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明清戰爭，交戰雙方為明朝（含南明[註1]）和後金（後改國號為「大清」，即清朝）。1589年，女真愛新覺羅部首領努爾哈赤統一建州女真，1616年建立後金。1644年清兵入山海關時，僅控制遼東和河北附近，與清朝並存的主要有三股勢力：南京的南明弘光帝、陝西的李自成、四川的張獻忠。清朝將他們逐個擊破後，最後一個奉明正朔的政權明鄭結束於1683年。
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明朝的支持者們沒有被徹底消滅，他們轉入地下活動，形成天地會、洪門等反清復明的秘密結社。戰爭過程中，清軍屠殺多處，例如揚州十日、嘉定三屠、大同之屠、以及庚寅之劫，而大西軍及明軍亦有軍紀敗壞及參與屠蜀等屠殺的記載[參1][參2]。
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位於現今中國東北的女真族其中以先祖為渤海人的建州女真[參3]最為強大。明朝收建州女真為藩屬，冊封阿哈出為建州都指揮使，猛哥帖木兒為建州衛左都督。猛哥帖木兒在被野人女真所殺後，其弟凡察與子董山被迫南移，最後定居赫圖阿拉（今遼寧新賓），併入建州衛內[參4]。1442年明朝自建州左衛分立出右衛，以凡察領導右衛、董山領導左衛，形成建州三衛[註2]。
由於建州三衛屢次犯邊搶掠[參5] ，1467年明朝聯合朝鮮制裁建州三衛，並且於遼東邊界興建長城。明朝萬曆初年，董山的後代覺昌安與其子塔克世偕同明朝遼東總兵李成梁，以建州右衛王杲叛亂為由攻滅王杲與其子阿台，然而覺昌安父子也在混戰中死亡。1586年明廷襲封塔克世之子努爾哈赤為指揮使作為補償。努爾哈赤以祖、父遺留的十三副遺甲崛起，統一建州女真後陸續併吞女真各部[註3]，並與漠南蒙古友好[參4]。
建州女真國力日盛，1616年努爾哈赤在建立八旗制度後於赫圖阿拉（後稱興京）稱汗立國，即後金汗國。兩年後他以「七大恨」為由起兵反明。努爾哈赤在1619年的薩爾滸之戰中，擊敗楊鎬指揮的明軍、朝鮮與葉赫聯軍；接連佔領瀋陽、遼陽、撫順等遼東城市，隨後戰事集中於遼西地區。戰無不勝的努爾哈赤最後於1626年的寧遠戰役中被袁崇煥的紅衣大炮擊敗，不久逝世[註4]。第八子皇太極歷經權力鬥爭後繼位[參4]。
皇太極即位之後，針對努爾哈赤時期的社會矛盾進行了一系列改革，史稱「天聰新政」。皇太極改文館為內國史院、內秘書院、內弘文院，這是清朝內閣的雛形。還繼續完善和擴大蒙古八旗、漢軍八旗，設立理藩院管轄蒙古等地事務。將都城瀋陽易名「盛京」，更改「女真」族名為「滿洲」，1636年在盛京稱帝，改年號為崇德，國號為大清。當時明朝在關外的勢力尚有袁崇煥守備的錦州、寧遠與松山等三城。皇太極為繞道避開此防線，首先穩定根據地。他先脅迫明朝求和未果，隨後成功降伏西邊蒙古察哈爾部和東邊朝鮮。接着，皇太極經察哈爾繞道入侵明朝首都北京。最後崇禎帝中了反間計，殺害援救北京的袁崇煥，史稱己巳之變。這種藉由繞道入侵的作法後來又執行五次，與明朝內部的流寇一同消耗明朝的經濟力。1642年，清軍於松錦之戰擊潰明軍並收降洪承疇等人，奪取明朝在關外的所有堡壘，防線移至山海關[參7]。1643年皇太極病死，第九子福臨繼位，是為順治帝，由其叔多爾袞攝政[參4]。
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明朝末年，遼東總兵李成梁利用女真各部落之間以及和其他民族部落之間的矛盾縱橫捭闔，以控制局勢。萬曆二年（1574年）建州右衛指揮使王杲不堪明朝壓迫，起兵反明，戰敗被殺。王杲的兒子阿台得以逃脫，回到古勒城（今新賓上夾河鎮古樓村）。阿台的妻子是努爾哈赤祖父覺昌安的孫女、父親塔克世的侄女。
