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万历朝鲜之役是1592年至1598年（大明万历二十年至二十六年；日本文禄元年至庆长三年）间，大明、朝鲜国与日本（丰臣政权）之间爆发的两次战争，也是明朝万历三大征之一。明朝为抗倭援朝，先后两次派遣军队进入朝鲜半岛，与日军作战。朝鲜王朝方面称壬辰倭乱（韩语：임진왜란）以及丁酉再乱（韩语：정유재란），日本方面称文禄庆长之役（日语：文禄・慶長の役）。
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| 万历朝鲜之役 | |||||||
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 日军登陆釜山 | |||||||
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| 参战方 | |||||||
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朝鲜王朝 明朝 |
 丰臣政权 | ||||||
| 指挥官与领导者 | |||||||
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朝鲜王朝： 明朝： 宋应昌 杨镐 李如松 邢玠 杨绍勋 麻贵 刘𬘩 邓子龙 † 吴惟忠 陈璘 钱世桢等. |
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| 伤亡与损失 | |||||||
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朝鲜王朝： 明朝： ~42,000阵亡，未知数量的俘虏[6][7] | 460+艘船只[8] | ||||||
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1591年（壬辰年），日本太阁（卸任关白）丰臣秀吉以“假道入唐”（唐，代指中国）为名义，致函朝鲜国王宣祖李昖，表示欲于次年春借道朝鲜转进攻明朝之托词，要求请予协助。在久未获答复，丰臣秀吉于1592年突然派兵入侵，致朝鲜节节败退，并促其转向宗主国明朝求援。明朝随后派兵入朝支援。此场战役祸及朝鲜半岛全境，其间曾于1593年议和并休战，但1597年（丁酉年）再度爆发战事。后期战役双方陷入胶著，最后由于丰臣秀吉的病逝，日军于1598年从朝鲜全面撤退，这场日本占领朝鲜并以之为跳板进攻明朝的行动最终失败。
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这场为时超过六年，牵动东亚三国的战争，名称繁多：
战争发生于中国明朝万历年间，虽然有前后两次军事冲突，但明朝并未因此而分别命名，而是统称“朝鲜之役”。是役明军动员规模可观，与宁夏、播州二役合称万历三大征。现代中国学者对这场战争的称谓不统一，多使用“万历朝鲜之役”[9]、“万历朝鲜战争”[10]、“抗倭援朝战争”等称呼，或是沿袭朝鲜方面（包括大韩民国及朝鲜民主主义人民共和国）的称谓，称之为“壬辰倭乱”或“壬辰之乱”[11][12]、“壬辰之役”[13]。
朝鲜王朝时称第一次冲突为壬辰倭乱，第二次冲突为丁酉再乱；现朝鲜大多合称壬辰祖国战争[14]或壬辰卫国战争。
日本桃山时代称唐入り（即“入唐／进出中国”之意）、唐御阵、高丽阵、朝鲜阵；江户幕府、明治时称朝鲜征伐[15]、征韩[16]；第二次世界大战后改用日本天皇的年号，将两次出兵合称文禄・庆长之役[17]；当代也有部分历史研究者称之为朝鲜征伐、朝鲜出兵、朝鲜用兵、日明战争、太阁西征等。
地域以外的国家地区则称为“壬辰战争”，比如英语的Imjin War，Imjin即朝鲜语的壬辰。
| 第一次朝鲜之役 （日：文禄之役、韩：壬辰倭乱） | |||||||
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| 朝鲜之役的一部分 | |||||||
描绘日军在釜山登陆情形的朝鲜画卷・釜山镇殉节图 （原作成于1709年；此图重绘于1760年） | |||||||
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| 参战方 | |||||||
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大明 朝鲜 | 日本丰臣政权 | ||||||
| 指挥官与领导者 | |||||||
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大明： 经略宋应昌 总理军务李如松 总兵杨绍勋 副总兵李如柏 副总兵李如梅 副总兵祖承训 李宁 副总兵查大受 张世爵 副总兵杨元 副总兵刘𬘩等 军前赞画袁黄 朝鲜： 柳成龙 申砬 † 权栗 金命元 金时敏 † 元均 李舜臣 朝鲜民兵： 郭再祐（义兵） 金沔 郑仁弘 高敬命 金千镒 赵宪 休静和尚 惟政和尚 处英和尚 灵圭和尚等 |
总大将宇喜多秀家 军团长小西行长 军团长加藤清正 军团长黑田长政 军团长森吉成 代军团长毛利秀元 军团长福岛正则 军团长小早川隆景 军团长丰臣秀胜等 | ||||||
| 兵力 | |||||||
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大明：号称43,000人，实际约34,000人 朝鲜：172,000人 （战争初期正规军） | 约158,700人（含后勤235,000人） | ||||||
| 伤亡与损失 | |||||||
| 参见第二次信息框 | 参见第二次信息框 | ||||||
15世纪中叶至16世纪后半叶期间，日本处于各地大名割据的状态中，史称战国时代。在织田信长和丰臣秀吉两位大名的努力下，日本趋于统一。逐渐平定各地大名、并成为“天下人”的丰臣秀吉，表现欲入侵明朝之意。1587年6月，秀吉结束九州之役后，将入侵明朝的构想具体化：先派兵占领朝鲜；自己渡海至明朝，居留宁波；随后占领天竺；再派丰臣秀次占领明朝的首都北京。他计划在这一目标制定之后的第七年（1594年）奉正亲町天皇迁都北京。[18]
丰臣秀吉于天正十八年（1590年）统一日本后，决定着手实施这一计划。朝鲜在宣祖二十三年（1590），以黄允吉为通信正使、金诚一为副使、许筬为书状官，派遣使团携带国书交聘日本。丰臣秀吉之后于1591年6月命对马大名宗义智通告朝鲜国王宣祖李昖，回复国书表示将于次年春天假道朝鲜进攻明朝，请予协助。秀吉致书朝鲜国王如下：
