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種群瓶頸效應或人口瓶頸（population bottleneck；genetic bottleneck）是指某個種群的數量由於突然的災難所造成的死亡或不能生育造成減少50%以上或者數量級減少的事件。種群瓶頸可能促成遺傳漂變加劇。種群瓶頸發生後，可能造成種群的滅絕，或種群恢復但僅存有限的遺傳多樣性。
一個例子是獵豹（Acinonyx jubatus），由於獵豹彼此之間的關係過於相近，獵豹之間的直接皮膚移植已經不會引發任何免疫反應。獵豹也遭受低精子濃度、低精子活動力及畸形精子鞭毛等問題[1]。科學家推測，獵豹約在一萬年前的上一個冰河期中經歷了種群瓶頸，加上長年近親交配，因而造成其基因庫寡少情形，使得族群對於疾病沒有應變能力；如致命的貓傳染性腹膜炎（Feline infectious peritonitis），在家貓中的致病率約1%－5%，但在獵豹中的發病率高達50%－60%。
- 歐洲野牛（Bison bonasus）：現存的族群是由當初12頭個體繁衍而來。
- 美洲野牛（Bison bison）：在1890年代數量曾少於1000頭。
- 北象海豹（Mirounga angustirostris）的數量在1890年左右曾經降至只剩30頭。
- 敘利亞倉鼠（Mesocricetus auratus）：今天幾乎所有的人工飼養的敘利亞倉鼠都來自於1930年在敘利亞發現的一隻母鼠及其一窩幼鼠。
- 查島鴝鶲（Petroica traversi）：1980年代只餘5隻，其中有生育能力的母鳥只有一隻。
- 列山島野鴨（Anas laysanensis）：1912年只存7隻成鳥和5隻幼鳥。
- 毛里求斯隼（Falco punctatus）：1974年只餘4隻。
- 華南虎：現存僅有人工飼養華南虎，全部是陸續捕獲的8~9隻野生華南虎的後代。
- 朱䴉：現存近2000隻朱䴉，1982年最少時僅7隻。
- 柴犬：柴犬在第二次世界大戰期間因食物短缺和戰後犬瘟熱爆發而近乎絕種[3]
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