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《四库全书》是中国古代最大的丛书，由清朝乾隆帝于乾隆三十八年（1772年）开始编修，至乾隆四十六年（1783年）编成第一套，历时11年。[1]:25-37整书一共收书3,503种、79,337卷，约9.97亿字[2]。《四库全书》当中之书籍以传统的四部分类法分类，包括“经”、“史”、“子”、“集”四部；每部之下又另以“属”作分类，整书一共有44类、66属。封面按其所属的部使用了不同的颜色：经部为葵绿色、史部为红色、子部为蓝色、集部为灰色。《四库全书》每页16行21字，用楷书。
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乾隆三十七年（1772年）起，乾隆帝多次诏令各省督抚、学政收集书籍，翌年建立了四库全书馆以编写《四库全书》。四库馆以皇六子永瑢等人为总裁，总理其事；其下有总纂官纪昀、陆锡熊、孙士毅三人实际主编《四库全书》，下设纂修、总校、分校、总目协勘、督促、收掌、监造、缮写等职位，动员近四千人。[2]在编纂《四库全书》的过程中，编纂者将书籍分为“应刊”、“应抄”、“应存”三类：“应刊”印刷流传，即《武英殿聚珍版丛书》；“应抄”收入《四库全书》，即《四库全书总目提要》中的“著录”者；“应存”者收于《四库全书总目提要》，“只存其目”（存目），为其编写提要但不收录，“存目”者有6,793种、93,551卷。[2]另外，“抵触本朝”之书一概“禁毁”，约有3,100种。据统计，在禁书过程中，文字狱发生四十馀起[3]:80-84。
《四库全书》一共制作了七套副本，并存放于七间藏书阁中，即四库七阁。第一部存于北京紫禁城皇宫文渊阁，第二部存于奉天故宫（今沈阳）文溯阁，第三部存于北京郊区圆明园文源阁，第四部存于承德避暑山庄文津阁，合称“内廷四阁”（或称“北四阁”）[4]:122。后又以江浙地区为人文渊薮，文风鼎盛，再钞有三部，分别存在镇江金山寺文宗阁、扬州大观堂文汇阁及杭州西湖行宫孤山圣因寺文澜阁，即“江浙三阁”（或称“南三阁”），各藏抄本一部，“为便于士子入院钞阅”[4]:122。《四库全书》各本之中有四套因太平天国之乱和英法联军火烧圆明园受到损坏。文渊阁藏本与荟要现藏于台北国立故宫博物院、文津阁藏本存于北京中国国家图书馆、文溯阁藏本藏于兰州甘肃省图书馆、文澜阁部分原本与抄本存于杭州浙江省图书馆，另外文源阁仅存散本则分别存于香港大学冯平山图书馆、广东省立中山图书馆与日本东洋文库。[2]
学者对于《四库全书》的评价较为两极。一方面，《四库》禁毁书籍甚多，甚至有不留原文而直接修改内容的情况，被视为一大书厄；另一方面，以《永乐大典》为中心展开的辑佚工作保存了不少已佚的文献，而《四库全书总目提要》开创了中国目录学，有相当的文化意义。
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于乾隆六年（1741年）以及十五年（1750年），乾隆帝就两次下诏，希望搜罗书籍。但是当时的效果不佳，官员并未认真执行。[5]:4-5乾隆三十七年正月四日（1772年2月7日），乾隆帝正式颁诏求书，诏文目的是为了“副在石渠，用储乙览”（在皇家图书馆收藏副本，以供皇帝阅览），以得“稽古右文”（考察古代，弘扬文化）之名。在谕旨中他明确规定了搜集范围，认为应该要先检收“阐明性学治法，关系世道人心”的书籍，其次是“发挥传注，考核典章，旁暨九流百家之言”的书籍，再次是历代名文的诗文专集，而对于族谱、尺牍等则不作收录。在谕旨中他又定了具体的收录方式，并要求各省督抚“先将各书叙列目录”，注明作者，要旨以供检核。[3]:23-24
此谕旨并没有得到各省督抚重视。贵州巡抚奏报，指该省“鲜有撰述，殁邀圣明采择”，其他省份则“未见一人将书录奏”。乾隆帝见此，于三十七年十月十七日再次下令，令督抚们“恪遵前旨，饬催所属，速行设法访求”。在十一月至次年二月底，各省才先后回报查访情况，但是效果都不佳，如广东、广西、云南、贵州都无书可采，奉天、直隶、湖北所得也只得数部，所得书籍最多的浙江省也不过116种，而且大多也是“近人解经论诗文私集”，收集工程不见成效。[3]:24-25
有见于此，在乾隆三十八年（1773年）三月二十八日，乾隆帝再之下诏访求图书，当中见上次地方官大多观望不前，这次特意说明他“岂有下诏访求书籍，顾于书中寻摘瑕疪，罪及藏书之人乎”，说明他收集书籍不会怪罪于藏书者。此外，他又再次强调官府征集书籍保证归还，并扩大收集书籍范围，以及说明收集书籍限期，并予之半年期限。次日，他又专谕两江总督高晋、江苏巡抚萨载、以及浙江巡抚三宝，指“其所隶州群藏书什倍于别省”，并点名访求，特意责成他们收集藏书。[3]:26-27
在此半年期间，各省官员和朝廷使用了不少方法以收集书籍。在搜求方面，当地的官员会按当地的郡邑志乘所记述的书籍访购，又或者利用当时的书商以收买书籍。私人藏书家所收藏的书籍甚多，是征求书籍的重要对象。为了鼓励他们进书，朝廷设立了以下办法：
- 进书凡超过五百以上者，赏赐内府铜活字本《古今图书集成》一部，如浙江鲍士恭、范懋柱、汪启淑等因为进书超过五百而各得一部《古今图书集成》；
- 超过一百者，赏赐《佩文韵府》一部，如周厚堉、蒋曾莹、纪昀等因为进书过百而得《佩文韵府》一部；
- 进书较多者，其上进书籍会得到乾隆帝的题咏，并令书馆先行抄录副本发回。据统计，得到题咏的书籍多达百馀种；
- 私人进书达到过百种以上的，其姓名会记录于各书提要之末，各省采进书籍在百种以上的，则将该省督抚的名称记载在提要之末。
是次收集书籍得到了良好的成果。进书最多的是江苏，达4,808部；其次是浙江，达4,600部。进书最少的是云南和奉天，只有四部。贵州、广西无书可采。合计一共得书籍13,501种（含272重本）。[3]:25-36
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乾隆三十九年（1774年）八月，乾隆发布了禁书的谕令，当中指“明季末造，野史甚多，其间毁誉任意，传闻异词，必有诋触本朝之语”，希望“正当及此一番查办，尽行销毁（诋触本朝之书籍），杜遏邪言，以正人心而厚风俗”。是次禁书诏令下发之后，没有得到各省督抚的重视，至十一月为止，只有两广总督李侍尧奏称屈大均著作数种，其他省份都无书上奏。乾隆帝见此，于三十九年十一月连发两谕，“今李侍尧等既从粤省查出屈大均诗文，不应江浙等省转无明末国初存留触碍书籍”，再次责成各省认真办理。是谕下发之后，各方官员才开始留心收集禁书。[3]:40-45
内容方面，吴晢夫指出，乾隆帝主要禁止的是包括“华夷之辨”的文字、诋毁清人的文字、涉及明清史事的文字等三类[6]:217-240。此外，还包括一些清初三藩之乱的书籍、兵法、不尊重儒家思想的书籍、明末阉党的书籍、迷信书籍。部份文人因为害怕文字狱而对自己的书籍作“挖空”、“涂墨”希望避祸，而这些书籍同样被禁毁。另外，《查办违碍书籍条款》亦指明，书籍内容涉及“钱谦益、吕留良、金堡、屈大均等，除了伊等自著书籍应毁除外，若各书内有载入其议论者，将书内所引各条，签明抽毁”，只留其书。[6]:240-250
