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分子力學採用經典力學來模擬分子體系。在分子力學中,使用分子力場方法計算出所有系統的勢能。分子力學可用於研究小分子,也可用於研究具有成千乃至上百萬原子數的大型生物系統或材料。
此條目翻譯品質不佳。 (2014年3月15日) |
全原子分子力學方法具有以下性質:
這個方法有幾個可能的變體。例如,許多模擬方法曾使用「原子團」模型(此模型將一個甲基基團或亞甲基單元視為單個粒子),而大型蛋白系統則通常使用「珠」模型(此模型將一個氨基酸視為二至四個粒子)進行模擬。
下文中的函數(即化學勢函數,或稱化學力場函數),用於在給定的構象下,對獨立能量進行加和,計算分子體系的勢能(E)。
其中,共價鍵和非共價鍵的貢獻由下面的和式求出:
分子體系的確切的勢能函數形式,或其分子力場形式,取決於所使用的特定的仿真程序。
分子力學的一個應用是能量最小化。換句話說,將 力場原則用作 優化 準則,通過適當算法(如 最速下降法)尋找(局部)最小值。
這個列表不完整。有許多列表中未包含的軟件可以用於進行分子力學模擬的計算。
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