班牙王位繼承戰爭的結果是儘管統治奧地利的哈布斯堡家族幼支從西班牙手裏獲得了西屬尼德蘭、那不勒斯王國、撒丁島和大部分的米蘭公國等原屬哈布斯堡家族長支的領地，但也被迫承認了波旁王朝對西班牙的統治。1705年利奧波德一世去世後，哥哥約瑟夫繼位為約瑟夫一世；1711年約瑟夫一世去世後沒有男嗣，弟弟查理根據《相互繼承協約》繼位為查理六世。其次，由於查理六世也沒有男嗣，這意味着約瑟夫一世的兩個女兒只要能活得比他久，就將在他死後繼承哈布斯堡家族的世襲領地。為了能把手中的權力傳給自己的女兒而不是侄女，查理六世於1713年4月19日頒佈《國本詔書》，撕毀十年前訂立的《相互繼承協約》，將優先繼承權從他兩個侄女轉到自己女兒手中。頗具諷刺意味的是，1708年8月結婚的查理六世在1713年時還沒有當父親，既沒有兒子也沒有女兒，他的第一個孩子要到三年後才誕生。
從1713年到其去世的1740年，查理六世都在為《國事詔書》得到歐洲各列強承認而奔走遊說，並對各列強做出了一系列的利益讓步。各列強獲得好處後表面上都表示承認《國本詔書》，只有薩克森和巴伐利亞拒絕承認，原因是薩克森選帝候和巴伐利亞選帝候分別娶了查理六世的兩個侄女。1740年查理六世死後，各列強紛紛變臉，轉而拒絕承認《國本詔書》並出兵干涉，爆發了奧地利王位繼承戰爭（1740-48年）。1742年1月，德意志各諸侯一致選舉約瑟夫一世二女兒瑪利亞-阿瑪莉亞的丈夫、巴伐利亞選帝候卡爾·阿爾布雷希特為神聖羅馬帝國皇帝查理七世。查理七世能當選皇帝主要是普魯士、巴伐利亞、薩克森（1743年改與奧地利結盟）三大德意志諸侯以及波旁王朝的法國和西班牙等國以反對查理六世撕毀1703年訂立的《相互繼承協約》為藉口打擊哈布斯堡家族的政治產物，以至於他當選皇帝的同時奧軍正猛攻巴伐利亞，且首都慕尼黑在他加冕為皇帝的次日陷落。
戰爭期間，巴伐利亞於1742和1745年兩次被奧軍佔領，以至於查理七世大部分時間都只能寄居法蘭克福，直到去世前三個月才得以回到慕尼黑。1745年1月查理七世去世後，他唯一合法的男嗣、巴伐利亞選帝候馬克西米利安三世約瑟夫被迫與奧地利媾和並於同年4月簽訂富森和約正式退出戰爭，查理七世當選皇帝的合法性才得到哈布斯堡家族的承認，而馬克西米利安三世約瑟夫則承諾在同年9月的皇帝選舉中支持查理六世的女婿、瑪麗亞·特蕾西亞的丈夫托斯卡納大公弗蘭茨·斯蒂芬（原為洛林公爵，1735年在歐洲各列強旨在結束波蘭王位繼承戰爭而簽署的領土交換協議中，洛林大公國被讓給失去波蘭王位的法王路易十五的岳父斯坦尼斯瓦夫一世並在他於1766年死後併入法國。作為補償，弗蘭茨·斯蒂芬獲得托斯卡納大公國，史稱托斯卡納大公弗朗切斯科二世。原定繼承托斯卡納大公國的西班牙國王費利佩五世之子帕爾瑪和皮亞琴察公爵卡洛斯則以手中的繼承權加上帕爾瑪和皮亞琴察向奧地利換取了那不勒斯王國和西西里王國。由於這一系列領土交換要等到美第奇家族的最後一位托斯卡納大公吉安·加斯托內·德·美第奇1737年死後方能實施，因此直到1738年才經《維也納條約》正式確立）。1777年12月30日，終生未育的馬克西米利安三世約瑟夫死於天花，維特爾斯巴赫家族幼支宣告終結。
由於自幼受到嚴格的天主教薰陶，統治巴伐利亞的家族幼支在德意志反宗教改革中成為天主教諸侯陣營的旗手。1583-1761年間，家族幼支成員幾乎壟斷了科隆大主教（因而位列選帝侯之一）人選和神聖羅馬帝國境內的很多其他地方的主教人選，例如列日主教（1581-1763年）。幼支成員擔任過雷根斯堡、弗賴辛、明斯特、希爾德斯海姆、帕德博恩、奧斯納布呂克等地的主教和條頓騎士團團長等重要職務。另外，家族幼支還在1549-67年間短暫統治波希米亞的克沃茲科伯爵國。