书籍类型方面，禁书以明季末造的野史笔记为主。此外也包括了明代历朝的碑刻、语有违碍的剧本话本、地方志、天文占卜书籍。[3]:45-52在查缴禁书的同时，乾隆帝连自己祖父康熙帝御批的《通鉴纲目续编》都没有放过，认为他书后所附周礼所撰的《续通鉴纲目发明》、张时泰的《续通鉴纲目广义》各条中于“于辽、金、元三朝时事多有议论偏谬及肆行诋毁者”，认为“《通鉴》一书关系前代治乱兴衰之迹，至《纲目》祖述麟经，笔削惟严，为万世公道所在糊不可偏私”，下令查缴各省的《纲目》作删改。[3]:68-69
查缴方法方面，乾隆帝初时只是要求各省督抚派员至藏书家中令他们自行交出。但至中后期禁书活动大规模展开后，在乾隆三令五申之下，各省督抚为了澈查书籍使用了各种办法，包括宣告谕令、检查各藏书家的书藏、设立禁书目录等等。四库馆定立了《查办违碍书籍条款》，以供地方官员排查书籍。搜得书籍之后，都需要“将原书封固进呈”，“交军机处奏闻销毁”，不得在地方自行销毁，以免地方人员认为“新奇可喜，妄行偷看，甚或私自抄存”。[3]:59-68据黄爱平所估计，在乾隆三十九年（1774年）至五十八年（1793年）间，禁毁书籍大约有3100多种，15万1千多部，书板销毁达8万块，当中还不包括文人百姓自行毁掉的书籍。[3]:77-78
即使部份书籍认为有收录的价值，在编纂的时候也会被抽毁、改易、重编。如顾炎武所著的《日知录》，虽然《总目》中认为其“学有本原，博赡而通贯，每一事必详其始末，参以证佐，而后笔之于书”，认可其编写态度严谨，但是因为当中的部分条目包括了民族意识，和南明史事，因此被当中部份的内容被整条掣出，如卷六“素夷狄行乎夷狄”、卷二十八“胡服”、“左衽”等等。改易方面，陈垣指出四库馆臣在辑校时有十忌：忌虏、忌戎、忌胡、忌夷狄等等，并指馆臣会对这些字眼会作出修改。重编方面，乾隆帝认为一些书籍虽然有所违碍，会要求对之重编以作使用，明末诸人文集的奏疏最初虽被认为是“字句狂谬，词语刺讥”，理应查禁。但后来乾隆帝认为这些奏疏可见明末“主暗政昏，太阿倒置，阉人窃柄，权幸满朝”等的问题，继而“晓然于明之所以亡与本朝之所以兴”，故此乾隆帝命人删减当中的抵触字句，并编录成《明季奏疏》一书。[3]:130-138
学者对于乾隆帝禁毁，纂改书籍的行为多有批评，但也有学者认为其影响没想像中大。鲁迅认为《四库全书》“不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章”，并认为“清人纂修《四库全书》而古书亡”。[7]周锡侯认为，“乾隆之为此（修纂四库全书）也，带有狎弄士子，查辨禁书之阴谋，贻害典籍之烈，至足惊人！中国书厄，自秦火之后，大厄凡十有一，而乾隆时禁毁的一厄，较以前各项更为惨烈”。[8]相反，《剑桥中国史》认为，乾隆帝针对南明材料的禁书政策对“清初以来幸存的作品的影响微不足道”，指书籍不太可能因不一的禁令而在数年之间消失，反而“大大地刺激了学者对各种旧书的兴趣”。[9]江庆柏指出，虽然四库馆臣虽会对于当中字句作改写，但改动未必被严格执行。如张孝祥《六州歌头》中“洙泗上，弦歌地，亦膻腥”在虽在张孝祥的个人文集《于湖詞》中被改动为“洙泗上，弦歌地，亦凋零”，但在其他词集、词选、词话等却没有改动此词，保留“亦膻腥”的原貌。[10]:11-12
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乾隆三十七年（1772年）十一月二十五日，安徽学政朱筠上《谨陈管见开馆校书折子》，提出了四项搜索遗书的事项，包括：
- 旧本旧钞，尤当急搜也：他指出汉唐时期的遗书已经稀少，而宋辽金元时期的抄本则甚多，藏于私人家中，他认为官府可以搜集这类书籍并抄出副本保存。
- 中秘书籍，当标举现有者以补其馀也：他认为应该公布内廷现有的藏书目录，使地方官只以搜集内廷未有的书籍。此外，可以利用《永乐大典》作辑佚。
- 著录、校雠，当并重也：他认为应该参考刘向、刘歆《七略》等的做法，为书籍内容编写提要，放于该书卷首，作为说明。
- 金石之刻、图谱之学，在所必录也：他认为金石碑刻上的文字和图像可以补齐文献材料上的不足，应该留心搜集。[11]
为此，军机大臣刘统勋奉旨研辨，得到清高宗的同意，“令将永乐大典内，原载旧本，酌录付刊，仍将内府所储，外省所采，以及武英殿官刻诸书，一并汇齐，缮写编成四库，垂示无穷”。刘氏按指示研究方针，于乾隆三十八年（1773年）二月十一日提出了具体辑佚《永乐大典》的方式，得乾隆帝批准，并命名为“四库全书”。四库馆于同月开馆。[3]:19-21
张昇《四库全书馆研究》中将四库全书馆的结构表述如下[1]:43：
| 四库馆 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 翰林院四库馆 | 武英殿四库馆 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 总办处 | 提调处 | 校办处 | 总目处 | 收掌处 | 荟要处 | 聚珍处（馆） 校刊翰林处 | 武英殿监造处 | 武英殿收掌处 | 缮书处 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 提调处 | 复校处 | 分校处 | 黄签考证处 | 督催处 | 收掌处 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
四库全书馆的最高职务是总裁、副总裁，大多由皇室郡王、大学士以及六部尚书、侍郎兼任，主要是负责领导和监督四库馆的工作，他们在总办处工作。其下则分为纂修，缮书、监造三大处。纂修处负责校理、勘定全部书籍。纂修官也大多兼任分校，对缮写处的书籍作校阅。[3]:46在此之上尚有总纂官和总校官，总纂官负责实际主编的工作，总纂官陆费墀则负责整体的校阅工作[1]。
据《四库全书总目提要》卷首，参与了《四库全书》编修的主要人员包括有360人。据郭伯恭、黄爱平、张昇等考证，《总目》所收的编纂人员有不少的缺漏。而据张昇的不完全统计，前后在馆的馆臣有达476人。[1]:122-132
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编纂《四库全书》所用的书籍可以分为六个途径，包括有各省采进本、私人进献本、敕撰本、内府本、《永乐大典》本。[5]:77-82[10]:145-146
进呈书籍是《四库全书》最主要的来源，当中可分作三类：各省采进本，各省在当地购买或借抄的书籍；私人进献本，藏书家主动或者奉旨送馆的书籍；通行本，当时最为流行的版本。[5]:77-82这些书籍在收集之后会先由纂修官作清理甄别，然后由纂修官作进一步的校阅，经版本鉴别、辨伪、考证工作之后，会选择当中较好的版本作底本，编写提要，考订文字得失等工作，然后再“详细校正”，“将各书大旨及著作源流详悉考证，诠疏崖略，列写简端”，最后决定是应刊、应抄、应存。书籍和提要会上交给总纂官作审阅，一般还会交给总裁官作审阅，他们会对于提要和书籍的存留再给予意见。乾隆帝也会给审阅进呈的书籍，当中包括两种情况，一是由乾隆帝为了奖励献书之人，为其书籍作题诗，这类书籍经乾隆帝御览，决定拟抄、刊后，将会由纂修校办，总纂、总裁审阅后，由武英殿录副，再交还书主；二是纂修官校办过的书籍在抄成前上呈给乾隆审阅，其给予意见后再发还。[1]:65-69