| “ | 日本丰臣秀吉，谨答朝鲜国王足下。吾邦诸道，久处分离，废乱纲纪，格阻帝命。秀吉为之愤激，披坚执锐，西讨东伐，以数年之间，而定六十余国。秀吉鄙人也，然当其在胎，母梦日入怀，占者曰：‘日光所临，莫不透彻，壮岁必耀武八表。’是故战必胜，攻必取。今海内既治，民富财足，帝京之盛，前古无比。夫人之居世，自古不满百岁，安能郁郁久居此乎？吾欲假道贵国，超越山海，直入于明，使其四百州尽化我俗，以施王政于亿万斯年，是秀吉宿志也。凡海外诸藩，役至者皆在所不释。贵国先修使币，帝甚嘉之。秀吉入明之日，其率士卒，会军营，以为我前导。 | ” |
朝鲜收到国书疑惧不已，正使黄允吉认为日本会侵略，副使金诚一认为不会，朝鲜廷议之后，决定从轻通报宗主国明朝，宣祖派遣金应南为使，前去向明朝礼部通报。但是朝鲜并没有很认真的加强国防。
日方终在未获朝鲜答复下出兵。加上当时朝鲜承平日久，加之国王重文轻武、朝廷党争激烈，以致八道武备废弛，全国三百馀郡县多未设防。
统一日本之后的丰臣秀吉野心极大，意图征服全世界（当时的亚洲全境）。他遣使往琉球国、吕宋（今菲律宾，时为西班牙-葡萄牙联邦殖民地）、高砂国（台湾）、暹罗阿瑜陀耶王朝、澜沧王国（南掌，即寮国）、大越、广南、占城、莫卧儿帝国（天竺，即印度）、葡属印度（今印度果阿）及葡属澳门等国家和地区，要求他们俯首称臣及帮助日本而向明朝宣战。琉球国王尚宁拒绝丰臣秀吉的要求，并且通报明朝关于日本丰臣秀吉的野心。暹罗向明朝派遣使团，表示计划派出军团攻打日本；但两广总督萧彦认为暹罗离日本太远，并不可行。暹罗最终也并没有派兵。[19][20]而日本在西属菲律宾遇到困难，因为殖民者为西班牙帝国，所以不了了之。
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天正19年8月23日（1591年）、秀吉称为“唐入り”（入唐）的征明远征心意已决、向诸大名发表。宇喜多秀家首先赞成、五大老当中，较具影响力的徳川家康人在关东没参加开会，其他大老、奉行因怕秀吉生气，不得虚与委蛇不情愿的表示赞成，事情就这样定了。之后秀家作为秀吉的代理人担任总大将。12月27日秀吉把关白职位让给外甥内大臣丰臣秀次，自称太阁专心准备外征。
秀吉指示筑造远征军的集结点宿营地名护屋城，命令黑田孝高担任测量与设计（绳张）、浅野长政担任工程总负责人(総奉行)、九州的诸大名分担施工的工作（普请）。命令壹岐领主松浦隆信修筑前哨基地风本城。
名护屋城的建设预定地是波多氏的领土、传教士路易斯·弗洛伊斯记录说是个人手欠缺的荒地(“あらゆる人手を欠いた荒れ地”)。名护屋城完成后，全日本大名的军队集结、不管是平野还是山坡都没有空地了。战争期间成为日本政治经济的中心。
为了攻打朝鲜，丰臣秀吉早在天正19年（1591年／明万历19年）开始进行准备，正月时就已经对各大名下达水军部队兵员的征召动员令：
- 东起常陆，经南海至四国、九州，北起秋田、坂田至中国地方，临海各国诸大名领地，每十万石准备大船两艘。
- 各海港每百户出水手十人，乘各国诸大名所建之大船；若有多馀，则集中至大坂。
- 秀吉本军所用船只，各国大名每十万石建大船三艘、中船五艘。所需建造费用，由秀吉拨给；各国大名将所需建造费用，以预算表呈报，先拨给一半，迨船建造完毕后，再行付清。
- 水手每人给予两人俸米，其妻子食粮另外给付。
- 军阵中所雇用之下人妻子，亦一律给予食粮。
- 以上所述及之各船舶、水手，皆须于天正20年（1592年／明万历20年）春季时，集中至摄津、播磨、和泉三国各港口。
到了同年3月时，亦决定了陆军部队兵员的征召动员令；各国诸大名每万石应征召人数各地不同：
天正20年，后改元为文禄元年（1592年／万历20年）3月，秀吉自全国动员了三十馀万兵力，以其中西国部队为主的15万8700人编成九个军团渡海至朝鲜作战；宇喜多秀家为总大将，石田三成、增田长盛、大谷吉继等为总奉行。军团编制如下表所示：
| 军团 | 规画占领区 | 总兵力 | 将领 | 官位或称谓 | 在日本的领地 | 所部兵力 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 第一军团 | 平安道 | 18,700人 | 小西行长 | 摄津守 | 肥后宇土 | 7,000人 |
| 宗义智 | 羽柴对马侍从 | 对马府中 | 5,000人 | |||
| 松浦镇信 | 肥前守 | 肥前平户 | 3,000人 | |||
| 有马晴信 | 修理大夫 | 肥前有马 | 2,000人 | |||
| 大村喜前 | 丹后守 | 肥前大村 | 1,000人 | |||
| 五岛纯玄 | 大和守 | 肥前福江 | 700人 | |||
| 第二军团 | 咸镜道 | 22,800人 | 加藤清正 | 主计头 | 肥后熊本 | 10,000人 |
| 锅岛直茂 | 加贺守 | 肥前佐贺 | 12,000人 | |||
| 相良长每 | 左卫门佐 | 肥后人吉 | 800人 | |||
| 第三军团 | 黄海道 | 11,000人 | 黑田长政 | 甲斐守 | 丰前中津 | 5,000人 |
| 大友义统 | 羽柴丰后侍从 | 丰后府内 | 6,000人 | |||
| 第四军团 | 江原道 | 14,000人 | 森吉成 | 壹岐守 | 丰前小仓 | 2,000人 |
| 岛津义弘 | 羽柴萨摩侍从 | 大隅栗野 | 10,000人 | |||
| 高桥元种 | 日向宫崎 | 2,000人 | ||||
| 秋月种长 | 长门守 | 日向财部 | ||||
| 伊东祐兵 | 民部大辅 | 日向饫肥 | ||||
| 岛津忠丰 | 日向佐土原 | |||||
| 第五军团 | 忠清道 | 25,000人 | 福岛正则 | 左卫门大夫 | 伊予今治 | 4,800人 |
| 户田胜隆 | 民部少辅 | 伊予大洲 | 3,900人 | |||
| 长宗我部元亲 | 羽柴土佐侍从 | 土佐高知 | 3,000人 | |||
| 蜂须贺家政 | 阿波守 | 阿波德岛 | 7,200人 | |||
| 生驹亲正 | 雅乐头 | 赞岐高松 | 5,500人 | |||
| 来岛通之 | 伊予来岛 | 700人 | ||||
| 来岛通总 | 出云守 | |||||
| 第六军团 | 全罗道 | 15,700人 | 小早川隆景 | 羽柴筑前侍从 | 筑前名岛 | 10,000人 |
| 小早川秀包 | 羽柴久留米侍从 | 筑后久留米 | 1,500人 | |||
| 立花宗茂 | 羽柴柳川侍从 | 筑后柳川 | 2,500人 | |||
| 高桥统增 | 主膳正 | 筑后三池 | 800人 | |||
| 筑紫广门 | 上野介 | 900人 | ||||
| 第七军团 | 庆尚道 | 30,000人 | 毛利辉元 （因病由养子毛利秀元代理） |
权中纳言 | 安艺广岛 | 30,000人 |
| 第八军团（预备队） | 京畿道 | 10,000人 | 宇喜多秀家 | 参议兼左近卫权中将 | 备前冈山 | 10,000人 |
| 第九军团（预备队） | -- | 11,500人 | 丰臣秀胜 | 岐阜宰相 | 美浓岐阜 | 8,000人 |