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除1805-1815年因拿破崙戰爭短暫中斷外，長支持續統治普法爾茨並從1777年起統治巴伐利亞直到1918年。1329年的帕維亞條約規定選帝候席位應當在維特爾斯巴赫家族的長幼兩支間輪替，然而1356年由在紐倫堡和梅斯召開的帝國議會發佈的金璽詔書則故意無視這一規定，確定普法爾茨伯爵為七大選帝候之一，而無視巴伐利亞公爵的選帝候資格。這是因為來自盧森堡家族的時任神聖羅馬帝國皇帝查理四世要報復前任皇帝同時也是競爭對手的幼支創始人路易四世，因此1373年幼支的巴伐利亞公爵奧托五世將勃蘭登堡（七大選侯國之一）讓給查理四世後，幼支長期沒有選帝候席位直到1623年。此外，長支成員長期佔據美因茨大主教和特里爾大主教職位（同為七大選帝候之一）。
1410年，來自長支的維特爾斯巴赫家族唯一一位德意志國王魯普雷希特去世後，其子嗣分家導致長支進一步分裂成各個旁支，包括普法爾茨-諾伊馬克特、普法爾茨-西梅爾恩、普法爾茨-茨魏布呂肯、普法爾茨-比肯費爾德、普法爾茨-諾伊堡、普法爾茨-蘇茨巴赫。1553年，由於普法爾茨選帝候腓特烈二世未生育後代，且他唯一仍然在世的弟弟諾伊馬克特的普法爾茨伯爵沃爾夫岡未婚，為防止統治巴伐利亞的家族幼支提出繼承權聲索，長支各旁支代表聚集海德堡討論繼承問題並於1553年11月簽訂了《海德堡繼承協議》，協議確認了1541和1546年普法爾茨-西梅爾恩和普法爾茨-茨魏布呂肯這兩支間達成的「一支絕後由另一支繼承」的共識，並進一步確認若佔據選帝候之位的這支絕後，將由跟這支血緣最近的旁支的最年長男性成員繼承選帝候之位。
根據這一協議，選帝候之位於1559年傳到了普法爾茨-西梅爾恩支的腓特烈三世手中。作為一名虔誠的加爾文宗教徒，弗里德里希三世把普法爾茨打造成了加爾文宗在歐洲的中心，並積極支持尼德蘭和法國的加爾文宗教徒反抗天主教的鬥爭。他的兒子腓特烈四世更是於1608年創立了新教諸侯聯盟並一向以其領袖自居，且積極與普法爾茨-茨魏布呂肯伯爵國和勃蘭登堡侯國等信奉新教的諸侯聯姻。他強烈的宗教觀也影響了他的兒子和繼承人，普法爾茨選帝侯腓特烈五世。
腓特烈四世1610年去世時，腓特烈五世只有14歲，根據1356年金璽詔書中的相關規定，未成年的選帝候必須由其血緣最近的男性長輩監護並攝政直到成年。然而，腓特烈五世的血緣最近的男性長輩是不久前剛剛皈依天主教的諾伊堡的普法爾茨伯爵沃夫岡·威廉，因此腓特烈四世在臨死前另外指定信奉新教的茨魏布呂肯的普法爾茨公爵約翰二世擔任其子的監護人兼攝政王。腓特烈四世去世後，腓特烈五世敞開大門歡迎約翰二世而將沃爾夫岡-威廉拒之門外。這種不符合體例的做法引發了德意志諸王公間的激烈爭吵。最終，神聖羅馬帝國皇帝馬蒂亞斯於1613年干預此事，破例允許腓特烈五世在未成年的情況下獨立執政。
1614年，腓特烈五世年滿18歲，此事遂告一段落，但它在維特爾斯巴赫家族長支各旁支間引發了以不同宗教信仰為基礎的矛盾，埋下了相互仇恨的種子。腓特烈五世還遵循父親希望其娶一位信奉新教的配偶的願望，於1613年情人節在倫敦白廳迎娶了同為信奉新教的斯圖亞特王朝的英王詹姆士一世的長女伊利沙伯·斯圖亞特（英國內戰中被斬首的英王查理一世的姐姐），從而將英格蘭、普法爾茨、丹麥和奧蘭治-拿騷家族統治下的荷蘭等各新教國家有效地聯合起來。
