強化子RNA (Enhancer RNA,簡稱eRNA )是真核生物 基因組 中強化子 序列轉錄 產生的非編碼RNA [ 1] ,長50nt 至4000nt之間,此類RNA於2010年由RNA測序 與ChIP-seq 等大規模測序技術測得[ 2] 。強化子為基因組中與RNA聚合酶Ⅱ 、中介體 和轉錄因子 結合以啟動基因轉錄的重要序列,其轉錄生成的強化子RNA大多留在細胞核 中,此類RNA大多不穩定,易被細胞核中的外切體 降解,但可能可調控其他基因的轉錄[ 3] 。並非所有強化子皆可轉錄,有研究顯示僅有少數強化子可轉錄產生出eRNA[ 4] ,可能為較為活躍的強化子[ 5] 。有些強化子RNA具複雜的次級結構 ,並帶有m6 A 等鹼基修飾[ 5] 。
強化子RNA可能的作用機制
強化子RNA可分為1D eRNA與2D eRNA兩大類,兩者長度、多腺苷酸化 情況與轉錄方向皆有差異[ 6] ,1D eRNA的轉錄為單向,長度可達數千nt,較常被多腺苷酸化[ 5] ,一般由H3K4me1 /H3K4me3 比值較低的強化子轉錄[ 7] ;2D eRNA的轉錄則為雙向,且長度較短,介於50nt至2000nt之間,轉錄的強化子H3K4me1/H3K4me3較高[ 8] 。
有研究認為強化子RNA僅是基因轉錄的中的雜訊,即由染色體結構疏鬆的區域所隨機轉錄產生、不具重要功能的RNA[ 4] [ 9] [ 10] ,但有許多研究認為強化子RNA可能具重要的轉錄調控 功能,可影響特定基因的表現,其詳細機制尚不明朗,但目前已有數個假說被提出[ 6] ,有些強化子RNA可能可和組蛋白修飾酶 或轉錄因子 等調控蛋白結合,以促進該強化子所控制基因的轉錄,例如周期蛋白D1 基因強化子轉錄出的eRNA可結合組蛋白乙酰轉移酶 以促進周期蛋白D1的轉錄[ 3] ,受p53 調控的各目標基因之強化子p53BER也可轉錄出eRNA以促進各目標基因轉錄[ 11] ;還有些強化子RNA可能可調控其他較遠位點的基因的轉錄[ 12] 。有eRNA可能可作為一些癌症 病理狀況的生物標記 [ 5] [ 13] 。
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