| 细川忠兴 | 左少将 | 丹后宫津 | 3,500人 |
注：表中各军团长均列该军团将领第一位；第八军团驻扎于对马群岛，第九军团驻扎于壹岐岛。
辅以水军九千二百人、船只七百艘，如下表所示：
另命东日本大名德川家康、前田利家、上杉景胜、蒲生氏乡、伊达政宗等将其旗下部队集结在肥前国名护屋城（位于今佐贺县唐津市）作为预备队，兵力计约10万5千人。
在一切工作准备就绪后，丰臣秀吉以朝鲜拒绝攻明为由，于4月正式开始了对朝鲜的战争。4月12日其第一军团由小西行长率领18,700人先渡海至对马岛待命。4月13日九军出发之命到达，4月14日侵朝的日军首先于釜山登陆，爆发釜山镇战役，朝鲜守将郑拨战死，釜山被日军攻占。之后陆续发生东莱城之战，守将宋象贤战死，尚州之战后守将李镒败走。朝鲜国王宣祖李昖急命左议政金命元为都元帅， 坐镇王京汉城之内，节制全国兵马。又增设三道巡边使，由曾经大破女真人的名将北道兵马节度使申砬担任，负责庆尚、全罗和忠清三道防务。申砬会合李镒于弹琴台。4月28日小西行长率18,700人向忠州和弹琴台进军。小西行长派大村喜前监防忠州城动态，再与松浦镇信、宗义智、有马晴信和五岛纯玄围攻申砬与李镒，发生弹琴台之战，朝鲜军全军覆没，义州牧使金汝岉、忠州牧使李宗张与申砬战死。忠州被日军攻陷，李镒逃往王京汉城报败讯，然而日军攻入稷山后，王京汉城已难以固守，朝鲜国王李昖在柳成龙等朝臣的建议下，放弃都城、出奔平壤。5月2日日军攻克朝鲜王京汉城，俘虏朝鲜王子。在战略上，日本军采用了德川家康的提案，确定了“陆海并进”、“速战速决”的战略方针；以水军保证陆军的战略物资供应，陆军分三路齐头并进，计画一举占领朝鲜，然后将朝鲜八道分别交给各军团长统治。（参见前揭“日本军军团编制”表“规画占领区”栏）
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面对日军的大举侵略，朝鲜各地的有力乡士自立组织义军，如庆尚道星州的郭再祐于4月21日组织义兵，屡次令安国寺惠琼败战使其无法顺利进入全罗道，甚至在10月10日的第一次晋州城之战中击退细川忠兴和长谷川秀一的大军，人称“天降红衣将军”，还有郑仁弘、孙仁甲、金沔等也令毛利辉元无法顺利占领庆尚道。全罗道光州的金千镒、全州高敬命、李基鲁、洪彦秀父子也于6月1日组织义兵，忠清道公州出身的赵宪、僧人灵圭则于7月3日整顿兵力，联合抵抗小早川隆景、立花宗茂等日军第六军团，其中经历清洲城之战、梁丹山之战、两次锦山之战。另外还有京畿道海州的李延馣对抗黑田长政，以上战事皆阻碍了日军的进军。
5月27日，日军第一、第二、第三军团追击而至，突破临津守备攻陷开城，李昖不得不在6月11日离开平壤，继续流亡至中朝边境的义州，并遣使向宗主国明朝求援。当时朝鲜全国八道仅剩平安道以北，靠近辽东半岛的义州一带尚未为日军攻占，李昖认为如果要收复国土，必须要仰赖明朝的支援，因此便派几批使者去向明朝求救。朝鲜使臣们除向万历皇帝递交正式国书外，又分别游说了明朝的阁臣、尚书、侍郎、御史、宦官等，甚至表示愿内附明朝，力图促使明朝尽快出兵援朝。6月15日日军陷平壤。7月，加藤清正率锅岛直茂、相良赖房在海汀仓打败韩克诚，俘虏了朝鲜王子临海君与顺和君。
加藤清正于7月27日越过豆满江（中国称图们江），进攻满洲东部发生了兀良哈之战。侵攻臣属于明朝的建州女真的和海西女真各部落，加藤清正攻拔女真五营，女真馀营皆遁去。8月，加藤清正再大破女真酋长卜占台，斩敌900人，攻破其部（今中国吉林省延边朝鲜族自治州延吉市附近）。[21]然而在局子街遭到海西女真联军包围追击让加藤清正军队死伤不少，而加藤清正的军队无法抵御进攻只能突围。丰臣秀吉得知加藤清正战果后，写书状给加藤清正指示：“今略明地”。然而加藤清正经过局子街之役深知明地难略，于8月22日回信丰臣秀吉以小西行长攻略平安道战果未定，加上自己孤军难以深入。于是放弃丰臣秀吉假道建州入侵中国之战略。令锅岛直茂前往支援小西行长。加藤清正自己率远征军返回朝鲜咸镜道，后来参与1593年6月的第二次晋州城之战。
此时，对于明朝而言，朝鲜告急实出乎意料；明朝曾经遣使问说，贵国向为东国之强者，为何突然失陷于倭寇。同时也有使节表示，贵国既然求援怎么不曾提及几月几日那道沦陷、发生甚么战役、损失多少兵马、将领有谁战死、臣子有谁死节等等……让朝鲜国王与诸臣一时惊惧，担心明朝怀疑他们与日本同谋，旨在假借向明朝求援引诱明军进入朝鲜歼灭之。[22]当时也有福建海商，以到朝鲜经商时听闻的消息，回报朝廷说，朝鲜与日本同谋。国王在得知此消息后，为了让明朝释疑，除了反复派出使臣外，也将日本威胁朝鲜的书信转呈明廷，以示绝无二心。与此同时，明兵部尚书石星也召见曾出访朝鲜，见过国王样貌之人，来辨别朝鲜国王的真假；辽东方面则有画师秘密画下国王的相貌以资辨别。
最终，明廷认定：“倭寇之图朝鲜，意实在中国，而我兵之救朝鲜实所以保中国”，因而答应让李昖渡过鸭绿江寻求庇护，居住在明境辽东半岛的宽奠堡，同时出兵援助朝鲜。在明朝中央反复搜集情资与讨论之际，辽东已经在6月己亥日先派遣出宽奠堡副总兵都指挥佟养正率领8名飞骑传信先渡江到义州附近准备，分为5拨，每拨须奔驰百里，遇到紧急军情，迅速传递。恰有日本军部队屯住在江沙，发数百名骑兵举行操演，朝鲜大臣特地请明将前往侦查；明将观察后认为：“若只如此，天兵一来，可以剿灭。”
6月癸卯，随著明军的即将到来，明朝与朝鲜反复磋商的事宜开始集中在基本的事务上，首要需要解决的就是军粮问题，因为朝鲜无饷，所以明朝朝廷已经决定由中央直接拨饷给明军，同时也先赏赐朝鲜国王2万两银两。只是粮食转运不便，所以在明军的立场是希望朝鲜能够提供。《宣祖实录》里在此段时间充满了国王与大臣之间关于军粮的讨论，本来预估在平壤有4万馀石，在安州有20馀石，可以供5000人15日食用，不过其后平壤沦陷，粮食尽归日军。后说嘉山有5－6百石的粮食，可以供2000士兵使用，却有说安州连1石粮食都没有。出现反复甚至矛盾的记载，可能来自于朝鲜中央当时仍然无法确定各地方的状况。地方官员很多因为避难都逃亡无踪，致使中央也无法知道地方的详情。
6月15日参将戴朝弁与游击史儒开始率军渡江，根据《宣祖实录》纪载一共是有1,029名士兵、马1,093匹。在之前因为朝鲜使臣已经回报说明军分为两梯，首梯由初七日由史儒率领发兵，次梯则是初十日由王守官领兵发兵。明军将领认为必须等待全军到达后方可出兵；朝鲜方则基于救国心切的心理，在明军第一梯一渡江后朝鲜方面随即催促出兵南下，同时也在军队管辖的问题上和明军将领发生争议。在丁末日原任参将郭梦征与游击王守官率领500军马渡江回辽东，隔日17日，两人又再度率军渡河回朝鲜，共率领506名士兵与马匹779匹，副总兵祖承训也同时率军到来，有军队1,319名马匹1,529匹。相加之后就可以得知，辽东第一次发兵时共出兵2,348人、马匹2,622匹，指挥官为副总兵祖承训，后勤调度则是由驻防在九连城的辽东总兵杨绍勋总理其事。