詹姆士一世起先曾考慮把長女嫁給法王路易十三，但因法國是天主教國家只能作罷；還有其他一些歐洲其他國家的王公有意娶伊利沙伯·斯圖亞特為妻，其中包括當時還是瑞典王子的古斯塔夫二世·阿道夫。最後，腓特烈五世被選中，因為普法爾茨選侯國是德意志新教諸侯的首領，而且儘管伊利沙伯·斯圖亞特的生母安妮王后反對這門婚事，認為一國公主不該屈尊下嫁一個選帝候，但腓特烈五世得到了伊利沙伯·斯圖亞特本人及其長兄威爾斯親王亨利的認可。為迎接新婚妻子，同時也作為婚姻協議的一部分，腓特烈五世立即着手擴建選帝候宅邸海德堡城堡（新建了動物園、伊利沙伯拱門、在城堡的西南側新建了一個劇院，在那裏莎士比亞的戲劇首次在德國境內上演）並新建了由曾任伊利沙伯·斯圖亞特私人教師的法國建築師、胡格諾教徒所羅門·德·高斯設計的，當時在英國流行的，巴洛克式意大利文藝復興風格的海德堡城堡花園（拉丁文：Hortus Palatinus），使之成為阿爾卑斯山以北最重要的文藝復興建築之一。整個工程一直持續到1619年，因三十年戰爭爆發而未能完工。
1614年起，普法爾茨-諾伊堡支統治於利希和貝爾格兩公國。這一變化的起因是患有精神病的於利希-克萊沃-貝格聯合公國末代公爵約翰-威廉於1609年死後無嗣，於是爆發了於利希繼承戰爭（1609-10年；1614年）。由於這個面積為14萬平方公里的公國扼守西班牙軍隊從陸路進入西屬尼德蘭所必經的西班牙之路，戰略位置極為重要，且因八十年戰爭引發的難民大量湧入所帶來的經濟繁榮而被各方勢力所垂涎，因而引發了1608-09年形成的兩大政治軍事陣營：新教諸侯聯盟和天主教諸侯同盟之間的第一次正面衝突。因此這場短促的戰爭被眾多史學家視為三十年戰爭的前哨戰。
哈布斯堡家族的時任神聖羅馬帝國皇帝魯道夫二世對該領地有合法聲索權，因為約翰-威廉的外公和魯道夫二世的爺爺都是神聖羅馬帝國皇帝斐迪南一世。但是作為皇帝，魯道夫二世在政治上需要保持中立，因此無法公開要求其聲索權。儘管除魯道夫二世外還有六位聲索者，但其中最有機會的是約翰-威廉大姐的女兒普魯士的安娜（她丈夫是勃蘭登堡選帝候約翰-西吉斯蒙德）和約翰-威廉二姐的兒子諾伊堡的普法爾茨伯爵沃夫岡·威廉。當時這兩個聲索者都是新教徒。約翰-威廉死後不久，其妻洛林的安托瓦內特和一干樞密院成員與皇帝的欽差等人組成了攝政機構，魯道夫二世則隨後宣佈帝國法院（德文：Reichshofrat）將在四周內對最終歸屬權作出裁決。這被兩位新教徒聲索者看作是魯道夫二世所代表的天主教勢力企圖吞併該公國的舉動，於是勃蘭登堡候國和普法爾茨-諾伊堡伯爵國於1609年6月在多特蒙德締結盟約，宣佈不承認除兩人外的所有其他聲索者，並組成聯合政府。
兩國聯軍則公然無視皇帝權威，開入該公國境內。火上澆油的是，哈布斯堡家族的死敵、波旁王朝的法王亨利四世和荷蘭共和國次年初分別派出兩萬多人的軍隊支援新教聯軍，以期徹底切斷西班牙軍道。不料亨利四世於當年5月14日遇刺身亡，而天主教各諸侯也害怕戰爭由小規模衝突升級為大規模宗教戰爭而拒絕參戰，才避免戰爭進一步擴大。皇帝把公國完整地封給薩克森公爵克里斯蒂安二世的決定在1610年5月在布拉格召開的會議上被否決，而聯軍雖然軍事佔領了公國，但財力耗盡且得不到各方勢力的承認。1612年6月魯道夫二世之弟、新任神聖羅馬帝國皇帝馬蒂亞斯即位後確認了把公國封給薩克森的決定，導致形式再次緊張，但由於西吉斯蒙德改信加爾文宗而沃爾夫岡-威廉皈依天主教，勃蘭登堡候國和普法爾茨-諾伊堡伯爵國在1614年初時已經斷絕了官方往來。因此，當年5月戰端重開的時候，前者與其大金主荷蘭共和國並肩作戰，後者則協助人稱「偉大將領」（西班牙文：El Gran Capitán）的熱那亞人安布羅西奧·斯皮諾拉侯爵麾下的西班牙軍隊。同年10月交戰雙方在英法調停下開始和談並於次月簽訂克桑滕條約，條約規定普法爾茨-諾伊堡伯爵國獲得於利希和貝爾格兩公國，以及位於今荷蘭南部的拉文施泰因；克萊沃公國和拉文斯貝格伯國則歸勃蘭登堡候國所有。西班牙通過這一領土分割協議獲得了62個城鎮和三個萊茵河渡口，使得西班牙軍道附近的軍事態勢有利於西班牙而不利於荷蘭共和國。
