UniProt(聯合的蛋白)是一個全面的,高質素的,免費使用的蛋白質序列與功能資訊資料庫,許多內容來自基因組計劃,它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能資訊。
內容 | |
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有機體 | 所有 |
相關資訊 | |
研究中心 | 英國EMBL-EBI、瑞士SIB、美國PIR |
訪問入口 | |
資料格式 | Custom flat file, FASTA, GFF, RDF, XML. |
網站 | www |
下載地址 | www |
網絡服務地址 | 是 – JAVA應用程式介面在這裏看到資訊&表現層狀態轉換在這裏看到資訊 |
工具 | |
Web | 高級搜尋,BLAST,ClustalO,批次檢索/下載,ID對映 |
其他 | |
許可 | 共享創意署名-禁止改作 |
版本 | 是 |
數據發佈頻率 | 4周一次 |
管理政策 | 是 – 手動和自動。 數據庫監護人和計算演算法生成的自動註釋規則。 |
可否列為書籤 | 是 – 個別蛋白質條目和搜尋 |
UniProt共同體
UniProt共同體由歐洲生物資訊研究所, 瑞士生物資訊研究所,以及美國Protein Information Resource組成。歐洲生物資訊研究所坐落於英國茵格斯頓的Wellcome Trust Genome Campus,擁有大量的生物資訊科學資料庫及服務資源。瑞士生物資訊研究所位於瑞士的日內瓦,維持專家蛋白質分析系統(Expert Protein Analysis System,一個蛋白質組學工具和資料庫資源中心)伺服器的運作。2002年,EBI,SIB和PIR聯合成為UniProt共同體[1]。
UniProt資料庫的根源
每個共同體成員都積極參與蛋白質資料庫維護和註釋。 直到最近,EBI和SIB一起生產了Swiss-Prot和TrEMBL資料庫,而PIR生產了蛋白質序列資料庫(PIR-PSD)[2][3][4]。 這些資料庫與不同的蛋白質序列覆蓋和註釋優先級共存。
參考文獻
外部連結
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