内府书籍（宫中收藏以供皇帝阅读的藏书）和奉敕编撰书籍方面，《四库全书》开馆之后，这些书籍被送至翰林院西斋房作集中处理。当中，一些“旧刻显然讹误，应行随行改正”的官刻旧本以及一些不够完善的敕撰书籍会送至校阅（流程大致如进呈书籍），其他书籍则在编成提要后则大多都直接送到武英殿缮写。另外，在编写《四库全书》的时候，乾隆帝亦有命令编写一些书籍，这些书籍在编成完成后才会补入《四库全书》中。[3]:123-124[1]:65-69
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当时《永乐大典》藏于翰林院的典籍库中，经朱筠的提议之后，开始了辑佚的工作。纂修官会先签出《永乐大典》中的佚文，将会将可以辑出的书目粘贴标识，然后由缮写官抄出当中的散片。因为《永乐大典》不便移出移入，因此缮写的工作都在翰林院里进行。其后会将缮写的散本粘连成稿本，然后将由纂修官校对、补辑佚文，再缮抄出修改稿，由原纂修校对之后，再由总纂、总裁校正为正本。和进呈以及内府书籍不同，《大典》本是由总纂官和总裁官决定应刊、应抄、应存。此外，提要是决定应刊、应抄、应存再编写提要。[1]:69-84
学者虽然认可四库馆臣在辑佚史上的意义，但也批评他们的辑佚工作尚未完善。梁启超指：“吾辈尤有一事当感谢清儒者，曰辑佚.......乾隆中修《四库全书》，其书之采自《永乐大典》者以百计，实开辑佚之先声”。[12]孙楷第批评，于《大典》本中，只有少数书籍会以《永乐大典》以外书籍以校勘、辑佚之外，其他都因个人散便，只是按章办公，没有按照其他书籍补充，引致佚文并不全面，“以《大典》所载为足，实自欺欺人”[6]:293-294。史广超批评，四库辑本出现没有注明出处，出现漏辑，误以为他书为本书佚文，编排不当四项问题。[13]:157-181
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《四库全书》的收录标准有以下数点：
- 收集“阐明性理，潜心正学”的书籍：清高宗认为“予搜罗四库之书，非徒博右文之名，盖如张子（张载）所云：‘为天地立心，为生民立道，为往圣继绝学，为万世开太平’”，应该继承先贤的传统。[6]:124
- 不重视佛、道两教，以及词曲之类的书籍：《四库全书总目提要·凡例》中认为“释道外教，词曲末枝，咸登简牍，不废搜罗”，认为只要收录当中“可资考证者”收录即可。[6]:124-125
- 考虑作者的人品，认为“凡不轨于正者，悉从删汰”：纪昀指“明之宋濂、高启、李东阳......李攀龙等，均以正派相承，为一代冠冕，悉宜并存”，尽可能收录一些正道之人的作品。[6]:125
- 重视收录朝廷敕撰的书籍：清高宗编写《四库》的目的除了“稽古右文”之外，还重视推广政教的作用，因此在编写《四库》同时也编写了一些书籍，亦收集了前代的敕撰书籍。[6]:126-131
- 编纂人员将自己家族的作品收于《四库全书》中：有部份官员在朝廷向全国征集图书的时候，将自己家族的书籍上呈。如河间献县纪氏家族（纪昀的家族）在《总目》中有四人七种，是一个家族中最多的，有可能受纪昀的影响。[10]:167-168
- 收录方式以“贵古残今”作为标准，重视收录宋元以前的人的作品，而较少收录明清时代的作品。四库总裁于敏中指：“旧书去取，宽于元以前，严于明以后”。而编纂时尚在世人物著作则不予收录（皇帝御撰作品和敕撰书籍外）。[6]:298-299
学者对于《四库全书》选书的态度多有批评。郭伯恭认为，《四库全书》所选的书籍偏而不全，指《四库全书》重视程朱之学，加上收书上“贵古残今”，因此宁可收集“元明以降程朱（程颐、朱熹）一派的无聊著述”，也不愿意收录陆王（陆九渊、王守仁）一派和其他非程朱一派的书籍。[5]:226-228吴哲夫指《四库全书》中充满了尊经崇儒的卫道观念，只考虑延续思想圣贤的思想，指《四库全书》的选书态度未够公允。[6]:296-300杨晋龙认为，《四库全书》忽视了民间的通俗文献，如小说、戏曲、善书等都不作收录，而宗教如佛藏、回教和其他宗教的资料也未能收录。[14]:221-222
乾隆五十二年（1787年），南三阁的三部四库全书即将完成。乾隆帝抽阅进呈的书籍，发现在李清所撰的《诸史同异录》中，有称清世祖“与明崇祯四十子相同，妄诞不经，阅之殊堪骇异”的语句。乾隆帝命令其书应该全部撤出《四库全书》（包括《南北史合注》、《南唐书合订》、《历代不知姓名录》）。军机大臣商讨之下，决定以其他书籍或者是馀纸取代撤出的空缺。同年五月，乾隆五十二年五月，清高宗驻跸热河。他阅读文津阁《四库全书》的时候，发现当中的讹谬甚多，再加上以前在南三阁的《四库》中都发现有“妄诞不经”之处，于是便下令复校内廷四阁的《四库全书》。[3]:193-195[6]:173-175
文渊、文源两阁方面，乾隆帝则命令当时在京的官员都要参与协助复校的事宜。尚书、侍郎要每人每日各看一匣；六阿哥永瑢、八阿哥永璇及工作不多的尚书、侍郎则各看两匣。文渊阁由六阿哥、阿贵所负责；文源阁由伊龄阿、巴宁阿所负责。由五月底开始，至七月底校毕，历时两个月，当中发现了很多错处，“各书缮写草率，讹错换篇亦颇不少”。清高宗见此大为震怒，指总纂官纪昀、陆锡熊“所办书籍竟如此舛错”，令他们赔偿文津、文源、文津三阁装订挖改的工价，并且带人去校勘文津、文溯两阁的书籍，并处罚了相关誊写、分校人员，达二千人以上。[3]:200-203[6]:177-178
文津阁的书籍，则最初由乾隆随行的阮文渊、阿肃等人负责，但因为受乾隆帝停留在避暑山庄的时间限制，完成了三分之一后便中止。五十二年（1787年）六月初，文津阁的《四库》发现“阎若璩《尚书古文疏证》内有引用钱谦益、李清诸说未曾删除”，并令纪昀自行赔写。十月初，纪昀奉旨带领受罚的人员往热河文津阁看书，至次年正月二十六日完成，发现抄写错误，字句偏谬计六十一部，检出七部书籍应毁，一部书重复抄写。[3]:203-208
陆锡熊则负责校勘盛京文溯阁的《四库全书》。乾隆五十五年（1790年）三月，陆锡熊任满回京，随即率人至盛京校勘书籍，至七月十二日完成。四个月间，他们一共查出誊写错落、字句偏谬的书籍计六十三部，又发现甚至有脱写全卷的。乾隆帝见此情况，相当不满意，令抄写、校阅文溯阁《四库全书》有错漏的去校勘《四库全书荟要》和缮写《八旗通志》，并对“总校王燕绪、吴绍洁，分校李斯咏，除罚校书外，仍交部从重议处，以示惩儆”。[3]:208-210[5]:53-64
南三阁方面，乾隆五十二年（1787年）七月，一些大臣考虑到江南三阁的《四库全书》“校对仅生监二十馀人，又止校过一次，尤易草率从事”，提议校对南三阁的四库全书，得准。并由本来校勘文渊、文源两阁《四库全书》的大臣官员负责。至五十五年（1790年）六月完成，陆续发向江浙。[3]:222-226乾隆帝命令，南三阁的装订挖改的工价由陆费墀则一人负责，即使他于五十年过世之后，乾隆帝命令除了为其家属保留一千两银之外，“如尚有馀资，即作添保三阁办书之用”。[3]:211