1618年5月22日，信奉新教的波希米亞發生了反叛一年前剛任國王的斐迪南二世的第二次擲出窗外事件，原因是波希米亞貴族們擔心狂熱信奉天主教的斐迪南二世會取消波希米亞享有的宗教自由，事實上他也確實是這麼打算的。波希米亞貴族們希望薩克森選帝候約翰·格奧爾格一世擔任波希米亞國王，但被婉拒。這樣一來，腓特烈五世就成了唯一的選擇，因為他是薩克森選帝候之後最有實力的新教諸侯而且沒有其他新教諸侯願意冒與皇帝衝突的風險。8月26日，波希米亞選舉腓特烈五世為新任國王。兩天後，斐迪南二世在法蘭克福當選為新任神聖羅馬帝國皇帝，七大選帝候只有腓特烈五世投了反對票。
1619年11月4日，時年23歲、意氣風發但缺乏政治經驗，尤其是軍事經驗為零的普法爾茨選帝侯腓特烈五世在缺乏新教諸侯政治和軍事支持的情況下接受波希米亞貴族的邀請，在布拉格聖維特主教座堂加冕為波希米亞國王，從而打破了天主教同盟和新教聯盟之間的微妙力量平衡（七大選帝候席位獨佔其二，天主教諸侯與新教諸侯間票數比從4:3變成3:4，意味着今後皇帝之位將不再由信奉天主教的哈布斯堡家族壟斷），成為引發三十年戰爭的導火索。腓特烈五世和他的宮廷顧問們對接受波希米亞王位所可能產生的政治和軍事後果明顯估計不足，不僅高估了自身力量也高估了新教諸侯聯盟能夠給予的支持。首先，普法爾茨選侯國的軍事實力遠不及哈布斯堡家族，相比較其餘諸侯國，普法爾茨選侯國的領土顯得鬆散，以海德堡為中心的下普法爾茨（又稱萊茵-普法爾茨）和以安貝格為中心的上普法爾茨這兩大塊主要領地間彼此不想連。下普法爾茨的經濟支柱是農業，上普法爾茨是歐洲當時重要的採礦區之一。其次，儘管腓特烈五世的父親1608年創立了新教諸侯聯盟，但新教諸侯中最強大的薩克森公國並未參加，而且聯盟內部信奉路德宗的諸侯跟信奉加爾文宗的諸侯間也存在着矛盾。事實上，腓特烈五世繼承波希米亞王位後還不到一年，1620年7月3日，新教諸侯聯盟就與天主教諸侯同盟在烏爾姆簽訂協議，宣佈在腓特烈五世與斐迪南二世之間的衝突中嚴守中立，造成前者的外交孤立。
斐迪南二世成為新任神聖羅馬帝國皇帝后，一方面在外交上孤立腓特烈五世，另一方面聯合巴伐利亞公爵馬克西米利安一世領導的天主教諸侯同盟軍事討伐腓特烈五世（於是出現同一家族的長幼兩支互相殘殺的局面），並在1620年11月8日在布拉格附近的白山戰役中消滅了腓特烈五世的軍隊。腓特烈五世及其家人被迫逃亡（戰後先逃往西里西亞首府布列斯勞，次年逃往荷蘭海牙），遭世人嘲諷為「在位僅一個冬天的國王」。從西屬尼德蘭首府布魯塞爾出發的安布羅西奧·斯皮諾拉侯爵統帥的西班牙軍隊早在1620年8月就攻入波希米亞，次月轉換目標攻入下普法爾茨；蒂利伯爵麾下的天主教同盟軍隊也緊隨其後。
1621年1月21日，斐迪南二世宣佈沒收腓特烈五世在神聖羅馬帝國境內的貴族頭銜和世襲領地，同年5月，在皇帝的要求下，新教諸侯聯盟宣告解散。1622年5-6月間，腓特烈五世的軍隊接連失利；7月23日，帝國和西班牙聯軍開始圍困海德堡，9月16日城市陷落，三天後海德堡城堡被佔領，曼海姆也於同年11月5日失守。海德堡的新教教堂和海德堡大學都被迫關停，舉世聞名的普法爾茨圖書館（拉丁文：Bibliotheca Palatina）連同館藏的3500本珍貴手抄典籍則被運往羅馬送給教宗額我略十五世以回報其資助天主教諸侯62萬吉爾德金幣（一說100萬達克特金幣）的軍費。1623年2月23日，斐迪南二世將腓特烈五世被褫奪的選帝候資格授予巴伐利亞公爵馬克西米利安一世。1623年8月6日，腓特烈五世僅剩的盟友布倫瑞克-呂訥堡公爵克里斯蒂安率領的軍隊在施塔特洛恩戰役中被蒂利伯爵統帥的帝國軍隊摧毀。
