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微生物囊(英语:microbial cyst)是微生物的休息或是休眠阶段,多半是出现在细菌或是原生生物、无脊椎动物偶尔也会有此阶段,此一阶段是让生物体可以渡过不利的环境变化,此阶段可视为是暂停生命,生物体的代谢变慢,并且停止进食及活动等行为。包囊形成(Encystment)也有助于微生物的散播,从一个宿主移到另一个宿主,或是移到更适合的环境。若微生物囊到了适合生长及存活的环境,其包囊会破裂,此一程序称为脱囊(excystation)。
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不利的环境包括缺乏营养或氧气、极端的温度、没有湿气或是存在有毒物质等,这些不利于微生物生长的条件 [1]会让包囊开始形成。
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