虽然乾隆命令四库七阁的有禁忌之语的书籍同样撤出，并令将“应行撤毁”的书籍“交进销毁”。事实上，撤出的书籍部份至今保留于宫中，未曾销毁。南三阁的书籍因部份册数在李清著作被毁之前就已经送往南三阁，加上地方官员未完全依乾隆帝的指示，因此尚保留于《四库全书》中，如周亮工《书影》一书则未则被毁。[3]:224-225[6]:183-184
乾隆五十六年（1791年）七月十八日，清高宗在热河阅读文津阁《四库全书》的时候，发现《扬子法言》卷一有空白二行，发现将晋、唐、宋文注释名氏脱写，并发现没有如高宗先前所令，将《御制书扬雄法言》一篇抄入是书卷首。清高宗批评：“书中篇首空至两行，显而易见，开卷即可了然，乃详校官既漫不经心，而纪昀系总司校阅之书，亦全未寓目”，再命纪昀校勘。[3]:213-214
纪昀先是领人前往圆明园校勘文源阁书籍，历时两个多月，于九月二十九日完成，发现“所签舛漏，较初次详校竟增数倍之多”，并发现有人捏做文字，“底本遗失，抵以他书，正本未全，伪注缺卷”的情况。其后纪昀再校文渊阁的书籍，发现虽然错漏之处较“文源阁书少十分之二”，但发现了底本上的问题，如《性理大会》所用的乃是康熙初年的刻本，而非原称的明末本，引致“页页俱错”，内廷四阁都如此，必需另得真本再写。[3]:214-216
同年十二月，陆锡熊上折请赴盛京文渊阁校书，得准。次年二月，陆锡熊未待天气转暖便率人上路，半途而卒。同行的礼部侍郎刘权之接替陆氏主理校书的工作，至四月完成。[3]:217-218
五十七年（1792年）三月，纪昀领人到热河文津阁校书，至四月中旬，仅经部“已签出空白、舛讹一千馀条”，并估计其他三部错误数目应该相同，清高宗批评前次“校勘一事，全属有名无实”，令他们认真办理。文津阁的校勘工作至四月底完成。[3]:218-220
在两次校勘之后，因为缮写人员的学术水平不一，以及是缮写官员过多，因此难以保证缮写官员认真抄写。此外，孟森在阅读文澜阁《四库全书》的时候发现，书中的误字必然出现在每叶首一字，指馆臣可能为了显示“圣明之天纵”，刻意写错以待乾隆指正。因此，在两次的校勘之后，《四库全书》依然存在很多的错字。[6]:277-288郭伯恭指，《四库全书》实际上只是对于刊本再抄一次，抄写是存有大量错误，校勘上亦多疏忽，亦有删除序、题、目录等情况，因此难称得上是善本。[5]:230-231
嘉庆八年（1803年），嘉庆帝命令礼部尚书纪昀负责查明尚有哪些书籍尚未编入《四库全书》。纪昀检明了未收入《四库全书》的书籍，并建议将《四库》告成之后的所有“御制”、“钦定”书籍都应该编入《四库全书》。嘉庆帝准许了他的章程，并增派庆桂、董诰、朱珪、戴衢亨、英和、钱樾、潘世恩七人协助增补《四库全书》的工作，并订明收入书籍以乾隆六十年以前告成为限。[3]:255-258
经军机大臣和嘉庆帝议订之后，最后决定补入八种书籍，包括乾隆诗文集四种、《八旗通志》、《平定廊尔略纪略》、《安南纪略》、《巴勒布纪略》。缮抄工作于嘉庆十一年（1806年）结束，并补入七阁之中。[3]:259-261
样式方面，北四阁本特征如下：
- 开本：高31.5厘米，宽20厘米，版匡高22.3厘米，宽15.3厘米。
- 行款：八行，每行二十一字，注文小字双行。白口，四周双边，单鱼尾，朱丝栏。
- 格式：卷首第一行题“钦定四库全书”，第二行缩一字题书名卷数，第三行下题作者。版心上题“钦定四库全书”，中题书名，下标页码。
- 封面：绢面，经部绿色、史部红色、子部淡蓝色、集部灰色、《总目》黄色。
- 装订：包背装。
南三阁本特征如下：
- 开本：原高27.8厘米，宽17.2厘米，版匡高20.7厘米，宽13.9厘米。较北四阁本要小。
- 行款、格式、装订和北三阁本相同。
- 封面：经、史、子三部颜色都和北四阁本相同，集部为褐色，《四库全书总目》绢面原本未用黄色，而是使用和集部同色。[15]:60-61[16]
七阁《四库》每册首卷的第一页都会铃印有各储书阁印：文渊阁本印有“文渊阁宝”、文溯阁本印有“文溯阁宝”。文津阁则本书末则印有“避暑山庄”及“太上皇帝之宝”之印。南三阁本则首铃印有“古稀天子之宝”，末印有“乾隆御览之宝”。[6]:157-158
南三阁本为一式三份抄写，纸张、样式相同，只是封面有异。文汇、文宗阁本的封面绢色较文澜阁为深，而文汇、文宗阁本封面的“钦定四库全书”为印刷，文澜阁为手写。[15]:64
分类方面，《四库全书》将书籍分作44类、66属，别集中又按时代暗分子目。本来，四库馆臣希望在经史子集之外另话有圣义、圣谟两门，列出朝廷的钦定书目，和乾隆帝御制、御批书籍。乾隆四十六年二月十三日，乾隆帝下诏认为这样编排另外增加义例，实在不便，认为只要将这些书籍放置在各属之先即可。事隔两日之后，他又认为这样做于编例不协，经史子集内只需按时代先后排列即可，即今日《四库全书》所见之分类法。[6]:121-123 详见下表：
| 流水号 | 类属名称 | 解题[17] | 种数[5]:104-110 | 卷数[5]:104-110 |
|---|---|---|---|---|
| 《四库全书总目提要》 | ||||
| 经 | ||||
| 1.1. | 易类 | 158 | 1737 | |
| 1.2. | 书类 | 56 | 650 | |
| 1.3. | 诗类 | 62 | 941 | |
| 1.4. | 礼类 | |||
| 1.4.1. | 周礼之属 | 22 | 453 | |
| 1.4.2. | 仪礼之属 | 22 | 344 | |
| 1.4.3. | 礼记之属 | 20 | 594 | |
| 1.4.4. | 三礼总义之属 | 6 | 33 | |
| 1.4.5. | 通礼之属 | 4 | 563 | |
| 1.4.6. | 杂礼之属 | 5 | 33 | |
| 1.5. | 春秋类 | 114 | 1838 | |
| 1.6. | 孝经类 | 11 | 17 | |
| 1.7. | 五经总义类 | 儒家各种经典的综合性研究著作 | 31 | 675 |
| 1.8. | 四书类 | 《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》的相关著作 | 63 | 729 |
| 1.9. | 乐类 | 古代音乐理论和古乐器的著作 | 23 | 483 |
| 1.10. | 小学类 | 研究字的形、音、义的著作 | ||
| 1.10.1. | 训诂之属 | 12 | 122 | |
| 1.10.2. | 字书之属 | 23 | 480 | |
| 1.10.3 | 韵书之属 | 33 | 313 | |
| 史 | ||||
| 2.1 | 正史类 | 经历代皇帝认可的纪传体史书（二十四史）及其注释著作 | 38 | 3739 |
| 2.2. | 编年类 | 以时间顺序叙事的史书 | 38 | 2066 |
| 2.3. | 纪事本末类 | 以历史事件为纲的史书 | 22 | 1248 |
| 2.4. | 别史类 | 体例接近正史类，但地位在正史之下的史书 | 20 | 1614 |
| 2.5. | 杂史类 | 体例不一，杂记史事的书籍 | 22 | 173 |
