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- 1990年9月行政院全國治安會議決議，以臨時任務編組方式在台灣高等法院檢察署暫設法醫中心，並研擬《法務部法醫研究所組織條例》草案。
- 1997年立法院三讀通過《法務部法醫研究所組織條例》，並由總統公布施行。5月30日成立籌設小組。
- 1998年7月1日，法務部法醫研究所正式成立，原屬臨時編組之台灣高等法院檢察署法醫中心業務併入本所。
- 2011年6月29日，總統令，制定公布《法務部法醫研究所組織法》；隔年元旦，組織法實施。
| 屆次 | 姓名 | 就職時間 | 卸任時間 | 備註 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 謝文定 | 1998年7月1日 | 1999年6月30日 | 法務部常務次長兼任 |
| 2 | 林錫堯 | 1998年7月1日 | 2001年6月30日 | 法務部常務次長兼任 |
| 3 | 顏大和 | 2001年7月1日 | 2002年4月10日 | 法務部常務次長兼任 |
| 代理 | 王崇儀 | 2002年4月11日 | 2005年4月 | |
| 4 | 王崇儀 | 2005年4月 | 2008年9月9日 | |
| 代理 | 蔡茂盛 | 2008年9月10日 | 2008年12月15日 | |
| 5 | 李俊億 | 2008年12月16日 | 2012年11月30日 | 台大醫學院法醫學研究所借調 |
| 6 | 蔡清祥 | 2012年12月1日 | 2013年3月10日 | |
| 代理 | 周章欽 | 2013年3月11日 | 2015年3月10日 | |
| 7 | 呂文忠 | 2015年3月11日 | 2015年5月31日 | |
| 8 | 塗達人 | 2015年6月1日 | 2019年3月21日 | |
| 代理 | 楊秀蘭 | 2019年3月22日 | 2020年3月12日 | 臺灣南投地方檢察署檢察長 |
| 代理 | 陳宏達 | 2020年3月13日 | 2021年3月13日 | 2021年3月13日 退休[2] |
| 代理 | 秘書室主任代理 | 2021年3月14日 | 2022年1月25日 | 2021年3月17日 尚未公開代理人資訊 |
| 9 | 侯寬仁 | 2022年1月26日 | 現任 |
- 所長
- 副所長
- 組長
- 主任
- 研究員
- 副研究員
- 助理研究員
- 組員
- 技士
- 書記
- 人事管理員
- 主計機構（主計員、組員）
- 編制
- 法醫病理組
- 毒物化學組
- 血清證物組
- 秘書室
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