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日本學術會議（日語：日本学術会議／にほんがくじゅつかいぎ nihon gakuzyutsu kaigi ?、英語：Science Council of Japan），是屬於日本內閣府的特別機關。
日本學術會議的前身是於1920年成立之「學術研究會議」，其後為因應新的研究體制，乃改組為日本學術會議。其會員由成員直接選舉產生，屬於總理府，直屬於內閣總理大臣，被定位為特別機構。昭和23年（1948年）選出第一屆會員210名，並於翌年1月開始運作。1956年，日本學士院法公佈，乃將日本學士院獨立分離，隸屬於文部大臣。1983年，修訂日本學術會議法，將會員直選的制度，改由學術研究團體推薦產生。
從日本約87萬名科學家與2000名的連攜會員中，選出210名會員組成大會，任期三年。設會長一名，副會長二名。總會下設七部，六個常設委員會、運營審議會及八個臨時（特別）委員會，並另有事務局。總會是日本學術會議的最高決策機構，通常一年的春秋兩季各會召開一次會議。各部為機構的核心，按照日本綜合大學的七個學部（文、法、經、理、工、農、醫）設立[1]。
常設委員會分為六個，針對以下事項進行審議研究：
日本學術會議具有審議功能和研究聯絡功能。另外，政府亦可向日本學術會議提出諮詢要求，日本學術會議則需提出審議報告，也可主動地針對問題提出報告。至第13屆日本學術會議為止，該組織共提出各種建議報告共680件。
作為代表日本科學界的機構、促進研究人員之間的國際合作、進行信息傳播和信息收集、並反映科學家對政策的意見。
根據這一目的，為了維持學術會議與各團體之間的緊密合作關係，對於協力學術研究團體進行認證，並提供信息和贊助[注 1]。並且，提升科學之進步與發展，使科學能深植到行政、產業及國民生活之中[1]。
2020年菅義偉出任日本首相後首次遭遇日本學術會議半數成員定期改選，依照慣例舊會員退休後105名接任新會員的推薦名單由他們推薦，日本首相做形式任命，並不會對內容有更改以象徵日本學術獨立和言論自由。日本政府1983年修訂的《法律案審議錄》[3]規定，日本內閣府對學術會議推薦的會員進行「形式上的任命」。時任首相中曾根康弘更曾在國會問詢中明確表示：「政府不會否認學術會議推薦的人選。」強化了政府和政治人物不介入日本學術會議這一學術最高地位的運作。[4]
然而菅義偉此次拒絕任命其中6名會員，引發日本學術界轟動，這是1949年戰後日本學術會議設立以來首次出現的異常情況，有首相干預學術界最高機構的運作尤其是人事權任命。[5]學術界的反撲聲浪逐漸上升，官邸門口常態聚集數百學術界人員抗議，10日下午已有14萬人連署反對，任命風波登上日本地區推特熱門趨勢榜單一度升至榜首。[6]
| 姓名 | 單位 | 領域 |
|---|---|---|
| 蘆名定道 | 京大 | 基督教學 |
| 宇野重規 | 東大 | 政治學 |
| 岡田正則 | 早大 | 行政法 |
| 小澤隆一 | 慈惠醫大 | 憲法 |
| 加藤陽子 | 東大 | 日本近代史 |
| 松宮孝明 | 立命館大 | 刑法 |
《東京新聞》等媒體整理後發現被拒絕的六人多數是曾明確反對自民黨修憲和軍事情報相關法規的人員，[7]反對日本突破戰後體制的學者。例如松宮教授曾於2017年批評安倍政府推出的「共謀罪」法案是「戰後最惡治安立法」，因該法規定只要共同謀劃犯罪就將受到處罰，此舉威脅個人私隱和言論已經與許多日本批判的國家無異。而加藤教授在2010年出版的《儘管如此，日本人還是選擇了戰爭》[8]一書在日本影響很大，她對日本參加、發動戰爭的整個過程詳細考據並呈現於世人，描述偏向負面與荒誕，認為再次給予日本政府與戰爭相關的權力是一錯誤。
日本學術會議2020年10月3日向內閣寄去請願書敦促儘快任命6人，而菅義偉表達強硬是基於「綜合性、俯瞰性的觀點」作出判斷。[4]且指出日本學術會議每年花費政府10億日元預算，「我一直在思考，直接任命推薦人選的慣例是否應該繼續沿用」。表達因為日本學術會議有拿預算所以首相有權介入的立場，撕毀了1983年的法律案審議錄承諾。日媒TBS報道，日本立憲民主黨國會對策委員長安住淳5日表示政府影響學術自由，「這將動搖日本國家的根基」在野黨將會追究到底，日本媒體將之比喻為1933年發生的瀧川事件。[9]由私立大學及短期大學教職員工會組成的「日本私立大學教職員組合連合」（簡稱日本私大教連）2020年10月3日發表緊急聲明批評菅義偉此舉「將在日本學術會議歷史上留下污點」。英國《自然》雜誌8日刊登社論婉轉提及日本學術會議一事，希望能夠尊重學術獨立性。NHK統計截至10月9日，包括日本物理學會、生物科學學會在內的90多個學術組織發佈緊急聲明，對日本政府拒絕任命學術會議會員一事表示擔憂。[4]
平成18年（2006年）10月1日至平成20年（2008年）9月30日。
平成20年（2008年）10月1日至平成22年（2010年）9月30日。
平成23年（2011年）10月1日至今
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