| 2.6. | 诏令奏议类 | |||
| 2.6.1. | 诏令之属 | 君主颁布的文告 | 12 | 822 |
| 2.6.2. | 奏议之属 | 朝臣所编写的奏章 | 29 | 726 |
| 2.7. | 传记类 | 记录一人或多人事迹的传记 | ||
| 2.7.1. | 圣贤之属 | 《四库》收录的都是孔子的传记。“存目”中收录了贤人的传记，故称圣贤 | 2 | 7 |
| 2.7.2. | 名人之属 | “名世之英与文章道德之士”的传记 | 13 | 113 |
| 2.7.3. | 总录之属 | 记述多人事迹的传记 | 36 | 808 |
| 2.7.4. | 杂录之属 | “其类不一”的传记 | 9 | 21 |
| 2.8. | 史钞类 | 摘抄一史或众史而成的书籍 | 3 | 48 |
| 2.9. | 载记类 | 记述清朝认为属非正式皇朝和外国历史的书籍 | 21 | 280 |
| 2.10. | 时令类 | 记述时令节序和相关事物的书籍 | 2 | 29 |
| 2.11. | 地理类 | 记述一地的地理情况，宫殿古迹等的书籍 | ||
| 2.11.1. | 宫殿之属 | 2 | 11 | |
| 2.11.2. | 总志之属 | 全国性的志书 | 7 | 941 |
| 2.11.3. | 都会郡县之属 | 各省县地方志 | 48 | 2752 |
| 2.11.4. | 河渠之属 | 23 | 507 | |
| 2.11.5. | 边防之属 | 江防、海防形势的相关书籍 | 2 | 24 |
| 2.11.6. | 山川之属 | 7 | 113 | |
| 2.11.7. | 古迹之属 | 14 | 125 | |
| 2.11.8. | 杂记之属 | 29 | 213 | |
| 2.11.9. | 游记之属 | 3 | 15 | |
| 2.11.10. | 外记之属 | 16 | 89 | |
| 2.12. | 职官类 | 历代或者一代宫吏设置、职务的书籍 | ||
| 2.12.1. | 官制之属 | 15 | 365 | |
| 2.12.2. | 官箴之属 | 6 | 17 | |
| 2.13. | 政书类 | 记述一代或历代典章制度有关的书籍 | ||
| 2.13.1. | 通制之属 | 19 | 2298 | |
| 2.13.2. | 典礼之属 | 24 | 1151 | |
| 2.13.3. | 邦计之属 | 6 | 53 | |
| 2.13.4. | 军政之属 | 4 | 271 | |
| 2.13.5. | 法令之属 | 2 | 77 | |
| 2.13.6. | 考工之属 | 2 | 35 | |
| 2.14. | 目录类 | |||
| 2.14.1. | 经籍之属 | 书籍目录 | 11 | 421 |
| 2.14.2. | 金石之属 | 金石目录 | 36 | 276 |
| 2.15. | 史评类 | 史学著作和评论史事、史书的著作 | 22 | 399 |
| 子 | ||||
| 3.1. | 儒家类 | 112 | 1681 | |
| 3.2. | 兵家类 | 20 | 153 | |
| 3.3. | 法家类 | 8 | 94 | |
| 3.4. | 农家类 | 10 | 195 | |
| 3.5. | 医家类 | 97 | 1542 | |
| 3.6. | 天文算法类 | 关于天文、数学的著作 | ||
| 3.6.1. | 推步之属 | 为天文而作的算书 | 31 | 429 |
| 3.6.2. | 算书之属 | 专言数学的书籍 | 25 | 210 |
| 3.7. | 术数类 | 关于占卜的书籍 | ||
| 3.7.1. | 数学之属 | 《易经》中的数学（即术数）一派的书籍 | 16 | 147 |
| 3.7.2. | 占候之属 | 根据天象变化预测自然界灾异和天气变化的书籍 | 2 | 135 |
| 3.7.3. | 相宅相墓之属 | 堪舆学的书籍 | 8 | 17 |
| 3.7.4. | 占卜之属 | 占卜书籍 | 5 | 37 |
| 3.7.5. | 命书相书之属 | 14 | 53 | |
| 3.7.6. | 阴阳五行之属 | 5 | 55 | |
| 3.8. | 艺术类 | |||
| 3.8.1. | 书昼之属 | 71 | 1073 | |
| 3.8.2. | 琴谱之属 | 4 | 28 | |
| 3.8.3. | 篆刻之属 | 2 | 9 | |
| 3.8.4. | 杂技之属 | 4 | 4 | |
| 3.9. | 谱录类 | 器物、生物、植物等的图谱和辞典 | ||
| 3.9.1. | 器物之属 | 24 | 199 | |
| 3.9.2. | 食谱之属 | 10 | 19 | |
| 3.9.3. | 草木鸟兽虫鱼之属 | 21 | 145 | |
| 3.10. | 杂家类 | 认为不能包括在上述分类的书籍，包括墨家的著作 | ||
| 3.10.1. | 杂学之属 | 22 | 174 | |
| 3.10.2. | 杂考之属 | 57 | 707 | |
| 3.10.3. | 杂说之属 | 86 | 636 | |
| 3.10.4. | 杂品之属 | 11 | 83 | |
| 3.10.5. | 杂纂之属 | 10 | 394 | |
| 3.10.6. | 杂编之属 | 4 | 234 | |
| 3.11. | 类书类 | 65 | 7045 | |
| 3.12. | 小说类 | 各种笔记，随笔、杂考等的书籍 | ||
| 3.12.1 | 杂事之属 | 86 | 581 | |
| 3.12.2 | 异闻之属 | 32 | 724 | |
| 3.12.3 | 琐语之属 | 志怪小说，叙事较为细碎，故称“琐语” | 5 | 54 |
| 3.13. | 释家类 | 13 | 313 | |
| 3.14. | 道家类 | 44 | 433 | |
| 集 | ||||
| 4.1. | 楚辞类 | 6 | 65 | |
| 4.2. | 别集类 | 专录一人所作作品的集子 | ||
| 4.2.a. | 汉至五代 | 111 | 1518 | |
| 4.2.b. | 北宋建隆至靖康 | 122 | 3381 | |
| 4.2.c. | 南宋建炎至德祐 | 277 | 4978 | |
| 4.2.d. | 金元 | 175 | 2112 | |
| 4.2.e. | 明洪武开至崇祯 | 238 | 4207 | |
| 4.2.f. | 国朝（清） | 42 | 1799 | |
| 4.3. | 总集类 | 多人所作的诗文汇集或选录 | 165 | 9947 |
| 4.4. | 诗文评类 | 文学评论、文学方法论、文学史料等的作品 | 64 | 731 |
| 4.5 | 词曲类 | |||
| 4.5.1. | 词集之属 | 词的别集 | 59 | 103 |
| 4.5.2. | 词选之属 | 词的总集 | 12 | 274 |