三天後，腓特烈五世被迫與斐迪南二世簽訂停戰協定，三十年戰爭的普法爾茨階段結束了。腓特烈五世喪失了全部的領地：上普法爾茨被巴伐利亞永久佔領，萊茵-普法爾茨則被馬克西米利安一世和諾伊堡的普法爾茨伯爵沃爾夫岡-威廉（屬長支的普法爾茨-諾伊堡支，但在於利希爵位繼承戰爭期間已皈依天主教）所瓜分，直到1648年結束三十年戰爭的威斯特伐利亞條約簽訂後才歸還給腓特烈五世的次子卡爾一世·路德維希，普法爾茨的選帝候席位也得到恢復（巴伐利亞在戰爭中獲得的席位保留，七大選帝候變為八大，長幼兩支均佔一席，直到1777年長支回到巴伐利亞統治，萊茵-普法爾茨的選帝候席位併入巴伐利亞為止）。腓特烈五世與伊利沙伯·斯圖亞特的小女兒索菲1658年嫁給了後來成為首任漢諾威選帝候的布倫瑞克-呂訥堡公爵厄內斯特-奧古斯都。他們的長子喬治-路易作為英王詹姆士一世曾外孫於1714年斯圖亞特王朝末代君主安妮女王死後繼承英國王位，建立了漢諾威王朝。
1685年，卡爾一世路易的獨子，普法爾茨選帝候卡爾二世死後無嗣，普法爾茨-西梅爾恩支宣告終結，取而代之的是信奉天主教的普法爾茨-諾伊堡支：在於利希爵位繼承戰爭中獲得於利希和貝爾格兩公國的沃爾夫岡-威廉諾伊堡的普法爾茨伯爵的兒子、諾伊堡的普法爾茨伯爵和於利希-貝爾格公爵菲利普-威廉成為新的普法爾茨選帝候。然而這一安排遭到法王路易十四的反對。
1670年6月30日凌晨兩點，路易十四的弟弟、奧爾良公爵菲利普一世的首任妻子、英王查理一世的小女兒英格蘭的亨莉雅妲公主在喝完一杯冰鎮的菊苣水後腹部劇痛而暴卒，時年26歲（當時盛傳是遭其丈夫的「基友」洛林騎士菲利普下毒）。次年，菲利普一世續弦，娶普法爾茨選帝候卡爾一世路易長女伊利沙伯-夏洛特為第二任妻子。因此普法爾茨選帝候卡爾二世死後，路易十四提出應該由卡爾二世之妹、奧爾良公爵夫人伊利沙伯-夏洛特繼承普法爾茨選帝候之位。事實上，由於選帝候之位歷來是傳男不傳女，路易十四的行為只是為法國吞併萊茵-普法爾茨尋找藉口。遭拒絕後法軍不宣而戰於1688年9月開入萊茵-普法爾茨，以法國為一方，1686年7月成立的由奧地利、西班牙、葡萄牙、巴伐利亞、勃蘭登堡、薩克森、萊茵-普法爾茨、荷蘭共和國、英格蘭、蘇格蘭、愛爾蘭、薩伏伊公國、瑞典（1691年後改為中立）等歐洲各列強所組成並得到教宗依諾增爵十一世秘密支持的反法聯盟奧格斯堡同盟為另一方的大同盟戰爭（亦稱九年戰爭，1688-97年）爆發。
10月24日，法軍進佔海德堡。由於萊茵-普法爾茨是法軍開往德意志各戰場的必經之路，且為了防止正集結軍隊的北德各諸侯（勃蘭登堡、薩克森、漢諾威、黑森-卡塞爾）和正從與奧斯曼帝國作戰的巴爾幹前線回師的南德各諸侯（巴伐利亞、士瓦本地區各侯國和弗蘭肯地區各侯國）以此為跳板進攻法國本土，法軍決定系統性地破壞萊茵-普法爾茨境內所有的軍事要塞，並誓言將此地化為一片廢墟（法文：Brûlez le Palatinat!）。路易十四的戰爭大臣（相當於今天的國防部長）盧福瓦侯爵在1688年12月20日前就擬定了一份詳細的清單，裏面列明了要摧毀的城市，城鎮、村莊、城堡、教堂、橋樑等。法軍還破壞莊稼、偷走或屠宰牲口、趕走居民，徹底實行焦土政策。1689年2月16日，法軍開始破壞海德堡城堡；3月2日法軍撤離之際，用火藥炸毀城堡的防禦塔並縱火焚燒城堡，部分城區也被燒毀。六天後曼海姆被夷為平地，沃爾姆斯和施派爾也分別於5月31日6月1日蒙難。雖然菲利普-威廉的兒子普法爾茨選帝候約翰-威廉於1690年繼位後修復了被毀壞的防禦塔和圍牆，但法軍於1693年5月22日再次攻佔海德堡並於次日進入城堡，這次他們有備而來，用地雷將城堡的防禦設施悉數炸毀，城區也遭受大面積毀壞。遭同樣厄運的還有萊茵-普法爾茨相鄰的巴登侯國和符騰堡公國。