6月间朝鲜使节李德馨屡次上书明朝辽东巡抚郝杰，并在巡抚帐下日夜痛哭不走，辽东巡抚受其感动，遣副总兵祖承训率骑兵5,000人渡鸭绿江救援朝鲜，与日军战于平壤城。但因天雨马蹄纷纷溃烂，加上祖承训不知善用骑兵之利，于7月17日黎明，以游击史儒、王守官等为先锋统军进迫平壤炮城，史儒率领千总马世龙、张国忠两官先入城，手斩敌首10级，遭到鸟铳命中而亡。且黑田长政、大友义统、立花宗茂等陆续北上进军来援小西行长，史儒、祖承训等军队被击败而溃散[23]，一日之内败退过大定江，朝鲜急派兵曹参知沈喜寿往九连城，希望杨绍勋总兵能命令祖承训暂时留守在朝鲜境内，但其撤退过速，已经渡过鸭绿江。
祖承训副总兵在其后上呈给杨绍勋总兵的报告里面，提及了数个问题：
- 粮草不继，朝鲜无法提供足够的粮草够军队食用。
- 军情不实，朝鲜情报指出平壤只有1,000多名日军，实际交战后估计日军有上万人。（日军参战有，小西行长、黑田长政、大友义统、立花宗茂的部队。）
- 指挥权不专，朝鲜群臣一直希望明军能由朝鲜将领指挥，并且压迫明军在天时不利的情况下出兵。
- 明军对朝鲜军缺乏信赖，祖承训副总兵指出同时去平壤的也有500名的朝鲜军，结果临交战时，400名朝鲜军先溃逃，剩下的100名则是与对方有所交谈。同时，明军多有遭弓箭射伤与射死，根据朝鲜的情报，日军只有铁炮与长剑，所以怀疑射箭的是朝鲜人。
经过朝鲜使臣的反复申辩，杨绍勋总兵后来接受了朝鲜的解释，也就是军情是由朝鲜的节度使提供的，可能侦查有误，关于射箭一事可能是因为朝鲜兵器落入倭军手中，或者是因为有朝鲜人遭到俘虏，才受到倭军指使。
不过朝鲜弓（角弓、复合反曲弓）和日本弓（竹制长弓，跟人差不多高）样子差异很大，箭术也有分别。应该是有朝鲜人被俘虏之后受日本军指使。[来源请求]
自从平壤兵败后，辽东军就等同是移交了此战争的主导权到中央兵部手里。在其后朝鲜使臣虽然数度拜见杨绍勋，或是其他游击、参将等等，请求再派兵进入朝鲜以壮士气，甚至说出派几百人声援都可以；不过，明朝已经另有战略规划。根据朝鲜《宣祖实录》的记载，双方官员有如下对话：“……此贼非南方炮手不可制，欲调炮手及各样器械先到于此矣，待南兵一时前进……”，“……今则霖雨频数，道路泥泞…秋凉后方可发大军前进剿灭…偌大军留义州及你国…则你国粮料不敷，你国今且省了粮料，留备大军之用…发兵救援已有明旨，我天朝无有内外之别，宁有终始之异乎…”。此时明廷和辽东军已知日军并非仅朝鲜提供的情报中所称的数千兵马，便放弃短期内解决朝鲜动乱的目标，寻求长期作战的可能。
另一方面，明廷自7月起多次派遣游击沈惟敬到朝鲜，甚至远赴平壤与日军谈判，其目的即在于拖延时日以待大军集结；然而由于情报缺乏、补给不继，只能梯次陆续增兵。8月，明朝以兵部右侍郎宋应昌经略备倭军务，并诏天下督抚举将材；又于10月16日，命李如松总理蓟、辽、保定、山东军务，并充任防海御倭总兵官，其弟李如柏、李如梅为副总兵官，一同开赴朝鲜。明朝从全国范围调集了4万精锐将士。这支军队的主要构成如下：辽东精骑1万；宣府、大同各选精骑8千；蓟镇、保定各选精锐步兵5千及名将沈有容；江浙步兵3千。四川副总兵刘铤率川军5千，做为后续部队向朝鲜进发。在1592年12月25日， 总兵官李如松从宁夏胜利归辽后，尚不及休息即率军43,000馀人越过鸭绿江进入朝鲜。
9月甲子，朝鲜宣祖召见尹根寿与韩应寅讨论，沈惟敬只看到平壤的敌军人少，咸镜道的敌军更数倍于平壤，尹根寿转述说沈游击表示平壤光是看到的敌军就有1,000人，其他分驻的人应当更多，尹根寿说侦探回报平壤军队只有900人，沈惟敬则说，此侦探所言不实应该斩首，预估需要7万人才可以攻陷平壤。至于朝鲜全境的日军人数讨论，可见《宣祖实录》载10月庚寅，宣祖召见多位备边司官员讨论，其中有问说“…贼数几何？尹斗寿曰：“…贼自言32万云矣…”，这时尹根寿接著说，贼自己这样说，如果有8万人就可以迅速攻陷朝鲜，因为只有5万人，所以无法迅速战胜。李恒福回答，“我军杀死倭军几乎有1万人矣，如果倭军只剩下4万人，为何到处都有倭军呢？…”当时朝鲜并不能确定日军登陆的数量，这也造成明军估算出征兵力的困扰。
9月辛未，建州卫的女真人部族首领努尔哈赤在向明朝朝贡马匹的贸易后，听说日本军入侵朝鲜之事，并且得知日军加藤清正已率军渡过豆满江（今称图们江）正入侵兀良哈的建州女真与海西女真，于派使臣马三非来朝鲜说：称建州卫部下有马军三、四万，步军四、五万人，皆精勇惯战，听说倭军入侵朝鲜，因为跟朝鲜唇齿相依，愿意出兵“征杀倭奴，报效皇朝”。经过朝鲜国王宣祖与大臣讨论后，认为努尔哈赤可能是想趁机联日本消灭海西女真，因此加以拒绝。
10月庚辰，朝鲜礼曹判书尹根寿等见明朝葛总兵，葛总兵私底下告诉他们说：“这次动员有关内蓟州、宣府、大同等处镇兵及南兵1万人共7万人，广宁、辽东等地镇兵6万人共13万人，……圣旨以为直杀到王京，如果让倭军今年逃走，则明年必当再次入侵，当使倭军片甲不还。”这就是明军一开始的用兵规划，希望能集结大军一次歼灭入侵的日本军，只是事后才发现计画与实际有所出入。朝鲜大臣又问粮饷，葛总兵说：“鸭绿江以西车运，以东马运，并不需要使用贵国的钱粮。使臣又问说，那么沈游击的和谈之说，如何？如果真的和谈，小邦的痛就没有办法申张了。葛总兵回答：我不知道朝廷的意思，不过杨总兵说大军到了平壤，如果倭军束手哀求请降，那我们也只能接受。如果顽强抵抗，就将倭军一次杀光，哪里有不让你们满足心愿的道理！葛总兵的话就是倭军不投降的话，一定会让朝鲜人复仇的意思。”
明军首波渡江入援人数的朝鲜官方记载，10月壬子，朝鲜的备边司启曰：“天兵共计4万8,005人，将领中军千把总还没有算在里面，一日粮每一名是1升5合，马匹2万6,700匹，将领等官之马不在数内，每一匹日给料豆3升。以此计算，则4万8,585人的粮食一天是720石，2个月则需要米4万3,730石；马一日用豆801石，2个月需要豆4万860馀石。……目前估计自义州至平壤，留谷之数大约有5万1,488石，豆3万3,127石……，抽西补东军粮可以支应50馀日，马豆则似乎不足……。”
考量到朝鲜军粮缺乏，明军先锋暂时驻兵在辽东境内；根据《宣祖实录》纪载，先锋部队人数为6,000人，其中有副总兵祖承训的蓟州镇兵2,400人，和本来要派往建州卫的南军炮手600人，游击张奇功麾下3,000人。至于总兵力则是号称10万人，实际派发在7万人。9月己未，敕使薛潘渡江到朝鲜晋见朝鲜国王做最后的协调，“…曰：天兵十许万方到，且千里馈运，事所未易，预以银来此换米，何如？…”，这段是说千里运粮不是很简单，天朝想要带银两来此，然后现地买军粮，可以吗？国王是这样回答的：“…小邦土地偏小，人民贫瘠，且国俗不识货银之利，虽有银两，不得换米为军粮矣…”，一段话就等于告诉明朝大军必须要自带粮食，朝鲜的农业基本上是已经破产了。在同月的辛酉日也有如下纪载，辽东巡按命令林世禄询问朝鲜司谏院司谏李幼澄：“你国粮料可支几月？”答曰：“可支万兵一月。”又问：“一月之外做何计较？”答曰：“若除平壤之贼，则忠清、全罗亦可取用。”由此可知为了支应大军，平壤是首要战略目标。
