南京工業大學於2001年5月由南京化工大學和南京建築工程學院合併組建而成。
南京化工大學的前身可追溯到源於清末壬寅年（1902年）建立的三江師範學堂。三江師範學堂先後更名為兩江師範學堂、南京高等師範學校、國立東南大學、第四中山大學、國立江蘇大學、國立中央大學和國立南京大學。1952年，南京大學工學院和金陵大學工科和其他一些學校的相關院系組建南京工學院。1958年，南京工學院化工系被劃出建立南京化工學院，1995年4月更名為南京化工大學。
南京建築工程學院的前身是創建於1915年的同濟醫工學堂機師科；1933年更名為同濟高級職業學校，1950年更名為南京建築工程學校，1980年5月升格為南京建築工程學院。
南京工業大學發展成為以工科為主的多學科綜合性大學。
歷史沿革圖[2]：
| | | | | | | | | | | | 同濟醫工學堂機師科
（1915年） | | |
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三江師範學堂
（1902年） | | | | | | | | | | 同濟醫工學堂附設中等機師科
（1922年） | | |
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兩江師範學堂
（1905年） | | | | | | | | | | 同濟醫工學堂附設機師學校
（1926年） | | |
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南京高等師範專科學校
（1912年） | | 第四中山大學化學工程科[A 1]
（1927年6月） | | 金陵大學工業化學科
（1921年） | | 同濟大學附設高級職業學校[A 2]土木科
（1933年） | | |
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| | 國立中央大學化學工程科
（1928年5月） | | | | 金陵大學工業化學系
（1936年） | | 同濟高級工業學校[A 3]土木科
（1951年） | | |
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| | 國立中央大學化學工程系
（1933年） | | | | 金陵大學化學工程系
（1939年） | | 南京基建工程學校[A 4]
（1953年1月，一機部領導） | | |
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| | | | | 南京大學化學工程系
（1949年） | | | | | 南京建築工程學校[A 5]
（1953年4月） | | |
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| | | | | 南京工學院化學工程系
（1952年） | | | | | 建築工程部南京建築工程學校
（1954年，中央建築工程部管理） | | |
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| | | | | 南京化工學院
（1958年8月18日，江蘇省工業廳領導） | | | | | 江蘇省南京建築工程學校[A 6]
（1958年，江蘇省建設廳領導） | | |
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| | | | | 南京化工學院
（1963年，化學工業部領導） | | | | | 南京建築工程學校
（1964年，第二機械工業部領導） | | |
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| | | | | 南京化工大學
（1995年） | | | | | 南京建築工程學院
（1980年，國家建築工程總局領導） | | |
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| | | | | 南京化工大學
（1998年，江蘇省領導） | | | | | 南京建築工程學院
（2000年，江蘇省管理） | | |
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| | | | | | | | | 南京工業大學
（2001年5月） | | |
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註：
南京工專和蘇州工專的應用化學科合併成立第四中山大學化學工程科。
上海市機械工業學校一年級和咸陽機械工業學校土木科二年級部分師生併入。
江蘇省城市建設工程學校併入，洛陽地質勘探學校測量專業二年級、蘇州建築工程學校工程地質與水文地質專業、洛陽建築工程學校測量專業部分師生併入。
南京工業大學丁家橋校區教學樓