由於海德堡尤其是海德堡城堡在戰爭中遭受嚴重破壞，菲利普-威廉的兒子普法爾茨選帝候約翰-威廉決定將選帝候國的都城從海德堡轉移至貝爾格公國的杜塞爾多夫，約翰-威廉之弟普法爾茨選帝候卡爾三世菲利普繼位後於1718年將都城遷回海德堡但兩年後又遷往曼海姆。這兩兄弟的大姐，諾伊堡的艾琳娜·瑪格達萊娜是神聖羅馬帝國皇帝利奧波德一世的第三任和最後一任妻子，育有哈布斯堡王朝的最後兩位神聖羅馬帝國皇帝約瑟夫一世和查理六世，也是哈布斯堡王朝末代君主和唯一一位女性君主瑪麗亞·特蕾西亞的祖母。
為了加強維特爾斯巴赫家族各旁支之間的團結，卡爾三世菲利普於1742年1月17日舉行了一場婚禮，將其長外孫女和二外孫女分別嫁給了普法爾茨-蘇爾茨巴赫支的卡爾·泰奧多爾和巴伐利亞選帝候馬克西米利安二世埃瑪紐埃爾之孫巴伐利亞的克萊蒙特-弗朗西斯公爵，而在數天之後的皇帝選舉中，卡爾三世菲利普更是把手裏的選票投給了巴伐利亞選帝侯卡爾·阿爾布雷希特，助其當選為神聖羅馬帝國皇帝查理七世。1742年卡爾三世菲利普死後無男嗣，普法爾茨-諾伊堡支宣告終結，繼承選帝候之位的是其長外孫女婿、普法爾茨-蘇爾茨巴赫支的卡爾·泰奧多爾。隨着1777年巴伐利亞選帝候馬克西米利安三世約瑟夫死後無嗣，維特爾斯巴赫家族幼支絕後，普法爾茨-蘇爾茨巴赫支的卡爾·泰奧多爾作為長支的族長繼承了巴伐利亞選帝候之位，維特爾斯巴赫家族這兩塊分離了四個半世紀的領地再次合到了一起。
然而，由於卡爾·泰奧多爾已經是萊茵-普法爾茨選帝候，因此根據1648年威斯特伐利亞條約的規定，他在繼承巴伐利亞前必須把萊茵-普法爾茨傳給自己的繼承人。事實上，儘管巴伐利亞無論從面積還是國力上都超過萊茵-普法爾茨，但由於卡爾·泰奧多爾素來對政治不感興趣，而把時間精力都花在建造劇院、博物館，收集藝術品，打獵和與其眾多情婦（大多是法國女演員）幽會上，他更喜歡呆在氣候更加溫和的萊茵-普法爾茨首府曼海姆，而對遷往慕尼黑熱情不高。蘇格蘭著名哲學家和歷史學家托馬斯·卡萊爾曾給予他這樣的評價：「一個整天無所事事的可憐蟲，自大、浮誇、淺薄而喜歡炫耀，沉迷於戲劇和繁育私生子而不能自拔。」儘管卡爾·泰奧多爾有很多情婦和私生子卻沒有合法的子嗣（他曾有過一個兒子，但出生第二天就死了），因此他自己的後代無法繼承萊茵-普法爾茨和巴伐利亞，他需要得到一些他的私生子女們能夠繼承的領地，以便讓他們從平民變成貴族。與此同時，巴伐利亞選帝候馬克西米利安三世約瑟夫的妹夫、神聖羅馬帝國皇帝約瑟夫二世則對巴伐利亞覬覦已久。
1778年1月3日，卡爾·泰奧多爾與約瑟夫二世達成密約，以將下巴伐利亞割讓給奧地利為代價換取皇帝支持其保留萊茵-普法爾茨的同時繼承巴伐利亞剩餘地區。同時，卡爾·泰奧多爾希望從皇帝那裏獲得奧屬尼德蘭和前奧地利的部分土地以便死後傳給他的私生子們，但這一條並沒有寫入條文中。這一損害巴伐利亞領土完整的計劃立即遭到了巴伐利亞選帝候馬克西米利安三世約瑟夫的遺孀薩克森的瑪利亞·安娜·索菲亞和卡爾·泰奧多爾的第一順位繼承人、長支普法爾茨-茨魏布呂肯-比肯費爾德支的茨魏布呂肯公爵卡爾二世·奧古斯特的反對。普魯士（唯一有實力和意願與奧地利對抗的德意志諸侯）、薩克森（薩克森選帝候弗里德里希·奧古斯特三世 跟卡爾二世奧古斯都娶了對方的妹妹為妻）和大多數其他德意志諸侯也反對這一領土交換，就連1756年以來改與哈布斯堡家族結盟的法國都不支持，因為法國當時正集中精力於美國獨立戰爭，不希望在歐洲爆發大規模戰事。在短暫的巴伐利亞王位繼承戰爭（1778-79年）後，巴伐利亞將因河西南岸與上奧地利接壤的因河地區割讓給奧地利，卻沒能在奧屬尼德蘭和前奧地利得到任何有價值的土地，領土交換計劃無果而終。雖然1784-85年卡爾·泰奧多爾又嘗試了一次，試圖以巴伐利亞交換奧屬尼德蘭並從皇帝那裏獲得勃艮第國王的頭銜，但因普魯士的干預終未能如願。