萬曆十一年（1583年）李成梁攻打古勒寨。覺昌安、塔克世進城去探望，因戰事緊急被圍在寨內。建州女真蘇克素滸河部圖倫城（今新賓湯圖鄉）的城主尼堪外蘭在李成梁的指揮下誘阿太開城，攻破古勒寨之後屠城，覺昌安、塔克世也未能倖免。努爾哈赤和他的弟弟舒爾哈齊在敗軍之中，因儀表不凡，被李成梁的妻子放走。努爾哈赤歸途中遇到額亦都等人擁戴，有十三副盔甲作為裝備。他回到建州之後，派人質問明朝為何殺害其祖、父。明朝歸還努爾哈赤祖、父遺體，並給他「敕書三十道，馬三十匹，封龍虎將軍，復給都督敕書」。
萬曆十二年（1584年）努爾哈赤率領部眾去攻打尼堪外蘭，克圖倫，尼堪外蘭逃到鵝爾渾。1587年努爾哈赤又攻克鵝爾渾，尼堪外蘭逃到明朝領地。努爾哈赤請求遼東總兵李成梁押還尼堪外蘭，努爾哈赤處死尼堪外蘭。同年，在「建州老營」的廢址上建城，該城在1621年後金遷都遼陽後被稱為赫圖阿拉，即「舊老城」（今遼寧省新賓縣永陵鎮二道村）。努爾哈赤在李成梁的扶植下逐漸強大，將女真部落逐一收服。1593年九月，葉赫、輝發、烏拉、哈達（以上為海西女真的「扈倫四部」）、錫伯等九個部落聯合攻打努爾哈赤。在古勒山之戰努爾哈赤擊敗九部。1603年努爾哈赤收哈達。1607年收輝發，1613年收烏拉。萬曆四十三年（1615年），李成梁去世。
萬曆四十四年（1616年），努爾哈赤在赫圖阿拉稱「覆育列國英明汗」，國號「大金」，史稱後金。明萬曆四十六年（1618年），努爾哈赤以明朝偏袒女真葉赫部等理由，頒佈「七大恨」，起兵造反。
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萬曆末年遼東遭遇凶年，「流離道路，餓莩相望」，這是努爾哈赤起兵的重點之一。萬歷四十六年（1618年）正月，努爾哈赤對諸貝勒宣佈：「吾意已決，今歲必征大明國！」，四月十三日以七大恨告天，起兵反明。努爾哈赤進攻撫順，守將李永芳不戰而降。又克清河，殺守將鄒儲賢。最關鍵的戰事發生於萬曆四十七年（1619年）三月爆發的薩爾滸之戰，努爾哈赤大敗四路明軍。
1626年，努爾哈赤發動寧遠之役，遭明朝大將袁崇煥擊敗，不久憂憤而死，其子皇太極繼位。1627年，明熹宗去世，其弟朱由檢繼位。
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1629年，皇太極改採繞道長城以入侵北京城，史稱己巳之變，袁崇煥緊急回師，與皇太極對峙於北京廣渠門。但是，皇太極散佈了袁崇煥叛國謠言，明思宗大怒，經三司會審，凌遲處死了袁崇煥。
其後皇太極多番遠征蒙古，終於在六年後徹底擊敗林丹汗，取得了元朝傳國玉璽，1636年在盛京稱帝，改國號為大清，建立清朝。並且陸續發起五次經長城入侵明朝直隸、山東等地區燒殺劫掠，史稱清兵入塞。當時直隸連年災荒疫疾，民不聊生[參8]。
1639年至1642年，明思宗集結華北明軍主力13萬人與清軍主力11萬人進行總決戰——松錦之戰。此戰明軍全軍覆沒，明軍防線從錦州退縮至寧遠。1643年，清軍發動寧遠衛之戰。雖然寧遠總兵吳三桂在寧遠城下擊退清軍，但是遼西走廊其餘屯堡全部陷落。至此寧遠成為明軍在東北最後的孤立要塞。
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清滅大順之戰主要戰場在陝西、河南。1644年，大順軍逼近北京，吳三桂放棄寧遠入關勤王。4月25日（三月十九日）甲申之變，闖王李自成入主北京，建大順，明朝滅亡。此時吳三桂尚未到達北京，於是撤軍返回山海關閉關自守。由於與李自成矛盾激化，吳三桂引清軍進入山海關，於遼西一片石之戰合兵擊敗李自成的大順軍，李自成退守陝西，1644年6月6日清順治帝在北京登基。阿濟格、吳三桂與多鐸、孔有德分陝北、河南二路攻擊李自成，李自成南逃至湖北九宮山戰死。