万历二十一年（1593年）正月初五日，明军进抵平壤城下，八日，与小西行长的第一军团15,000人战于平壤城；平壤城东有大同、长庆二门，南有芦门、含毯二门，西有普通、七星二门，北有密台门，有牡丹峰高耸，地形险要。李如松的部署如下：蓟镇游击吴惟忠率领步兵当先，辽东副总兵查大受率领骑兵居后，攻击北部要塞牡丹峰；中军杨元、右军张世爵领兵进攻城西七星门；左军李如柏（李成梁次子）、参将李芳春领兵进攻城西普通门；游击骆尚志与朝鲜将领兵使李隘、防御使金应瑞与祖承训率领明军乔装为朝鲜军麻痹日军，力攻城南芦门；主帅李如松督阵。明军主力将进攻平壤的南、西、北三个方向，东面给日军留出退军路线。在12月底沈惟敬声称小西愿以大同江为界受封，于是明军定下计策宣称前来加封，小西直到明军开到城下才醒悟对方是来攻城的。七日攻城开始，祖承训率领的明军率先突破城南的芦门，接著含谈门、普通门、七星门、牡丹峰也相继被明军攻占，日军黑田长政曾派黑田二十四将之一的久野重胜（久野四兵卫）前往侦查，也被明军毒刀砍伤于翌日毒发身亡。小西行长一看大势已去，率领残兵退守城北一隅风月楼，此时李如松军共斩首1,200人。入夜，日军自东南方向突破，渡过大同江向汉城退却。沿途早有李如松部署的李宁和查大受伏兵等候，一阵掩杀，击毙日军360人。当时明军配有佛朗机炮、虎蹲炮、灭虏炮…等等火炮数百门，日军火绳枪虽然略优于明军火铳，但日军却没有明军威力强大的火炮。朝鲜纪录“在距城5里许，诸炮一时齐发，声如天动，俄而花光烛天”，…“倭铳之声虽四面俱发，而声声各闻，天兵之炮如天崩地裂，犯之无不焦烂……”，此战共歼灭日军1万馀人，烧杀溺毙无数，逃散者不及总数的十分之一；明朝的《叙恢复平壤开城战功疏》记载：“我军阵亡七百九十六人，受伤一千四百九十二人”；日本的《日本战史》则称，平壤之役后，小西行长部减员11,300馀名，仅馀6,600人，减员近三分之二，完全丧失了战斗力。（另一则日本史料称[哪个／哪些？]，第一军小西行长部，原有人数一万八千七百人，显存六千五百二十人。李如松凭此一战，威名远播明日朝三国。在收复平壤、开城之后，他开始进攻汉城）。
由李如松率领的明军在攻下平壤后，欲乘胜追击日军，先遣副总兵查大受与朝鲜将领高彦伯领骑兵数百侦查开城至王京之间的道路，正月廿五日（1593年2月26日）侦查先锋在碧蹄馆（位于首尔西北部的京畿道高阳市德阳区的碧蹄洞）南方砺石岭遭遇日军前野长康、加藤光泰率领侦察队百馀人，双方交战互有伤亡。日方在损失约60骑后败退，查大受则退往碧蹄馆。
正月廿五日（2月26日），提督李如松得报后，以为日军如当地土民所说弃京城撤退，遂率领本部兵马骑兵3,000馀人（一说2,000人，亦有仅带亲兵1,000人之说法）从开城疾驰引援。
廿六日（2月27日）丑时，日军先锋队的立花宗茂，领3,200名军兵率先占领砺石岭，派出森下钓云、十时惟由于砺石岭附近侦查到明军查大受所部，小放数发铁炮后回报本队。清晨7时许，立花军于树林中隐藏部队，仅立出少数军旗，以此“示弱”战术引诱查大受来攻，立花军先锋队的十时连久领500兵力，率内田统续、安田国继（讨取森兰丸之“明智三羽乌”之一）等将投枪、拔刀奋勇突击至北边的望客砚，却遭查大受麾下约3,000兵力的包围，中箭后（可能为李如梅所射之箭）的十时苦力支撑，由担任旗奉行的副将池边永晟代领部队，直到小野镇幸、米多比镇久所率领的第二阵800人前来接应后身亡，此时第二阵的户次统直骑马射箭连续射杀数十名明军。随后，立花宗茂与其弟高桥统增率本队2,000从左方奇袭明军右翼，查大受退往北边的碧蹄馆。宗茂率亲兵800追击，此时池边永晟奋战战死。查大受则接应了驰援而来的李如松。此前哨战历经5小时，立花军转往碧蹄馆西南边的小丸山布阵休息，于望客砚接应小早川隆景等日军大部队。
据史记载，体察使右议政兪泓驰启曰：“本月二十七日，李提督领兵发行，闻查副揔ㆍ高彦伯，同往体探，适逢贼六七百名，斩获四百馀级。”
李如松得知先锋已经交战，迅速转为鹤翼之阵，在望客砚迎接查大受军势后于碧蹄馆重整军阵。此时已近中午时分，由小早川隆景、毛利元康、小早川秀包、吉川广家等率领的20,000名日军先锋突然出现，并占领望客砚，后面还有由宇喜多秀家、黑田长政率领的日军本队20,000兵正在进军。
由于碧蹄馆地形狭隘，又多泥泞水田，不利骑兵行动。于是李如松且战且退，退往北方高阳市的出口惠阴岭，并急忙传令中军主力急速进兵。虽然明军先锋在开战初期成功击退了小早川隆景的左翼粟屋景雄所率3,000人，但隆景右翼先锋井上景贞3,000兵却反包夹了明军先锋。不过总体战况仍是明军占优。于此同时，立花宗茂领3,000兵从日军左翼移动至明军右侧山上隐兵埋伏伺机出战，先命部将立花成家率铁炮队速射三回后，以“示强之计”突然立出多数军旗并击鸣战鼓，全军举起长枪拔刀反射日光令敌兵敝目，一举斩入突击进至明军本阵处。立花军中其中一位金甲武将（安东常久）与李如松单挑时，被李如梅射杀（根据部分史料，当时金甲武将可能被误认为井上景贞，但他在此役后仍生还。并于之后小早川秀秋为家督时代时回仕毛利家，后出奔。），同时明军左翼也遭到毛利元康、小早川秀包、筑紫广门的突击，正面则被小早川隆景压制，明军顿时陷入了被围之势。李如柏、李宁、查大受、张世爵、方时辉、王问等明将皆亲自提刀奋战。其中，明将李有声为护卫李如松而遭到隆景部将井上景贞击杀，如松的亲卫队也战死80馀人。而立花军中也有小野久八郎、小串成重、小野成幸战死，小早川秀包麾下也有8名家臣先后身亡。不久小早川隆景派出吉川广家、宇喜多秀家（实则为其重臣户川达安所率）、黑田长政率部对明军进行包围。两军从午后开战已逾6个小时。至黄昏时分，明军终于等到左协大将副总兵杨元率援军到来（这支部队的规模应当为数不少可能在五千人因为还出现了“中军旗鼓官王希鲁”这样的职位）。杨元奋勇冲破日军包围，抢占李如松右方阵地，并和李宁的炮营共同发炮轰击日军，援护明军撤退。立花宗茂、宇喜多秀家派出部队猛烈追击至惠阴岭，立花一族之户次镇林在追击时奋勇战死。而小早川隆景则担忧明军撤退会设伏，劝追击的日军开始退兵。（以上过程为参考、融合《明史‧李如松传》[24]、《日本战史‧朝鲜役》[25]的说法。）
两军从午后交战6个小时至黄昏，明朝纪载日军死亡超过8,000人，朝鲜史则载两军各死伤5、6百人，部分日史记载明军参战人数为20,000人，倭军斩首明军6,000人。满清编写者则说“诸营上军籍，死亡殆二万”云云，占了当时明军入援朝鲜参战兵力的一半。都远远高于朝鲜史的记载，根据朝鲜宣祖实录所记，明军投入战役人数当不超过5,000人，当日军望见明军步兵抵达后随即撤退，可见明军投入战场兵力并不多。而朝鲜《宣祖实录》记载，此役之后，明军大势依然，应可确信二万之死亡云云系虚说。而且《神宗实录》中还记有“夫是役也大将仅以身免，倭何惧之有”，认为明军胜利。另外，日军阵亡了很多有名有姓的“武将”，但是日本战国史的武将比率很高，即使在川中岛阵亡八千人中也有四十多个“武将”。[26]
