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中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院，位於北京市海淀區太平路27號，是中國人民解放軍軍事科學院的研究院之一，是中國人民解放軍的最高軍事醫學研究機構。
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1951年6月16日，中共中央、中央人民政府人民革命軍事委員會發出「關於迅速成立軍事醫學科學院」的命令，中國科學院被中央軍委賦予原子武器、化學武器、生物武器等大規模殺傷性武器軍事醫學防護研究的任務。1951年8月1日，中國人民解放軍軍事醫學科學院在上海成立，成為繼中國科學院之後中華人民共和國成立的第二家國家級科學院。1956年，軍事醫學科學院制定了第一個「20年發展規劃」。1958年，該院遷至北京[1][2]。
1984年，院黨委提出了《關於我院改革的初步設想》，經中國人民解放軍總後勤部批准開展改革試點；1985年，又作出《關於進一步搞好我院科技體制改革的決定》和12個暫行規定[3]。1985年，中央軍委決定百萬大裁軍，軍事醫學科學院推行了「從單純科研型向科研開發型轉變，從單純軍用型向軍民結合型轉變，從封閉型向開放型轉變」的科技改革[1]。1989年11月1日，軍事醫學科學院毒物研究所附屬實驗藥廠獨立成北京四環製藥廠，並一度以「阿姆斯」（AMMS，軍事醫學科學院的英文縮寫）為商標，1999年轉為地方企業，2007年改為華素製藥[4]。
2003年8月10月，中國人民解放軍疾病預防控制中心在軍事醫學科學院成立[1]。2003年10月28日，中國人民解放軍總後勤部衛生部衛勤研究室、中國人民解放軍醫學圖書館、中國人民解放軍總後勤部衛生防疫隊併入中國人民解放軍軍事醫學科學院暨成立中國人民解放軍疾病預防控制中心大會在北京的中國人民解放軍軍事醫學科學院召開[5]。2004年該中心被國家批准納入公共衛生體系[1]。2013年12月1日，由中國人民解放軍總後勤部衛生部組織搭建的中國人民解放軍疾病預防控制網（http://jkw.zh/）上線運行，這是中國人民解放軍全軍第一個面向基層部隊的疾病預防控制網[6]。
軍事醫學科學院原來隸屬中國人民解放軍總後勤部。2016年，在深化國防和軍隊改革中，中國人民解放軍總後勤部被撤銷，成立中央軍事委員會後勤保障部，軍事醫學科學院改隸中央軍事委員會後勤保障部[7]。仍為正軍級。
軍事醫學科學院主要承擔軍事醫學、基礎醫學、生物技術、衛生裝備、藥物研究等任務，負責軍事鬥爭、反恐防恐、重大疾病防控等衛生勤務任務。
2017年7月19日，新調整組建的軍事科學院、國防大學、國防科技大學成立大會暨軍隊院校、科研機構、訓練機構主要領導座談會在北京八一大樓舉行，中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席習近平向軍事科學院、國防大學、國防科技大學授軍旗、致訓詞，出席座談會並發表講話[8]。軍事醫學科學院併入新調整組建的軍事科學院，成立中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院，成為軍事科學院下屬8個研究院之一。其級別可能是副軍級[9]。
2020年3月2日，中共中央總書記、中央軍委主席習近平在中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院考察肺炎防控科研攻關工作時強調疫情防控與科研物資生產[10]。
2017年改革前，原中國人民解放軍軍事醫學科學院下設：
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2021年12月16日，美國商務部指軍事醫學科學院與生物監控技術有關，故對其進行制裁，列入實體清單[35]。中國駐美大使館發言人劉鵬宇指有關指控毫無根據，是對中國企業和研究機關的打壓[36]。
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