南明在江北四鎮（淮安、揚州、廬州、泗州）部署兵力，惟各自為營，均被攻陷。1645年5月，清軍圍攻長江北岸最後一道防線揚州，史可法死守，5月20日（四月二十五日）城破後屠城十天，史稱「揚州十日」。
6月1日（五月初八）凌晨，清軍自揚州府瓜洲渡江，鎮江巡撫楊文驄和鎮江總兵鄭鴻逵戰敗南逃，清軍奪鎮江。6月3日南明弘光帝從南京出逃安徽。6月8日（五月十五日），清軍入南京，魏國公徐胤爵、保國公朱國弼、靈璧侯湯國祚、定遠侯鄧文郁，及尚書錢謙益、大學士王鐸、都御史唐世濟等人剃髮降清。
入關戰爭屠殺事件頻發，在江南一帶尤甚，如揚州十日、嘉定三屠、江陰之屠、大同之屠、庚寅之劫、屠蜀、廣州之屠等。[參9][參10][參11]。
明思宗的堂兄福王朱由崧稱帝，即弘光帝，南明成立，然而弘光朝因為黨爭與宦官之亂而分裂[參12]。南京失陷後，弘光帝逃至蕪湖被活捉後送到北京，1646年被處死。
弘光帝失敗後，魯王朱以海於浙江紹興監國，而唐王朱聿鍵在武裝海商集團首領鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即隆武帝。然而這兩個南明主要勢力互不承認彼此地位而互相攻打。1651年在舟山淪陷後，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭芝龍之子鄭成功，1662年病死在金門。
隆武帝屢議出師北伐，然而得不到鄭芝龍的支持而終無所成。1646年，清軍分別佔領浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝於汀州逃往江西時被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由於其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死後，其弟朱聿𨮁在廣州受侍郎蘇觀生及廣東藩司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，於同年年底被清將李成棟攻滅。桂王朱由榔於廣東肇慶稱帝，即永曆帝[參9]。
1646年，永曆帝獲得瞿式耜、張獻忠餘部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支援之下展開反攻，同時各地降清的原明軍將領先後反正。1648年，江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而於同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先後佔領湖南、廣東等地。1650年，清軍再次佔領廣州。
1652年，李定國、孫可望發動第二次反攻，在桂林逼死定南王孔有德，又在衡州斬殺敬謹親王尼堪。1659年，鄭成功一度包圍南京。然而，各路明軍因為距離互相難以照應，內部又發生孫可望等人的叛變，第二次反攻以節節敗退告終。1661年，清軍三路攻入雲南，永曆帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達收留。後吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發動政變，殺死其兄。8月12日，莽白發動咒水之難，殺盡永曆帝侍從近衛[參13]。1662年，永曆帝最後被繳給吳三桂，被其以弓弦絞死，李定國聞訊後亦病死，南明滅亡[參9]。
