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生殖器是指在複雜生物體上任何與有性繁殖及組成生殖系統有關的組織（嚴格意義上，不一定都屬於器官）。
孢子植物孢子體的雌性生殖器官為頸卵器，雄性生殖器官為精子器。種子植物的花、果實或種子[4]。雄性生殖器官為雄蕊，雌性生殖器官為雌蕊。
但植物的繁殖不一定依賴這些器官或組織，例如無性生殖。
昆蟲的雌性生殖器官包括一對卵巢、二根側輸卵管(lateral oviduct)及中輸卵管(median oviduct)。
雄性昆蟲的生殖器官包括一對睾丸、一對輸精管，一對儲精囊(seminal vesicle)，射精管(ejaculatory duct)和雄性附腺。睾丸可能是橢圓形或葉狀。
昆蟲交配時，雄方將精液注入雌蟲的生殖器管內，使精子儲存於雌蟲的受精囊中。蜻蜓以精液注於腹部基部的特殊交尾結構。
魚類有許多種不同的生殖方式，大部份的魚是卵生動物，且用體外受精的方式受精。雌魚的泄殖腔會排出大量稱為卵的配子到水中，而一條或多條雄魚會排出「魚白」（白色含有許多精子的液體）到未受精的卵上，以此方式進行受精。有些魚類也是卵胎生，利用尾鰭變成的插入器官進行體內受精，其作用類似人類的陰莖[5]只有少部份的魚是胎生或卵胎生，一般會稱為胎鱂[6]。
在哺乳動物中，雌雄兩性的生殖器官是來自同一組來源。
在受孕幾週後，雌雄兩性的胚胎其生殖器官在解剖學上都一樣（雖然其性染色體不同），基本上類似雌性的生殖器官，擁有一對「泌尿生殖皺摺」，中間有一小隆起物，隆起物後有尿道。另外還有一對生殖腺位於體內。
在一般人類胚胎的發育過程中，（位於雄性染色體的）SRY基因會使生殖腺發育為睾丸，沒有SRY基因生殖腺則會發育為卵巢。在此之後，內生殖器與外生殖器的發育是由某些胚胎生殖腺分泌的荷爾蒙決定。如果生殖腺發育為睾丸，而睾丸分泌睪脂酮，而且細胞也對睾脂酮有反應，則外側皺摺會腫起，中線會融合以形成陰囊。隆起物會長大變直形成陰莖，皺摺內側會包住陰莖，中線會融合以形成陰莖尿道。出生後睾丸會下降入陰囊。如果生殖腺發育為卵巢，另外一套過程會形成雌性內外生殖器。
以上一般過程中出現特殊變化，就會形成程度不一的雌雄同體現象。
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