1789年7月法國大革命爆發後，法軍在第一次反法同盟戰爭期間於1792年攻入萊茵-普法爾茨，1795年讓·維克多·莫羅率領的法軍萊茵-摩澤爾軍團更是攻入巴伐利亞境內，佔領慕尼黑並圍困英戈爾施塔特，卡爾·泰奧多爾在留下一個看守政府後匆忙逃亡薩克森。1796年9月，看守政府被迫與讓·維克多·莫羅簽訂停戰協議，並向法軍提供巨額軍費。第二次反法同盟戰爭期間，奧地利軍隊為與法軍開戰做準備於1799年初佔領巴伐利亞。1799年2月卡爾·泰奧多爾逝世後，長支的普法爾茨-蘇爾茨巴赫支亦宣告終結，入替的是茨魏布呂肯公爵卡爾二世·奧古斯特之弟茨魏布呂肯公爵馬克西米利安-約瑟夫。當時維特爾斯巴赫家族長支只剩下普法爾茨-茨魏布呂肯-比肯費爾德支（由馬克西米利安-約瑟夫領導）和普法爾茨-比肯費爾德-格爾恩豪森支（由比肯費爾德-格爾恩豪森的普法爾茨伯爵威爾漢姆領導）。馬克西米利安-約瑟夫繼承了卡爾·泰奧多爾的巴伐利亞選帝候之位，史稱馬克西米利安四世約瑟夫。作為補償，威爾漢姆得到了「巴伐利亞里的公爵」頭銜。之所以使用巴伐利亞里的公爵而非巴伐利亞公爵是因為蘭茨胡特爵位繼承戰結束後，巴伐利亞公爵阿爾布雷希特四世吸取歷史教訓，為防止他死後出現幾個兒子分家而致領地四分五裂的局面而於1506年確立了長子繼承制，因此在任何時候都只能有且僅有一位巴伐利亞公爵。威爾漢姆於是成為首任巴伐利亞里的公爵，他也是大名鼎鼎的茜茜公主的曾祖父。
儘管馬克西米利安四世約瑟夫同情法國大革命，但巴伐利亞的軍事和財政狀況讓他根本無法擺脫奧地利的控制。1800年12月，法軍在霍亨林登戰役中擊敗奧地利-巴伐利亞聯軍後，讓·維克多·莫羅率領的法軍再次佔領慕尼黑。1801年2月9日，法國與神聖羅馬帝國簽訂《呂內維爾條約》，巴伐利亞失去了萊茵-普法爾茨、茨魏布呂肯公國和於利希公國（雖然條約第七款中提到要給予巴伐利亞領土補償）。奧地利這種完全不把巴伐利亞的利益放在眼裏的行為促使巴伐利亞於同年8月跟法國秘密簽訂了和平同盟條約，轉而與法國結盟，而當時擔任第一執政的拿破崙則承諾用於補償巴伐利亞的領土將從神聖羅馬帝國獲取。
1803年巴伐利亞在德國政治地圖重組過程中獲得了維爾茨堡、班貝格、奧格斯堡和弗賴辛等主教國和帕紹主教國的一部分，以及12個修道院、17座城市和村莊的零散土地。這些土地加起來足夠補償之前失去的萊茵河西岸的土地。1805年第三次反法同盟中，巴伐利亞軍隊首次與法軍並肩作戰，同年12月奧斯特里茲戰役後，神聖羅馬帝國被迫與法國簽訂普雷斯堡和約並出讓大片領土：1801年《呂內維爾條約》規定，神聖羅馬帝國皇帝弗朗茨二世之弟托斯卡納大公費迪南三世將自己的領地讓給法國，但獲得薩爾茨堡選侯國（含薩爾茨堡大主教國、貝希特斯加登以及部分艾希斯特主教國和帕紹主教國的領土）作為補償。普雷斯堡和約則規定，肢解薩爾茨堡選侯國，薩爾茨堡大主教國和貝希特斯加登歸奧地利，其餘部分歸巴伐利亞。
巴伐利亞則將1803年獲得的維爾茨堡選侯國（次年8月神聖羅馬帝國解散後被升格為維爾茨堡大公國）讓給費迪南三世作為補償。此外，巴伐利亞還從奧地利獲得了蒂羅爾、福拉爾貝格、布爾高侯國、霍恩埃姆斯和柯尼賽格-羅騰菲爾斯伯爵國、阿根、特南和林道等領土。條約還規定神聖羅馬帝國須承認巴伐利亞和符騰堡為王國並尊重其主權。1806年1月1日，巴伐利亞選帝候馬克西米利安四世約瑟夫即位為首任巴伐利亞國王（史稱馬克西米利安一世約瑟夫）。作為政治交換，他不太情願地把女兒奧古斯塔公主許配給拿破崙第一任妻子約瑟芬皇后與前夫所生的獨子歐仁·德·博阿爾內。此外，長支的另一個旁支普法爾茨-茨魏布呂肯-比肯費爾德支-克里伯格支在繼承瑞典王位的同時統治不萊梅-費爾登公國（1654-1719年）。