战后日军并未追击，反而退返王京，显示日军并未完全控制战场，此役应该并非大胜。但是李如松经此役后，因亲兵死伤甚重，加上明军北兵与南兵之争日烈，李如松以后就无意进取，先退开城，后又退往平壤。
之后日军于2月约2万兵力转攻京城西北方的幸州山城，朝鲜城将权栗以少数兵力大败日军，日将石田三成、吉川广家等负伤。2月，李如松改变策略，于3月初焚烧日军于龙山的粮仓粟数十万，逼使其撤退。4月19日，日军因为缺粮，被逼由汉城（今首尔）撤退。5月四川参将刘𬘩率军五千赶赴援朝，并被任命为副总兵。日军撤退至釜山，此后陆战皆集中在朝鲜南部四道，并以朝鲜勤王军与倭军的战斗为主。日军于6月中旬又攻打朝鲜南部的晋州城，为第二次晋州城攻略战，日军加藤清正、黑田长政以部下饭田直景、庄林一心、后藤基次以龟甲车破坏城壁，大部日军涌入晋州城而攻陷，城将金千镒战死。
明派遣大军援朝后，两国在进军速度、战力补充、情报、战功等问题上多所争执：朝鲜官员复土心切，一再催促明军进兵，明军将领多半言明粮食欠缺，天候不佳，同时因为战乱情报不明，进兵有所疑虑。同时明军因为将南兵留在平壤，在前线的反而多是北兵，北兵以骑兵为多，根据当时将领所言，明军损失战马多达12000匹，造成骑兵战力的严重匮乏。此外明军也碰到逃兵问题，尤其以辽东兵最为严重，而南兵因为家乡遥远，反而不会脱逃，为了填补空缺，明将多向朝鲜要求勾军来填补缺额。此外，明将也多次反映朝鲜提供的敌情不明，无法知道要用多少兵力才可以消灭入侵的日军。宋应昌则是完全不相信朝鲜的官员，认为他们很容易泄漏军机，往往军情只要移咨朝鲜官员，他们一下朝后就会转告亲友，当时朝鲜的风俗也不以泄漏朝政为可耻，反而认为如果不说就是瞧不起亲友，两国官员为此多所龃龉。
平壤之役南兵先登城墙，但北兵多斩首级；李如松上报明廷时多表北兵杀敌之功，而少论南兵先登之功，造成南兵将领与北兵将领之间的隔阂。另一方面，明廷因有北兵斩杀朝鲜人冒功的传言，特派钦差大臣来朝鲜查证。而碧蹄馆战后，留守平壤的明朝南兵间又传出北兵作战不力的风声，并有人以此上报经略宋应昌。明朝南、北兵之间的矛盾乃越演越烈。
经略以文人而节制军事，提督要求增兵増饷都需经过经略上呈；前此，提督李如松总以为经略宋应昌受南兵影响，故意压文不发。另一方面，宋却以为武人爱说大话，往往上呈不实，例如说在战功上以少报多；又受朝廷和战议论的影响，认为进军应审慎筹画。两人公文往来莫衷一是，结果造成明军高层在战略意见上不统一，影响战争指挥：一开始是提督主战而经略不许；后来，当碧蹄馆战后日军后撤时，又变成经略主张急追，提督主张缓进。
依朝鲜史书宣祖实录的纪载，自从日军登陆以后，朝鲜水军随即在全罗左道水军节度使李舜臣率领下展开一连串的反击：
- 5月初6日：闲山岛，庆尚道右水使元均与全罗左水使会师有战舰80艘，进到玉浦，遇敌船30馀艘，击破26艘
- 5月初7日：再度会师，听到国王西幸的消息，诸将放声痛哭。
- 5月初9日：舰队解散，各回本镇。
- 5月29日：露梁会师，遇敌1艘，击毁。又遇敌战船12艘，悉数击毁。
- 6月初2日：唐浦，遇敌舰20艘，中卫将权俊撞破敌指挥舰，并射死敌将。
- 6月初4日：唐浦，全罗道右水使李亿祺领战舰25艘会师。
- 6月初5日：出外洋，后移泊固城唐项浦中洋，派三艘船侦查，一出海口即遇敌舰26艘，会战，焚敌舰100馀艘，斩首210馀级，溺水无算。
- 6月初6日：追敌外洋，焚一船。
- 6月初9日：罢兵归镇。
- 7月初6日：舜臣与亿祺会师露梁，元均修理破船7艘先来，敌舰70馀艘自永登浦移泊见乃梁。
- 7月初8日：舟船至中洋，敌退我追，敌舰70馀艘列阵内洋不出，以佯退引出至闲山洋前，以鹤翼阵，先破3艘，焚63艘，400馀日军弃舟上陆潜逃。
- 7月初10日：安骨浦，敌40艘，列泊洋中，鳞次列阵不出，我舰反复冲杀，尽毁敌舰，三阵斩首250馀级，溺死无算。
在明军驰援的同时，朝鲜水师在海战则占据了主动权。1592年5月4日，当时的朝鲜全罗左道水军节度使李舜臣，统率75艘舰船驶出全罗南道丽水港，准备对日军发动进攻。日军藤堂高虎部率领50艘木制战船。5月7日，朝鲜水师偷袭正登岸的日军舰队，日军被杀个措手不及。一轮激战过后，日军损失惨重，被朝鲜水师消灭了十几艘战船，有数只舰船试图逃跑也被歼灭。李舜臣继而在合浦、赤珍浦海面再歼灭馀下的日军。5月9日，这场海战最终结束。从此朝鲜水师掌握了制海权。全场海战朝鲜水师共歼灭日舰26艘，日军伤亡甚众，相对而言，朝鲜水师只是伤亡了很少的兵力，舰船更是丝毫无损。
玉浦海战是壬辰战争爆发以来，朝鲜军队的首场大捷，大大振奋了朝鲜军民抗敌的决心，并使得日军输送兵力和粮食辎重至朝鲜半岛从此变得困难，因为日军在此战后已丧失大半制海权。
1592年5月27日，日本水师不甘失败，转而向庆尚道的泗川进攻。李舜臣得知消息后，立即于5月29日率船队23艘出发，迅速驶至泗川海湾外面。当时海湾内共有12艘日本楼船，但日军对上次海战失利犹有馀悸，因此当他们见到朝鲜水师驰援，便迅速逃至陆上，在山上布防。李舜臣于是命朝鲜水师假装撤退，以引诱日军登船追击，结果日军中计。这时正好潮涨，大大有利于朝鲜水师的船和板屋船这类大型舰船活动，因此当日舰出动时，李舜臣即下令众舰船迎击。很快地，日舰便被打败。而李舜臣虽然在战斗中负伤，但仍继续指挥官兵杀敌，结果12艘日舰全部被击沉。经此战役，日本水师再不主动进攻，而改为防御和偷袭朝鲜水师。
6月2日，李舜臣统领的朝鲜水师船队主动出击，进攻在唐浦港内停泊的21艘日舰，日舰被朝鲜水师两面包抄，最后被全歼。唐浦海战获胜后，李舜臣稍事休整。6月4日，与全罗右水使李亿祺会师，并于6月5日清晨齐其一起率领51艘战船，向固城唐项浦的海湾内的26艘日舰进攻，并从两面对其包抄围攻。结果日舰除了一艘被故意放走外，其馀全部被歼灭。当晚，该艘故意放走的日舰将岸上日军接载上船，并欲于6月6日凌晨逃走，但这正中了李舜臣的计谋，结果朝鲜水师歼灭了该艘日舰，固城唐项浦海湾的全部日舰均被歼灭。6月7日，朝鲜水师再度出击，向栗浦的7艘日舰进攻，日军不敢迎战，掉头便跑，但结果仍被李舜臣全歼。
这三场海战后，日本水师大受打击，但日军主帅仍未心息，决定集结兵力，与朝鲜水师进行决战，是为闲山岛海战。
为了与朝鲜水师进行决战，日本水师在巨济岛一带集结，准备兵分三路向朝鲜水师发动进攻。而李舜臣则将其全罗道的舰队和庆尚道的部分舰队组成联合舰队，准备迎战。7月6日，李舜臣进兵出唐浦附近水域，并于7月7日清晨，将集结于巨济岛的日本水师引至闲山岛附近水域决战。李舜臣选择在此地决战是因为这里有著较为宽阔的深水环境，易于设置埋伏，可以向日本舰队进行包围歼灭。
在决战开始不久后，朝鲜水师的战船即将日军包抄起来，而朝鲜水师的船则向日军舰队直撞过去，很快便撞翻了日军舰队前列的几艘大船，而其馀朝鲜战船也奋勇杀敌，与敌作殊死战，结果日军的61艘战舰被全歼。
经此一役，日本水师完全丧失制海权，无法运送军粮，日本陆军因此无法再行侵略，结果丰臣秀吉只有与明朝讲和，改令日军于朝鲜南端建筑倭城以作防备和储粮之用。而李舜臣则被封为二品正宪大夫、三道水师统制使。