| 4.5.3. | 词话之属 | 评论词、词人、词派和词的本事的著作 | 5 | 19 |
| 4.5.4. | 词谱词韵之属 | 表述词牌格式的著作。《四库》没有著录“词韵”著作 | 2 | 60 |
| 4.5.5. | 南北曲之属 | 南曲和北曲的著作 | 3 | 17 |
乾隆三十八年（1773年）五月，四库馆开馆不久之后，乾隆帝考虑到《四库》“卷帙浩于烟海，将来庋弃宫庭，不啻连楹充栋，检玩为难”，因此希望“于《全书》中撷其菁华，缮为《荟要》”。黄爱平和吴哲夫认为，当时乾隆帝已经六十三岁高龄，因此希望编写《荟要》以尽快看到《四库全书》。[6]:190-191[3]:284-285
为了尽快编写《荟要》，在四库馆之外另外设立了荟要修书处以编写荟要，由于敏中、王际华负责。荟要修书处任职人员计八十一人，分总裁、总校、编纂、提调、承办、收掌等工作。誊录人员方面，则约八百人左右，整体的编纂方式和四库馆大致相同。乾隆四十二年（1777年），因《荟要》大致已见雏形，荟要处被裁撤，由武英殿修书处接手。[6]:192[3]:285-288
乾隆四十三年（1778年），第一部的《荟要》编成，藏于紫禁城坤宁宫后御花园的摛藻堂。次年，《荟要》的副本编成，藏访圆明园内味腴书屋。《荟要》一共收书463种，11718册，20808卷。种数约是《四库》的七分之一，册数约是《四库》的三分之一。[6]:193-194[3]:297咸丰十年（1860年），发生了第二次鸦片战争，味腴书屋所藏之《荟要》随圆明园被毁。摛藻堂本今藏台北故宫博物院。[6]:198
在乾隆三十七年正月初四所发的书征书谕令之中，清高宗则已经要求各省督抚“先将各书叙列目录”，当时督抚所上奏的都是较为简单的书名、卷数、册数、作者、内容大旨的内容，又或者只列书名、作者，没有解题。同年十一月，朱筠在《谨陈管见开馆校书折子》也指应该要考法中国目录学的传统，“校其得失，撮举大旨”，编写目录。[3]:313-314乾隆三十八年二月六日，刘统勋的奏折中提出应该“另编目录一书，具载部份卷数，撰人姓名，垂示永久”，得准。[18]:41-42
在《四库》的编纂过程中，先是由纂修官在辑佚、校阅的同时为其经手的书籍编写一篇提要。纂修官所负责的书籍提要完成之后，则夹于书内送访总纂官、总目协勘官作考证修改。总纂官看到了提要后，要考虑此书应该是刊刻、钞录、存目，或者不作存目。决定是否收录于《四库》后，纂修官会对于当中的内容作校订，当中以主要由纪昀负责修改定稿。最后，再上奏于乾隆帝。[3]:317-322[18]:42-44
乾隆四十六年（1781年）二月，《总目》完成，但其后亦经过多次修改。编成后，《四库》所用的分类方式有所变动，不以本朝官书为首，《总目》也因此作修改，至次年七月毕，并得到乾隆帝认可，令“缮写四分于四阁陈设”。但因《四库》书籍内容有所增补，《大清一统志》、《盛京通志》等书籍还在编修之中，因此迟迟未定稿。五十一年，李清《诸史同异录》被提出销毁，《总目》也需修改。乾隆五十七年，纪昀等对内容再作校订。乾隆六十年（1795年），《总目》“校勘完竣，随加紧刊刻毕工”，予武英殿刻成书籍出版。[3]:322-326[18]:42-44
此外，乾隆帝《总目》长达二百卷，不便阅读，还下命编写《四库全书简明目录》，当中只记述某书某卷，注明作者和作者年份，二十卷。[3]:326[18]:55-59
乾隆三十八年二月，乾隆帝决定辑校《永乐大典》，而当时则已经考虑对于当中流传甚少的内容与之出版。《四库全书》开馆之后，总裁大臣即将《永乐大典》辑出书籍“分别应刊、应抄，应删三项”，并由武英殿员外郎刘惇、永善，以及是总官内务府大臣金简处理出版事宜。乾隆三十八年四月，首批《永乐大典》辑文付梓，包括有《易纬八种》，《汉魏旧仪》、《魏郑公谏续录》、《帝范》四种二十卷，雕版印刷。[3]:226-231
其后，应刊书籍的范围扩展至《大典》辑本之外，各地所进的遗书也成为印刷的一部份。总裁大臣金简见所有雕版甚多，选择改为使用枣木活字印刷，得到乾隆的准许。乾隆三十九年（1774年）五月，《武英殿聚珍版丛书》正式开始印刷，一共印刷了一百三十八种《四库全书》中的书籍。[3]:231-236
在《四库全书》编篡的过程中，纂修官会对当中的内容作校签。在进呈本中，原有的校签中以黄纸誊抄一次，即为黄签，由四库馆的黄签考证处王太岳、曹锡宝二人负责。他们会对于当中的内容作选择并修改，当中很大部份的黄签都被收录于《四库全书考证》之中。北京师范大学张昇教授指出，《四库全书考证》主要是对《四库全书》所收的书籍作“文字、顺序、内容的辨误订正”。乾隆五十一年（1786年）以活字印刷出版，收入《武英殿聚珍版丛书》中。[19]
为了缮写《四库全书》，朝廷需要大量人手以进行抄写的工作。最初，四库馆使用的是保举法，“令现在提调，纂修各员于在京之举人及贡监各生内择字画工致者各举数人”，命令提调、纂修等人推荐合适的人选。在缮写五年期满后，可以按他们抄写的数量以议叙得官。但是保举法推行不久，就成为了不少科场失意之人成官的捷径，一些提调、纂修以此索贿。再者，朝廷没有给予誊写者工资，“自备资斧”，因此誊写者大多不认真，甚至另寻书手代写。[3]:138-139
在此情况下，监察御史胡翘元上奏，建议由保举制改为考查制，得准。他提出，“在京士子，有愿充誊录者，毋宁仍令纂修、提调等官保举”，而是由他们自行推荐，由总裁官考验其抄写能力，“各令当堂亲书数行，择其字画端正者，照数取录，以次充补”。其后，因为考察方式所得的人数不足，因此改为于乡试落第的试卷中选取。[3]:139-140
武英殿四库馆为了确保誊写的速度和质量，建立了一套制度。四库馆建立了“稽核字数考勤簿”，规定“每人每日写一千字”，“五年共限写一百八十万字”。对于某些特别情况，则有不同的计算方法，如“篆字以一作十，隶字以一作五，绘图一页作字一千”等等。对于字数写得较多者，其得官职亦有别，“缮写二百万字列为一等，一百六十五万字列为第二等”，以誊写字数作为议叙的方式。[3]:141-142为了确保抄写的质量，四库馆订立了《功过处份条例》，誊抄者的抄本中出现错字记过一次，分校、复校未能发现誊抄者的问题也同样记过，并于各册后列明校订人员姓名，以明文责。[3]:146-147
抄本中，首先完成的是文渊阁本，其次是文溯阁，再者是文津阁，最后是文源阁，于乾隆四十九年（1784年）十一月二十五日，内廷四阁本都抄写完成。[3]:150-153[6]:134-136乾隆四十七年（1782年），清高宗见第一套《四库全书》完成，为了方便江南子弟查阅，“俾江浙士子得以就近观摩誊录，用昭我国家藏书美富、教思无穷之盛轨”，因此在又令人于江南地区准备三套《四库全书》，被统称为“南三阁”、“江浙三阁”，包括扬州大观堂的文汇阁、镇江金山寺的文汇阁、杭州圣因寺的文澜阁。[20][6]:138-139
南三阁的《四库》抄写工作也在武英殿中进行，但改由国库开资，而非议叙。[21]:92具体送藏和管理工作则由地方督抚和两淮盐官负责，实际工作则由两淮盐政、盐运使办理。[20]乾隆四十九年（1784年），《四库》陆续抄成，浙江派盐政部门领回未经装潢的《四库全书》。乾隆五十二年（1787年）四月，南三阁三套《四库全书》抄写完毕。[22]:84