1806年3月15日，貝爾格公國也被割讓給法國。同年7月12日，巴伐利亞王國加入了法國的附庸國組織萊茵邦聯並於8月1日脫離神聖羅馬帝國。五天後的1806年8月6日，存在了八百多年的神聖羅馬帝國宣告解散（伏爾泰曾評價神聖羅馬帝國「既不神聖、亦非羅馬、更加不是帝國」）。1808年，巴伐利亞參照法國憲法制定了自己的憲法，境內的農奴制被徹底廢除。此後，被與拿破崙戰爭機器捆綁在一起的巴伐利亞又分別於1809年第五次反法同盟戰爭和1813年第六次反法同盟戰爭與奧地利交戰，並在1809年通過美泉宮和約獲得了薩爾茨堡公國。
1810年2月，巴伐利亞將南蒂羅爾割讓給意大利王國、將特南割讓給符騰堡王國，以換取薩爾茨堡公國的部分領土、因河河谷、豪斯魯克、拜羅伊特親王國和雷根斯堡親王國。1812年，拿破崙入侵俄國遭遇慘敗，大約三萬名巴伐利亞士兵陣亡。1813年10月8日，巴伐利亞與奧地利簽訂里德條約脫離萊茵邦聯並加入第六次反法同盟。1814年拿破崙被迫退位後，維也納會議重新劃分了歐洲各國的邊界，巴伐利亞將蒂羅爾和福拉爾貝格歸還奧地利，作為補償獲得了部分原屬維爾茨堡大公國、法蘭克福大公國、美茵茨選侯國（阿沙芬堡地區）以及黑森大公國的部分土地。1815年，巴伐利亞加入德意志邦聯。1816年，巴伐利亞王國於奧地利帝國之間簽訂《慕尼黑條約》，巴伐利亞以薩爾茨堡公國（不含貝希特斯加登和魯佩爾蒂溫克爾）向奧地利換回1815年巴黎條約中法國割讓給奧地利的原屬萊茵-普法爾茨的土地（大部位於萊茵河西岸，少部位於東岸）。另一部分原屬萊茵-普法爾茨的土地已併入符騰堡王國和巴登大公國，故而未能收回。
在馬克西米利安一世約瑟夫的後代們的統治下，巴伐利亞王國成為德意志各國中第三強大的國家，僅次於普魯士和奧地利，是德意志第二梯隊諸侯國的絕對領袖。1871年德國統一後，巴伐利亞成為德意志帝國內僅次於普魯士的強邦。維特爾斯巴赫家族作為巴伐利亞王國的君主一直統治到1918年一戰結束。該年11月12日，巴伐利亞王國末代國王路德維希三世在薩爾斯堡南郊的阿尼夫宮發表了《阿尼夫宣言》，放棄所有士兵和官員的效忠，從而終結了維特爾斯巴赫家族在巴伐利亞長達738年的統治。巴伐利亞共和國旋即成立。
路德維希三世的堂弟及前任國王路德維希二世是德國歷史上最具傳奇色彩的君主。他酷愛藝術、支持文化事業、與瓦格納是至交、親自設計並主導修建了新天鵝堡、林德霍夫宮、海倫基姆湖宮等一系列金碧輝煌的宮殿。但其揮金如土也導致很多大臣的不滿。1886年6月10日凌晨四點，路德維希二世被巴伐利亞政府宣佈為精神失常且已經無法處理公務，其叔叔柳特波德被擁立為攝政王。11日，路德維希二世在班貝格出版的一份報紙上發表聲明，稱此為叛變行為並號召民眾抵制。12日，國王被強制送往慕尼黑以南施坦貝爾格湖畔的貝爾格城堡軟禁。13日傍晚，路德維希二世與負責治療他的古登醫生離開城堡散步，至夜未歸。直到午夜，路德維希二世和古登醫生的屍體終於在施坦貝爾格湖的淺水區中被發現。具體死因成為德國歷史上最大的謎團之一，路德維希二世的遺體安葬於慕尼黑的聖彌額爾教堂。
希特拉上台後及第二次世界大戰中，維特爾斯巴赫家族秉持反納粹立場。家族成員起先離開德國遷往匈牙利，但之後遭到逮捕，並被關押於多個納粹集中營，包括奧拉寧堡集中營和達豪集中營。
擁護詹姆斯二世的後代為英國合法國王的人現在承認的皇位繼承人是維特爾斯巴赫王朝成員。巴伐利亞王位繼承人弗朗茨被詹姆斯二世黨承認為英皇弗朗西斯二世。
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