1592年10月4日李舜臣与李亿祺、元均等欲率水师奇袭釜山城，切断日军联结对马及九州的补给线。然而日本军早已得知消息做好准备，闭门不出 ，从城中枪击重创朝鲜军。朝鲜将领郑运中弹身亡，险些被俘虏的李舜臣逃向加徳岛。连胜皆捷的朝鲜水师损失惨重，此役战果仅止于烧掉釜山城下400余艘空船。李舜臣不再轻易言战，转为攻击没有战船护卫的运输船，降低日军补给能力。
1593年（文禄二年）六月，日本因海战失利补给无法送至，加上朝鲜破坏过度，造成瘟疫流行，当地征发粮食不易，以及急于保全占据朝鲜南部四道的战果，遂派使节随同明使沈惟敬由釜山至北京城议和。7月，明廷宣诏退兵以进行日本封贡事宜，于是李如松大军撤退，只留刘𬘩及游击吴惟忠共七千六百人分别扼守要口。但兵部尚书石星一意主和，再撤吴惟忠部，结果只留刘𬘩部防守。9月，朝鲜国王李昖虽上表答谢朝廷援救及助其复国，但是暗中对明、日议和却排除朝鲜有所不满——此时日军仍然占据朝鲜南部四道，并控制釜山城。12月，明廷命蓟辽总督顾养谦兼责打理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松；明帝虽下旨撤军，但认为“倭情狡诈，未可遽称事完”。
1593年（文禄二年）5月8日，丰臣秀吉在名护屋会见了到达日本的明朝使团。由于语言不通，双方的会谈仍就在沈惟敬和小西行长间进行。丰臣秀吉提出了“大明、日本和平条件”七条如下：
- 迎明帝公主为日本皇后；
- 发展勘合贸易；
- 明日两国武官永誓盟好；
- 京城及四道归还朝鲜，另外四道割让于日本；
- 朝鲜送一王子至日作为人质；
- 交还所俘虏的朝鲜国二王子及其他朝鲜官吏；
- 朝鲜大臣永誓不叛日本。
沈惟敬竟擅自答应了这七条，并对同行的谢用锌、徐一贯等人诈称丰臣秀吉已同意向明朝称臣，请求封贡，并撤回侵朝日军。另一方面，小西行长则对丰臣秀吉报告说，明使已同意他的条件，只需遣使与明使一道前往北京请明帝批准条款。就这样，在两边谈判者各自对上隐瞒实情的状况下，中、日双方几乎就要达成“协议”。1594年10月，日本派出议和使者小西飞驒守如安（小西如安本氏“内藤”，号“如安”；“飞驒守”是他的官位，但明、朝两国当时的纪录却将其人名误为“小西飞”）与明朝使团一道去北京。
小西如安在北京与明兵部尚书石星谈判，兵部官员还与小西进行了详细的对谈；但小西如安欺对方不懂日语，信口答应了石星提出的三项条款：
- 日军在受封后迅速撤离朝鲜和对马；
- 只册封而不准求贡；
- 与朝鲜修好不得侵犯。
同时，沈惟敬也对明廷递交了伪造的日本降表；明朝君臣大为满意，万历帝立即决定册封丰臣秀吉为“日本国王”，并按小西提供的名单册封了日本国大臣。其后于1595年1月，明廷正式派出使者，令沈惟敬陪同前往日本册封丰臣秀吉；册封诏书内容如下：
| “ | 奉天承运皇帝，制曰：圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方 。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。 嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当兹盛际，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕来同。北叩万里之关，肯求内附。情既坚于恭顺，恩可靳于柔怀。兹特封尔为日本国王，赐之诰命。于戏龙贲芝函，袭冠裳于海表，风行卉服，固藩卫于天朝，尔其念臣职之当修。恪循要束，感皇恩之已渥。无替款诚，祗服纶言，永尊声教。钦哉！ | ” |
这封诏书现存于大阪历史博物馆，为惯用的御笔文体写就，使用一贯的中央大国皇帝对蕞尔小邦降恩封赏的口气；据《日本外史》记载丰臣秀吉对此勃然大怒道：“吾掌握日本，欲王则王，何待髯虏之封哉！如天朝何。”将诏书撕碎于地，并怒逐明使臣，不久后再次遣兵入侵朝鲜。
当时奉旨与日本谈判的石星、沈惟敬等人一心欺瞒蒙混，竭力对万历皇帝掩盖丰臣秀吉的真实意图，妄图侥幸无事；然而后来丰臣秀吉将负责议和的小西行长治罪，并驱逐明、朝使团出境，使得历时两年的“和局”彻底破裂，沈惟敬乃滞留朝鲜，不敢回国。他假造了一道丰臣秀吉的谢恩表，交由另一使臣递交明廷，但这道假冒文件被明廷识破，再加上朝鲜方面传来日本再度备战的消息，明万历帝方知上当，大怒，即令邢玠将石星下狱问罪，并命驻朝明军捉拿沈惟敬，就地正法。
有人对《日本外史》的历史真实性存在质疑，其一根据《日本外史》原文“取册书扯裂之”[27]，撕裂诏书一说应为后世创作作品所述，实际上秀吉将本文件交由堀尾吉晴保管，现在是日本的重要文化财，收藏于大阪历史博物馆（“绫本墨书 明王赠豊太阁册封文”），另由岛津义弘写给儿子忠恒的一封信显示，秀吉在1596年9月1日会见明朝使者时心情很好，而且没有迹象表明秀吉对册封行为有任何反对。
其二是根据当时随行的官员以及在日本传教的外国传教士的描述。根据册封副使的说法当时的册封是这样的：
| “ | 秀吉择以九月初二日，迎于大阪受封。卑职先往教礼，奉行惟谨。至日，迎请册封时，直至中堂，颁以诰印、冠带服等项，率众行五拜三叩头礼，件件头项，习华音，呼万岁，望阙谢恩，一一如礼。礼毕，开宴使臣及随行各官，是晚，秀吉亲诣卑职寓所，称谢。 | ” |
根据册封正使杨方亨的说法：
| “ | 次日领受圭印、官服，旋即披执顶被，望宫行五拜三叩头礼，承奉诰命。受封讫，嗣至职等寓所，再申感激天恩，及慰劳职等涉历劳顿，等语。 | ” |
当时在日本传教的外国传教士路易斯·弗洛伊斯，在‘十六・七世纪イエズス会日本报告集（十六・七世纪耶稣教会日本报告集）’中也描写了相似的场景。所以丰臣秀吉当下是答应了明朝封赏，但后来态度才有了变化。
| 第二次朝鲜之役 （日：庆长之役、韩：丁酉再乱） | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 朝鲜之役的一部分 | |||||||
 描绘朝鲜之役海战（推测为鸣梁海战）战况的图画 | |||||||
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| 参战方 | |||||||
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大明 朝鲜 | 日本丰臣政权 | ||||||
| 指挥官与领导者 | |||||||
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大明： 经略杨镐 总督军务邢玠 总兵麻贵 李如梅 董一元 杨元  刘𬘩 副总兵解生 水师副总兵陈璘 水师副总兵邓子龙 † 陈愚忠 副总兵吴惟忠 等 朝鲜： 柳成龙 权栗 金命元 元均 † 李舜臣 † 惟政 李亿祺 † 崔湖 † 柳崇仁 † 徐礼元 † 黄世得 † 李宗张 † 尹兴信 † 朝鲜民兵： 郭再祐 等 | 军团编制同第一次冲突 | ||||||