为了建设藏书阁，于乾隆三十九年（1774年），乾隆帝特意命令营建官员寅著特意视察了天一阁的兴建方式，“看其房间制造之法若何，是否专用砖石，不用木植，并其书架款式若何，详细询察，烫成准样，开明尺丈，呈览”。寅著因此观察了天一阁的建造方式，并上报乾隆帝。乾隆帝对于天一阁的兴建方式大为欣赏，决定按天一阁的设计方式兴建七阁[23]。“天一阁”的命名方式来自于《周易》“天一生水”，而七阁的命名方式也参考了天一阁，以水字偏旁汉字命名，以水克火。[24]
乾隆四十一年（1785年），乾隆帝在纂修文渊阁《四库全书》的时候，本来是打算准许翰林院士子和其他好学的官员进内阅读，但不准外借，“翰林原许读中秘书，即大臣官员中，有嗜古勤学者，并许告之所司，赴阁观览。第不得携取出外，致有损失。”。但至乾隆五十三年（1788年），乾隆帝改变了主意，指文渊、文津、文源三阁“俱系禁篽重地”，“不便任人出入翻阅”。[6]:165-170为了让翰林、官员得以阅读，本来打算在七阁《四库全书》完成之后再抄一副本于翰林处。但因乾隆末年，国库空虚，已经没有能力再抄一套《四库全书》。乾隆五十一年（1786年），四库馆总裁永瑢提出不另再抄副本，而是直接贮存底本，除了“奉有御题者，业经臣馆随时录副，将原本敬谨发还本人祗领珍藏”外，其他的底本全部保留于翰林院，得准。唯已经于光绪廿六年（1900年）的庚子之乱时被毁。[3]:188-192
文渊阁位于北京紫禁城皇宫之中，于乾隆四十一年（1776年）完成，在北四阁中最早。在外观上只有两层，但因为使用了楼板之下的腰部空间多造一层，实际上是三层。文渊阁宽六间，阔34.7米，进深三间，阔14.7米。[21]:19
1782年，《四库全书》入藏，当时规定，每年农历九月必须晒书十天，以避免书籍受虫蛀霉变之害。民国六年（1917年），清室内务府派人对《四库》进行了清点，发现有23卷丢失，并从文津阁本中补抄。1924年逊清皇室被逐出紫禁城后，《四库》改由清室善后委员会接管，次年故宫博物院成立，《四库》由该院图书馆接管。[22]:80。1925年，为了供学者研究以及方便覆印，《四库》转入北京大学图书馆。1931年发生了九一八事变，为避免落入日人之手，故宫博物馆遂于1933年将《四库》运至上海，其后又被运至重庆。1949年，《四库》迁往台湾，现藏于国立故宫博物院。[22]:80-81
文源阁位于圆明园，乾隆四十三年（1778年）建成。于乾隆四十七年（1782年），《四库全书》入藏。咸丰十年（1860年），英法联军攻占北京，火烧圆明园，《四库全书》被毁。[21]:20今有散本，如香港大学冯平山图书馆有《公是集》十卷，广东省立中山图书馆有《明史》卷九至三，日本东洋文库有《南巡盛典》卷二十至二十二等等。[25]
文津阁位于热河（今承德）避暑山庄，乾隆四十三年（1778年）建成。于乾隆五十年（1785年），《四库全书》入藏，并按文渊阁做法，每年夏季抖晾书籍一次。至道光年后，文津阁的管理开始松弛，曝书成例停止。同治初年，文津阁因日久失修，阁顶部份坍塌，雨水渗漏，部份书籍被沾湿。同治六年（1867年）五月，在时任热河都统麒庆指示下，重新恢复成例。光绪二十年（1894年），热河总督大臣世纲等奉命查点，除经部《日讲书经解义》一书，原未补入，有函无书外，其他书籍基本无阙。[22]:81-82
宣统元年（1909年）8月，清学部筹建京师图书馆，因只有文津阁本《四库全书》无阙，计划将《四库》入存京师图书馆并得准，但因辛亥革命而未成事。民国三年（1914年），教育部社会教育司第一科的鲁迅重新著手此工作，并和热河方面联系；但时任热河都统姜桂题未待教育部来人办理接收手续，已先行将《四库》送至北京，由内务部接收，藏于故宫文华殿古物陈列所。次年，鲁迅以教育部名义致函内务部，要求将《四库》交给京师图书馆。1918年，《四库全书》、原贮书架的接收工作完成，至今一直藏于中国国家图书馆，是唯一一部原架、原函、原书的《四库全书》。[22]:82-83
2016年8月9日，故宫博物馆举行了文津阁本《四库全书》捐赠仪式，将文津阁本的复制本重新安于文渊阁中。此次所制作的影印本制作长达12年，全部使用了手工宣纸。整套书籍使用了6144个金丝柚木盒，占128个书架。[26]
文溯阁是北四阁中最后建成的，于乾隆四十七年（1782年）五月才完工。于同年十一月十三日开始，总管内务府先后将五批《四库全书》和《古今图书集成》送至盛京文溯阁，至次年五月二十日完成。在嘉庆、道光时期，文溯阁和当中的藏本一直保存良好。光绪十六年（1900年），沙俄侵占沈阳。光绪二十九年（1903年），沙俄军队将文溯阁作马厩和炮兵营房，此时有39卷《四库》被窃。[23][22]:91-92
1914年，奉天督军段芝贵为了讨好即将称帝的袁世凯，将文溯阁《四库全书》运至北京。1925年，经东北各方人士争取，《四库》获送还奉天。因当时文溯阁被占用，于1927年才复藏于文溯阁。1935年，奉天图书馆见文溯阁日久失修，于文溯阁西南处建造了新的书库，1937年6月运至新书库中保存。[23][22]:91-93
1950年，朝鲜战争爆发，为了保护文物，《四库》先是运至黑龙江省讷河，其后又迁运至北安。1966年，基于中苏交恶，为了保证《四库》的安全，《四库》获运至甘肃，最初存放于永登县连城土司衙门大经堂。1969年，甘肃省拨款40万，筹建榆中战备书库。1971年，《四库》入存于该书库。[22]:93-952001年12月28日，文溯阁《四库全书》藏书楼获列入甘肃省“十五”规划和文化建设标志性工程，决定于兰州市北山九州台建立新的藏书楼。2005年7月8日落成使用。[27]
南三阁的藏书在五十五年（1790年）定成装潢和收藏的工作[21]:105。入藏之后，当时有很多江南士子入阁阅读书籍，以助研究，进内抄写《四库全书》。如陈寿祺曾借文澜阁藏书以修方志、阳湖学者陆清臣曾以文澜阁《四库全书》以刊行先祖陆文圭的《墙东类稿》。抄写方面，据统计丁氏八千卷楼有11种抄自《四库全书》，张金吾爱日精庐有91种，瞿绍基铁琴铜剑楼有7种，陆心源皕宋楼有160种。[20]郭伯恭指南三阁的规定和近代的公共图书馆相似，指其打破清初私人藏书不外传的风气，有助传播知识。[5]:236-237
文汇、文宗两阁先后毁于战火。道光二十二年（1842年）六月，英国发动了扬子江战役，在镇江保卫战中，文宗阁藏书受损。咸丰三年（1853年）春，太平军攻占了扬州、镇江，两阁毁于战火。[22]:87-88早期南三阁的四库全书并不准借出，但至后期，相关措施并没有得到严格遵守。因此文宗、文汇阁被焚之后，个别书籍因士子借出未还而未受影响。[20]:41
杭州西湖圣因寺本来是康熙皇帝南巡时的行宫，于雍正五年（1727年）改建为佛寺，同年八月雍正帝定名为圣因寺。文澜阁初建于乾隆四十八年（1783年），位于圣因寺寺后玉兰堂以东，经费由浙江商人承担。[21]:89-91乾隆五十二年（1787年），文澜阁《四库》陆续缮成，于五十五年（1790年）定成装潢和收藏的工作。[21]:105
