芭芭拉·麥克林托克於1902年6月16日出生於康乃狄克州哈特福市,父親湯姆仕·麥克林托克(Thomas Henry McClintock)為英國移民是一名醫生,母親薩拉·漢迪·麥克林托克(Sara Handy McClintock)乳名葛蕾絲(Grace),是五月花號移民的後裔。芭芭拉的乳名為埃琳娜(Eleanor),是家中第三個孩子,分別有兩個姐姐馬喬裏(Majorie,1898年生)和米尼安(Mignon,1900年生)和一個弟弟湯姆(Malcolm Rider,1903年生)[2]。後其父母覺得「埃琳娜」的名字過於女性化,便名為「芭芭拉」。芭芭拉自幼便十分獨立,非常善於獨處。大約從三歲起,芭芭拉都和姑姑及叔叔住在紐約布魯克林,以減輕父母的經濟負擔,因為當時她的父親正籌備建立診所而急需用錢。許多人形容芭芭拉是一位獨立的男人婆。她和父親的關係親密且緊扣,然而卻與母親關係不佳。
1908年麥克林托克全家前往紐約市布魯克林區,因此芭芭拉得以在紐約市繼續上學。她於1919年從伊拉茲瑪斯殿堂高級中學(Erasmus Hall High School)畢業。在讀高中期間,她對自然科學的興趣和求知慾不斷增長,並想上大學。畢業後順利考入康納爾大學農學院。但芭芭拉的母親薩拉受當時保守的氛圍影響而反對,認為女兒的高等教育會推遲她的婚姻(實際上,芭芭拉一直單身直到她去世)。因此不願意讓女兒去念大學。儘管如此,她的父親還是幫助了芭芭拉,由於父親的堅持,芭芭拉還是得以成功於1919年進入康納爾大學學習[3][4]。大學學費是免稅的,母親在決定上大學後就積極地配合了這一程序。當時,女性上大學並不總是很普遍,但康奈爾大學是一所對於女性相對開放的大學。後來的父母記得當時的芭芭拉決定只去康奈爾大學,但芭芭拉說她不記得為什麼選擇康奈爾。
康奈爾大學的教育和研究
芭芭拉·麥克林托克於1919年考入康乃爾大學,於1923年順利畢業並獲植物學學士學位[3]。芭芭拉在大學期間起初加入了一系列學生自治組織和姊妹會,但是她發現她的性格不適合加入這類組織。課餘之外她對音樂,特別是爵士樂深感興趣。芭芭拉對植物遺傳學的興趣始於1921年,當時她選修了由著名植物遺傳學和育種家克勞德·B·哈欽森(英語:Claude B. Hutchison)(C. B. Hutchison)教授的遺傳學[5][6][7]。哈欽森對芭芭拉的求知慾感動,在1922年專程打電話給她勸說她攻讀遺傳學研究生。芭芭拉後來回憶起這個電話時說:「毫無疑問,這個電話讓我確定了我的未來,我將要成為一名遺傳學家。」[8] 本科畢業後,芭芭拉繼續在康乃爾大學攻讀碩士和博士學位,分別於1925年和1927年獲得植物學碩士和博士學位[9]。
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