Στοιχεία Φυσικής εκ νεωτέρων συνερανισθέντα, υπό Νικηφόρου Ιερομονάχου του Θεοτόκου, τόμοι Α'-Β', 萊比錫 1766-1767.
Λόγοι εις την Αγίαν και Μεγάλην Τεσσαρακοστήν, μετά και τινών πανηγυρικών, επιφωνηματικών και επιταφίων, 萊比錫 1766.
Πόνημα χρυσούν Σαμουήλ Ραββί του Ιουδαίαου εξελέγχον την των Ιουδαίων πλάνην, 萊比錫 1769.
Του οσίου πατρός ημών Ισαακ επισκόπου Νινευί του Σύρου τα ευρεθέντα ασκητικά, 萊比錫 1770.
Σειρά ενός και πεντήκονοτα υπομνηματιστών εις την οκτάτευχον και τα των Βασιλειών, 萊比錫 1772.
Απόκρισις Ορθοδόξου τινός πρός τινα αδελφόν Ορθόδοξον περί των της Κατολίκων Δυναστείας και περί του τίνες οι Σχίσται και οι Σχισματικοί και οι Εσχισμένοι, 薩勒河畔哈雷 1775.
Προσφώνημα τη ευσεβεστάτη, θεοστέπτω, σεβαστή, τρισμεγίστη και φιλανθρωποτάτη αυγούστη κυρία Αικατερίνη Αλεξιάδι, ..., εκφωνηθέν υπό Νικηφόρου, αρχιεπισκόπου Σλαβονίου και Χερσώνος, καθ' ην ημέραν επί τον της αρχιερωσύνης βαθμόν προεβιβάσθη, 柏林 1968.[12]
Απόδειξις του κύρους των της νέας και παλαιάς Διαθήκης βιβλίων, και των εν αυτοίς αληθείας υπεράσπισις ή ανασκευή της εκ του Βολταίρου βίβλου, 維也納 1794.
Κυριακοδρόμιον, ήτοι ερμηνεία και μετ' αυτήν ηθική ομιλία εις το κατά πάσαν Κυριακή εν ταις αγίαις των Ορθοδόξων Εκκλησίαις αναγιγνωσκόμενον Ευαγγέλιον, 莫斯科 1796.[13]
Στοιχείων Μαθηματικών εκ παλαιών και νεωτέρων συνερανισθένων, τόμοι 3, 莫斯科 1798 (ο πρώτος τόμος) –1799(οι δύο άλλοι).[14][15][16]
Последние годы жизни архиепископа Никифора в должности управляющего Московским Даниловым монастырем (頁面存檔備份,存於網際網路檔案館) (Archbishop Nikephoros' last years of life and his service as the abbot [upravlyayushchiy] of Moscow's Danilov Monastery). A conference paper by the Abbot (namestnik) of Moscow's Danilov Monastery Archimandrit Alexy at the Conference on the life and work of Eugenios Voulgaris and Nikephoros Theotokis. (Corfu, 2006-06-27). (俄語)
The last years of life of Archbishop Nikephoros
Μουρούτη-Γκενάκου, 1979, όπως παρατίθεται στο Ελληνομνήμων.
Βλαχάκης, Γ. 1991, Η "φυσική" του Νικηφόρου Θεοτόκη σταθμός στην επιστημονική σκέψη τον 18ο αιώνα.,Διδακτορική διατριβή,Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο, Αθήνα.
Πατηνιώτης, Μ. 2001, Απόπειρες διαμόρφωσης επιστημονικού λόγου στον ελληνικό χώρο του 18ου αιώνα. Αρχές της φυσικής φιλοσοφίας στο έργο του Ευγένιου Βούλγαρη και του Νικηφόρου Θεοτόκη, Διδακτορική διατριβή, Διαπανεπιστημιακό Πρόγραμμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας των Επιστημών και της Τεχνολογίας, Αθήνα.
Μουρούτη-Γκενάκου, Ζ. 1979, Ο Νικηφόρος Θεοτόκης (1731-1800) και η συμβολή αυτού εις την παιδείαν του γένους, Βιβλιοθήκη Σοφίας Ν. Σαριπόλου, Αθήνα.
Vlahakis, G. 1987, L』oeuvre scientifique de Nikiphoros Theotokis: tentative d』approche fondee plus particulierement sur les "Stichia Physikis" (Elements de Physique), Revue Etudes Sud-Est Europ., XXV, 3:251-261.