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孢子囊是植物或真菌製造並容納孢子的組織。孢子囊會出現在被子植物門、裸子植物門、蕨類植物門、蕨類相關、苔蘚植物、藻類和真菌等生物上頭。
小孢子囊是花朵雄蕊上被稱做花葯,以及雄毬果小孢子葉上產生花粉的部份。
大孢子囊是此類植物相對的「雌性」部份,分別為花朵的心皮及大孢子囊毬果。
在蕨類植物上,成熟的植物是孢子體,並會在所以或只有某些葉子(稱之為繁殖葉)上產生帶有有性孢子的孢子囊。這此孢子會在葉子的下端。
在苔蘚上,其孢子囊則是長在細莖上,並如蕨類植物一般會產生有性孢子。此一孢子體(雙倍體)的孢子囊是從卵受精後的配子體(單倍體)頸卵器長成出來的。孢子囊起初會有一些葉綠素,但之後便會轉變為棕色,並改由依靠配子體提供其養分。孢子囊會從莖部基部,依附着頸卵器組織的地方吸收養分。
因其發育的不同,孢子囊在維管植物中可分成厚孢子囊和薄孢子囊兩種。薄孢子囊只出現在蕨類植物中,一開始只有一個細胞,並由此細胞發展成莖、壁和孢子囊內的孢子。每個薄孢子囊內有64個左右的孢子。厚孢子囊出現在所有的其他維管植物和一些原始蕨類中,一開始是一層細胞(多於一個細胞)。厚孢子囊較大(因此有較多孢子),且有多層的壁。雖然這些壁可能會伸展及損傷,導致最後只剩一層壁還殘留着。
一群孢子囊可能在發展中聚合在一起,稱之為聚合囊。此一結構在松葉蕨屬和如天星蕨屬、單蕨屬及合囊蕨屬等合囊蕨綱中是很顯著的特徵。
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