衣原体门（学名：Chlamydiae）是一门细菌。它们的生长完全在其它生物的细胞内进行，是专性寄生菌。衣原体原先多被归入衣原体属(Chlamydia)，随著分子生物学发展，目前根据系统发育树分为四个科。
衣原体门细菌比一般细菌小，有的比病毒小。衣原体门被归类为革兰氏阴性菌，具有类似于其他革兰氏阴性菌的外膜和内膜；最开始，科学界普遍认为衣原体门的细胞壁不含肽聚糖，然而最近已有研究显示其细胞壁上的确有肽聚糖存在，并成功辨认出几种蛋白质。
下属分类
本门只包括一个纲（衣原体纲）和一个目（衣原体目），衣原体目包括以下科和属：[1]
参见
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