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村上水军是日本南北朝时代到室町・战国时代在濑户内海活动的水军（海贼众）。势力据点是以艺予诸岛为中心的海域，之后大致分成能岛村上家、来岛村上家、因岛村上家。代表的家纹是“丸内上文字”。
村上三家也总称“三岛村上氏”，起源不明，但是可以确知原为一家。最有力的说法是《尊卑分脉》的记载，源自河内源氏之庶流信浓村上氏。平安时代活跃的村上为国之弟定国在保元之乱后，经由淡路岛在塩饱诸岛定居；平治之乱后的永历元年（1160年）移居越智大岛[1]，成为伊予村上氏之祖。
能岛村上氏的系图内，村上源氏的出自以村上天皇的皇子具平亲王之子源师房为祖。因岛村上氏也有同様起源的系图。又，信浓村上氏的系图内，源赖信的次男赖清是村上天皇的皇子为平亲王之子源宪定（村上宪定）的女婿，为村上姓，也是类似的说法。其他还有伊予越智氏的庶流之说。
文献史料上，最早的记录是1349年（南朝：正平4年、北朝：贞和5年），能岛村上氏负责东寺领的弓削庄付近的海上警护。南北朝时代，掌握因岛、弓削岛等为中心的濑户内海制海权，在海上设关征收通行费，派遣引水人、负责海上警护等。
战国时代，因岛村上氏臣从毛利氏。来岛村上氏臣从河野氏，村上通康改姓越智。能岛村上氏和河野氏保持友好关系，但是未臣属。之后，成为在中国地方扩张势力的毛利水军之一翼，在1555年（弘治元年）的严岛之战、1561年（永禄4年）的丰前蓑岛合战、1567年（永禄10年）的毛利氏伊予出兵、1576年（天正4年）的第一次木津川口之战等大为活跃。
来岛村上氏在三家之中最早跟随丰臣秀吉，被视为独立大名，其他二家的能岛村上氏是小早川氏、因岛村上氏是毛利氏的家臣。1588年（天正16年）年，丰臣秀吉发布海贼停止令，村上水军停止海贼众的活动。之后，因岛村上氏仍为毛利家的家臣，江户时代成为长州藩的船手组，根据地在周防国三田尻。能岛村上氏从毛利家获得周防大岛，江户时代和因岛村上氏同是长州藩船手组。来岛村上氏在江户时代转封丰后国玖珠郡，完全远离海洋（森藩）。
- 村上师清
- 能岛村上氏
- 村上雅房
- 村上隆胜
- 村上义忠
- 村上武吉
- 村上元吉
- 村上景亲
- 村上元武
- 村上元信
- 村上隆重
- 村上景广
- 因岛村上氏
- 村上吉充
- 村上亮康
- 来岛村上氏（久留岛氏）
（村上師清？義胤？） ┃ 義顯 ┃ 雅房 ┃ 隆勝 ┣━━┳━━┓ 義雅 義忠 隆重 ┃ ┃ ┃ 義益 武吉 景廣 ┏━━┫ 元吉 景親 ┃ ┃ 元武 元信 ┃ 就親
※村上氏→来岛氏→久留岛氏 数字是藩主代数
（村上義胤？義顯？） ┃ 顯忠 ┃ 吉元 ┃ 康吉 ┃ 通康 ┣━━━┳━━━┓ 得居通幸 通清 來島通總 ┃ 長親1 ┃ 久留島通春2 ┏━━━━━┳━┻┳━━┓ 通清3 通貞 通迥 通方 ┣━━┓ ┃ 通政4 通重 光通 ┣━━┳━━┳━━┓ ∥ ∥ ∥ ∥ 通用 通孝 通重 光通5 ┏━━┫ 通祐6 通同 ∥ 通同7 ┃ 通嘉8 ┏━━┫ 通容9 通胤 ┏━━┫ 通明10通寛 ∥ 通胤11 ┣━━┓ 通靖12通簡
（村上義胤？義顯？） ┃ 顯長 ┃ 吉資 ┃ 吉充 ┃ 吉直 ┃ 尚吉 ┣━━━━━┳━━┓ 吉充 吉忠 亮康 ┣━━┓ ┃ ┣━━┓ ∥ ∥ ┃ ┃ ┃ 景隆 吉亮 吉國 景隆 吉亮 ┃ 元充
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