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农业部水产试验所东部渔业生物研究中心位于台湾台东县成功镇成功渔港，为农业部水产试验所辖下的海洋渔业研究中心，该中心前身为水产试验所台东分所，其附设的附设水族生态展示馆为全台唯一以小丑鱼作为主题的海洋生物展览馆[1]，以及国家水产生物种原库台东支库完工后也移拨至东部研究中心管理，称为知本种原库。
1970年代台湾省政府为加速开发台湾东部海洋渔业资源，因此在1974年9月5日指示辖下的台湾省水产试验所于台东县成功镇成立新港工作站[2]，隔年8月1日奉准将工作站升格为台湾省水产试验所台东分所，并以东部海洋渔业开发，及龙虾、九孔养殖等项目为研究主轴。1980年获得预算新造53.6吨级的海洋试验船“海农号”一艘，该海试船总输出马力达440HP[3]。
1998年水产试验所完成水产生物种原库规划报告书，预计将于彰化县鹿港镇设置国家水产生物种原库主库，并于台南、屏东县东港、澎湖，及台东等地设置支库，尔后经计画修订，主库改至东港、并删减台南支库计画，台东支库完成后预计将交由水试所台东分所管理营运。1999年因应精省，台湾省政府虚级化，原隶属于省政府辖下的水产试验所移拨行政院农业委员会，故水试所台东分所一并移拨之[2]。
2001年12月成立附设“水族生态展示馆”[2]，2002年2月正式对外营运，总投资金额达新台币3亿元，同年水试所台东分所正式改名为“行政院农业委员会水产试验所东部海洋生物研究中心”[2]，2005年东部中心将展示馆委外经营[4]。
2008年8月5日，承揽展示馆的德河贸易公司因不堪亏损，经历仲裁后于同年10月31日结束营运搬离展示馆[5]，2009年5月15日展示馆改为公办公营方式重新营运，并更名为小丑鱼主题馆至今。
2009年4月1日国家水产生物种原库台东支库正式动工，基地位置择定于台东市知本溪出海口左岸，总投资金额为8亿5,000万元，并预定于2011年2月竣工启用[6]，台东支库与其他各地种原支库不同的是，台东支库抽取深达628公尺的深层海水做为水产物种保存之水源[7]，并且利用深层海水菌数少、富含营养盐份、微量元素等特性培养水产物种。受限工程延宕[8]，台东支库迟至2012年启用，并正式命名为东部海洋生物研究中心水产生物种原库[9]。
2022年6月30日水产试验所于印尼巴丹岛 PT United Sindo Perkasa 造船厂举行2艘100吨新渔业试验船安放龙骨典礼，两艘船完工后预计将分别配属于澎湖海洋生物研究中心，以取代海安号海试船，以及另一艘配属东部海洋生物研究中心作为该中心新试验船[10]。
2023年8月1日起随农委会升格为农业部，更名为“农业部水产试验所东部渔业生物研究中心”。
于水试所台东分所时期设有研究员一人、助理研究员一人，助理三人等五人，以及约聘技术人员18人，海农号船员12人等[3]。改制东部海洋生物研究中心后研究员兼任中心主任一职。
东部海洋生物研究中心于知本种原库设有饵料生物馆，收集微细藻类、大型藻类、九孔，以及低温性水产生物之种原保存及保种培育，鱼类繁殖馆，收集各种石斑鱼种原进行保存、保种培育及各项人工繁殖试验等，以及设置鲔鱼培育馆，收集台湾近海常见的黄鳍鲔鱼、长腰鲔鱼种原进行保存及保种培育[2][9]。
于东部海域利用弹脱型卫星记录标识器配置于鲔鱼、旗鱼、鬼头刀及翻车鲀等鱼种，并放流研究鱼群移动特征及季节性洄游习性，提供资源评估模式建构重要参数。针对台湾重要经济性养殖鱼贝类，以冷冻的方式保存精子，确保遗传资源，并应用于相关育种研发新品种。台东纯海水养殖白虾收获后排砂及冷冻调理包制作技术提升。建立种低温海水鳗培育最适技术，及鬼头刀脑下垂体进行种鳗人工催熟试验，观察鳗鱼性腺发育情形。建立海水观赏性雀鲷科及天竺鲷科鱼类繁养殖技术提供水族产业运用[2]。
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