咸丰十一年（1861年），太平军第二次袭击杭州，文澜阁于是次袭击中被焚。丁申、丁丙两兄弟本已经离开杭州，往西溪避祸。一天丁申在购物的时候发现包物纸是《四库》的纸张，才得知文澜阁《四库》本已经离散。当时他们召集了勇丁数人，乘夜检拾，检得数千册。为了保护《四库》，丁氏兄弟将《四库》运至当时较为安全的上海保管。在上海，丁氏兄弟以收集“惜字纸”的名义，辗转委托当时在上海的杭州书商收集阁书，又收集得不少，“每包高二尺许，有八百包之多”，合共有8689本，约为整套《四库》的四分之一。光绪五年（1879年），浙江巡抚谭锺麟见文澜阁旧藏书籍甚多，有必要重建文澜阁以方便保存。建筑成本计为12913银圆，次年三月落成，重建工程则于九月完成，十月初六之前将书籍都移至重建的文澜阁内。光绪帝颁赐了御书满汉文的“文澜阁”匾额，御赏“丁申四品顶戴以示奖励”。[28]:46-48
丁丙见文澜阁的《四库》未见完整，提出补抄。光绪八年（1882年），补抄工作得到了谭锺麟的批准，经费由政府提供，设局于东城讲舍，抄写者达百馀人。当时所依的底本大多都是丁丙家中的八千卷楼的藏书，后来发现不敷使用，便向各地藏书楼借书；不愿借出的，则派人到对方当地借抄，最远甚至曾向广州孔氏岳雪楼借抄。其后民国四年（1915年）至民国十二年（1923年）间，钱恂又主持了一次补抄（乙卯补抄）。接着，张宗祥继续了钱恂的补抄工作（癸亥补抄），是次补抄大多都是以北京文津阁本作底本，少数按浙江省图书馆所藏的善本作底本。[28]:48-50
1937年7月底中国抗日战争期间，时任浙江图书馆馆长陈训慈为了避免文澜阁《四库全书》受劫掠和被炸，命令总务组赶制木箱以准备迁移。8月4日，文澜阁《四库》本先运向富阳鱼山，然后于12月3日运抵建德。12月24日杭州沦陷，建德也受影响，时任教育部长陈立夫建议迁往内地，但浙江省政府不肯，《四库》又先后转运至金华、龙泉等地。其后教育部决定将《四库》运到贵阳，12月30日到达，寄存贵州省立图书馆；为了避免受日军轰炸，先是移至城外张家祠堂中，次年4月8日又移至离贵阳10公里的地母洞里，至1944年为止。1944年春，日军发动了豫湘桂战役，同年11月桂林、柳州先后沦陷，贵阳也有失守的风险，于是便运至重庆青木关保存。[29]
抗战胜利后，文澜阁《四库》本由重庆运回杭州，收入浙江省图书馆。1954年3月改藏于浙江省图书省西北侧的青白山居。1969年珍宝岛事件发生，为了备战，《四库》于1970年1月被运至龙泉县收藏；[30]1976年12月返杭后，依然藏于青白山居。1998年，浙江省图书馆建造了新的地下藏书库，《四库全书》以及补抄本都移至该处收藏至今。[21]:248
《四库全书》的出版工作始自1916年旅沪犹太商人哈同（Silas Aaron Hardoon）的提议。其后十馀年，数届政府都有提案研究出版的事宜，计有五次，但都未果。1933年，教育部和商务印书馆签订了合同，决定出版当中较为珍贵的版本，即《四库全书珍本》；当时，学者对于要以何形式出版形成了“库本”和“善本”两派意见：“库本”派有教育部和商务印书馆当事双方，他们认为应该以原貌印刷《四库全书》；“善本”派有北平图书馆为代表的学者，包括有董康、蔡元培等，认为《四库》“成书于专制帝王之私意，毁禁所余，仍有删改”，版本粗劣，应该以善本代替之以出版。教育部代表王世杰拒绝了“善本”派的要求，认为“以库本与刊本并印，则与普通丛书相同”，商务印书局代表张元济也认为应该刊印库本。[31][32]1934年，上海举办的国际图书馆展览会展出了部份影印的《四库全书》[32]。1935年，《四库全书珍本初集》印毕。[31]
《四库全书珍本初集》刊行之后，台湾商务印书馆于1969年曾重印。商务印书馆又按选印时定的目录，于1971年至1974年，继续编印《四库全书珍本》第二至五集。1975年，台湾商务印书馆编印了《四库全书辑自永乐大典诸佚书》，将《四库》大典本全部出版。1976年至1982年，商务印书馆对《四库全书珍本》有续编第六至十二集，至此《四库》中近一半已经出版。[31]
1982年，台湾商务印书馆开始筹印文渊阁本，并得到台北故宫的批准。由同年年底开始进行，至1986年3月全部出齐。其后，上海古籍出版社于1990年间翻印了文渊阁《四库全书》。[31]1999年，香港迪志文化出版有限公司和中文大学出版社合作出版了《文渊阁四库全书电子版》，此计划集合了两岸三地的学者，是“九五”重点电子出版项目之一。[33]
文津阁方面，2002年中国出版集团和商务印书馆先后两次召开文津阁《四库全书》出版研讨会，决定出版文津阁本《四库全书》，并于2005年由商务印书馆出版。[34][35]文澜阁方面，2004年，杭州出版社和浙江图书馆决定共同整理文澜阁《四库全书》出版，历时十年后，于2015年完成。[36]
文溯阁《四库全书》是现存三部半中唯一一部没有完全影印出版的。2003年，甘肃省图书馆从文溯阁《四库全书》中选出四部著作，汇编成《影印文溯阁〈四库全书〉四种》，由上海古籍出版社出版。2013年年初，“文溯阁《四库全书》影印出版工程”成为了甘肃省的20个文化产业重点项目之一，计划出版2500套。[37][38]
在《四库全书》编成之后，曾多次提议续修。光绪十五年（1889年），翰林院编修王懿荣曾提出要续修《四库全书》。三十四年（1908年），翰林院检讨章梫也提议续修，得到了喻长霖、孙同康等人的同意。孙同康还为此编写了《重修四库全书条例二十则》。但两次的提议在当时的政治背景下根本不可能执行。[39]
1925年，美国等国家退还了庚子赔款。日本政府逼于国际压力，也随之退还赔款并计划用于发展中国的文化事业，组织了“人文科学研究所”，计划编写《续修四库全书总目提要》。编写工作分作两期，第一期主要拟定书目，于1928年开始。当时编纂委员会以及研究所的经费都来自于日方，实权也在日本，再加上抗议日本侵占济南（五三惨案），中方委员于同年五月全体辞职，因此整个编纂工作都以日方作主导。拟定书目的工作至1931年6月结束，拟定了书目27,000种。第二期着重撰写提要，于1931年开始编写。1942年，因日本发动了太平洋战争，续修工作因此停止，提要没有完成。1980年，北京中华书局推出了整理本，收书有三万一千馀种，为清修《总目》中存目、著录之三倍，约一千五百万字。[39]
1997年，《四库全书存目丛书》完成编印工作。《四库全书存目丛书》共收录历代典籍四千余种，六万余卷，分为经、史、子、集四部及目录、索引卷，一共一千二百册。当中主要是收集《四库》中只存其目而没有着录的书籍。[40][41]
1999年，北京出版社出版了《四库禁毁书丛刊》。是书由中国社会科学院、北京大学、国家图书馆等多家单位的学者和图书馆工作者共同编纂，一共有31册，当中包括目前现存的一千五百馀种《四库》禁毁书籍。[42][43]其后有《补编》，一共401册。[44]
2002年，《续修四库全书》完成了编印工作。1994年，中华书局总编辑傅璇琮、北京图书馆业务长李致忠、中华书局编审许逸民等开始计划编纂《续修四库全书》之事，并得到深圳南山区政府的投资。当中主要的是收集乾隆朝之后出版而有价值的书籍；以及是《四库存目》以及《四库》禁毁书中较为有价值的部份。整套《续修四库全书》一共收集了书籍5213种，为《四库》之1.5倍。[45][46]
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