此時反清勢力只剩夔東十三家軍與在台灣的明鄭。李自成餘部在湖南抗清失敗後，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，稱為夔東十三家軍。1662年清軍開始攻打之，到1664年首領李來亨被殺而亡。
清初，由於滿洲力量不足，因此「以漢制漢」，以漢人降將管理華南：
- 吳三桂封平西王（1644年），鎮守雲南，兼轄貴州、部分四川、湖南。
- 尚可喜封平南王（1649年），鎮守廣東、部分廣西，子尚之信奪位（1676年）。
- 耿仲明封靖南王（1649年），鎮守福建，大本營於福州，耿仲明死後，子耿繼茂（1651年）、孫耿精忠（1671年）襲封。
1673年，康熙帝打算撤銷三藩，吳三桂率先舉兵反叛，以反清復明為號召，自稱「總統天下水陸大元帥、興明討虜大將軍」，分兵攻陷湖南、四川。耿精忠（耿繼茂之子）、平南王尚可喜之子尚之信（起兵罷黜其父而即位），先後響應於福建和廣東，廣西孫延齡、陝西王輔臣亦反，台灣奉明朔的延平郡王鄭經也率大軍十五萬登陸福建。吳三桂急派其得力大將左都督王屏藩出兵漢中前往支援，鄭蛟麟與王輔臣部在陝西平陽關圍殲清將莫洛所率十萬餘人，莫洛陣亡，西線戰場形勢趨於嚴峻。康熙十四年（1675年），吳三桂之子吳應熊與孫子吳世霖被處死。
康熙十五年（1676年）起，戰場形勢開始有利於清軍，陝西的王輔臣與清廷對峙三年之後，終於接受康熙的招撫。耿精忠勢窮乞降，尚之信也繼而降清。吳三桂佔領湖南後，未趁王輔臣之響應，溯江北上，坐失戰機，而清軍則貫注全力，收復湖南大片土地。康熙十七年（1678年），吳三桂在稱帝後病死，其孫吳世璠繼位，康熙十八年（1679年），清兵連克常德、衡州等地。吳軍退據武崗、辰龍關。八月，岳樂、喇布等攻破武崗。大將軍安親王岳樂克長沙，大將軍簡親王喇布收復衡州，傅宏烈等部收桂林，陝甘清軍收復漢中、重慶、成都。康熙十九年（1680年），辰龍關破，吳世璠退回昆明。至此湘、蜀、黔、桂等省被清軍次第收復。康熙二十年（1681年），雲貴總督蔡毓榮、平寇大將軍彰泰、賴塔等從蜀、黔、桂三路圍昆明，十月趙良棟綠營破昆明，吳世璠自殺。[參14]
鄭成功在南京之戰失敗後退回金門、廈門，於1662年率軍攻入荷蘭東印度公司統治下的台灣島南部，定都承天府（今台灣台南），史稱明鄭王朝，不久，鄭成功在廈門病死。其弟鄭襲與其子鄭經發生內鬨，爆發了嗣位之爭，鄭經勝出。即位後，鄭經曾派兵支援三藩之亂。1681年，鄭經逝世，權臣馮錫範與宗室鄭聰發動東寧之變，殺監國鄭克𡒉，改立鄭克塽嗣位，明鄭國勢大衰。1683年，清朝康熙帝命施琅為水師提督進攻台灣。鄭克塽投降，明鄭滅亡[參9]。
明末，鼠疫與旱災在中國盛行，直隸「一望極目，田地荒涼」，河南「滿目榛荒，人丁稀少」。四川經戰爭兵火更是「榛榛莽莽，如天地初辟」。順治二年，御史劉明瑛稱：「比年以來，烽煙不靖赤地千里，由畿南以及山東，比比皆然。」[參15]順治八年和碩端重親王形容山西：「田地榛蕪，生齒雕耗，……其僥倖如故者十不一二」。湖北「橫畝皆焦，……村盡逃亡之屋」[參16]。順治八年，江西巡撫夏一鶚稱：「膏腴上畝，土結水枯，極目秋原，草深數尺」[參17]。
明末清初之際經鼠疫的大爆發和長年旱災和饑荒，再加上隨後的長期戰爭，包括明末大規模民變和清軍入關，至清初整個中國南北皆成廢墟。長年的戰爭直到順治末、康熙初年才基本平定下來。康熙帝親政後，革除弊政，並開始採取一系列與民休息的政策，社會經濟逐漸恢復，為後來的康雍乾盛世打下了基礎。
明清易代時所爆發的入關戰爭，清朝以12萬的兵力入關[註5]，襲捲整個華北和華南。清人趙烈文曾表示：「國初創業太易，誅戮太重，所以有天下者太巧。天道難知，善惡不相掩，後君之德澤，未足恃也。」
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