| 兵力 | |||||||
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大明：约75,000人 朝鲜：190,000人 （包含民兵） | 约141,500人 | ||||||
| 伤亡与损失 | |||||||
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大明：约4万人 朝鲜：约12万人 （均为两次冲突合计） |
约10万人 （两次冲突合计） | ||||||
| 朝鲜平民约100万人死亡（两次冲突合计） | |||||||
在第一次冲突平息了两年多后，1596年4月，明朝的使者李宗城因为犯了贪淫罪，被日本守臣所逐，奔还汉城，朝鲜方面随即下诏逮捕其入狱，但已惹来丰臣秀吉的不满。5月，明朝再次提议赐封丰臣秀吉，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬一同前往。9月，明朝赐封的使者杨方亨抵达日本，但丰臣秀吉因朝鲜王子不偕同前来以答谢而发怒。结果丰臣秀吉不肯受封，并决心再次发兵侵略朝鲜。在1597年1月，日军拒不退出釜山，朝鲜得知日军再次入侵，于是遣使再至明朝求援。这次再侵朝鲜，丰臣秀吉吸收了上次海战失利使得不能大量运兵和运输补给的教训，使用反间计诬陷李舜臣阴谋篡权，使得李昖将李舜臣下狱，其后将其贬为士兵，只能白衣从军。
1597年2月（明万历二十五年正月），丰臣秀吉发动了第二次对朝战争。这次来势更加汹汹，准备更加充足。神宗得讯后，知道使臣和兵部没有把日本方面的真实意图动向报告朝廷，一心求和，竭力欺瞒。当即大怒，马上下令革去兵部尚书石星等人的职务，令邢玠以兵部尚书出任总督，都御史杨镐经略朝鲜军务，再次出兵援朝。同时下谕旨声明石星罪状“倭奴狂逞，掠占属国，窥犯内地，皆前兵部尚书石星谄贼酿患，欺君误国，……着锦衣卫拿去法司，从重议罪来说”。
1597年初，日本出动陆军141,490人，水军22,100人，水陆并进再度入侵朝鲜。
2月，明朝再次议定援朝征日，以麻贵为备倭总兵官，统率南北诸军。在3月，明朝以山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，并以兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。5月，邢玠赶至辽东。
开赴至朝鲜的第一批明军共约3万余人。
- 总兵麻贵率1万7千人驻守汉城
- 杨元率辽东骑兵3千人，驻守南原
- 陈愚忠率骑兵3千人，屯兵全州
- 吴惟忠率4千人进至忠州，与南原军互相呼应
- 茅国器率兵3千人屯星州，控制岛岭、秋风岭
明军的战略部署是，上述各军据守本部要塞，待总督邢玠率领的4万大军一到，明军和朝鲜军即转入战略反攻，由南原、忠州发动钳形攻势，直捣釜山之敌。
6月，日本小型兵船数千艘停舶于釜山，逐步向梁山、熊川逼近。8月，日本攻破泗川、南海、光州，最后进攻南原（为全罗道外藩，一旦失守，天津、登、莱皆可扬帆而至）。
在八月十三日，由宇喜多秀家、小西行长和岛津义弘等所率领的五万大军来到南原城外，因为朝鲜水军的覆没导致南朝鲜的防线开始崩溃，而南原周围的朝鲜守军也陆续逃离岗位。南原顿时成为孤城，内中的守军以杨元所率领的3000明军为主，李福男等韩将亦率领一千多朝鲜军驻守在此。
在三天围城后南原守军不支而被攻破，杨元率领少数随从成功突围，而诸位韩将则全数阵亡，其中杨元曾邀李福男与其一起突围然而被严正拒绝。杨元虽然成功突围回到汉城，然而事后因全军覆没之罪被明朝下令处决。
攻破南原后，付出很大伤亡代价的日军屠城一日。这时驻全州的明将陈愚忠因南原失陷立即撤退，这样加藤清正的右路军便兵不血刃的拿下了全州。之后日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地，汉城的屏障尽失，再一次濒临险境，朝鲜局势再度危若累卵。9月6日，麻贵命副总兵解生等率军2千，奔赴稷山北部，巩固汉城的前沿阵地。7日，于稷山附近与日本黑田长政率领的日军第三军团发生遭遇战，根据中兴志以及宣祖实录的叙述明军以骑兵战术大破日军，明军的后续部队杨登山率军赶到，大败黑田长政，明军伤亡200馀人，日军死亡500-600馀人，后因毛利秀元大军赶到而撤退。
9月，明军逮捕前兵部尚书石星下狱，并与在明军和日军之间两边获取利益的沈惟敬一同俱论罪处死，结果石星于1599年死于狱中，沈惟敬则于市集斩首。
10月麻贵以李如梅率数千攻向星州谷城，城将小早川秀包、筑紫广门起先死守，之后迎接小早川秀秋派出的援军山口正弘、南部无右卫门后转守为攻，如梅遂退去。同10月攻打青山的日军毛利秀元等则被参将彭友德率领的明丶朝联军重兵包围，死伤惨重，幸蔚山城将浅野幸长、宍户元续、太田一吉的接应援护才撤退。12月，援朝明军与日军大战于蔚山。
根据《晚明史》一书的记述，当时在朝兵力，明军远低于日军，丰臣秀吉调动的侵朝兵力，这时候已达十二万之多，而明朝方面的援军根据朝鲜王朝《宣祖实录》的记载，明军达十一万人。不过这些数字都是万历二十六年的事，万历二十五年战争初期兵力没有达到这一水准， 日军明显占据优势地位。
所以一开始明军在朝鲜的形势相当困难，据守的城市接连沦陷，进攻也遭失败。在第一次蔚山之战中，经略杨镐被日将小早川秀秋击败，阵亡二万。[28][29]明军战死的军官有游击杨万金、千总麻来、李洞宾、周道继、王子和、张应元、陈观策、钱应太，把总郭安民，哨总汤文瓒等。此外游击陈寅与陈愚冲两人负伤。但在万历帝坚定不移的支持之下，形势开始逆转，日军逐渐抵挡不住明军的攻势，据朝鲜人赵庆男《乱中杂录》记载：“丁酉九月六日，天将副总兵解生等，大败贼众于稷山金岛坪，加藤清正等退遁，流下岭南……麻贵领大军启行，至水原下寨，遣 兵埋伏于芥川上下，以为后援……七日黎明，天兵左协出柳浦，右协发令通，大军直从坦途，锣响三成，喊声四合，连放大炮，万旗齐颤，铁马云腾，枪剑奋飞，驰突乱砍，贼尸遍野，一日六合，贼逝披麾……翌日平明，贼兵齐放连炮，张鹤翼以进，白刃交挥，杀气连天，奇形异状，惊惑人眼。天兵应炮突起，铁鞭之下，贼不措手，合战未几，贼兵败遁，向木川清州而走”。
日军遭此惨败之后，明军乘胜追击，接连获胜，二十三日又攻取蔚山，最后把日军将领加藤清正率领的1万6千人围困在岛山，虽让日军饿死达上万人，仅馀千人，但这时候日本大批援军到来前后包夹明军，这时候明军的经略杨镐惧敌又临阵脱逃，仓促撤军，反而使明朝联军被斩杀数千人。
而明军于攻打蔚山期间，明将高策趁日军大部赶往蔚山援救之时率军偷袭日军大本营釜山，也被日将立花宗茂以8百人用夜袭和火计击退，是为般丹之战，同时更有另一支明朝联军偷袭梁山，但被黑田孝高击退。
1598年1月，明朝援朝和攻打蔚山的军队因为日本的毛利秀元、黑田长政等日军的援兵突然赶至，大为震惊。杨镐赶不及下令，便策马率先赶奔汉城，麻贵亦继而赶之，一时间所有军队皆溃败。只有副将吴惟忠、游击茅国器断后，日军在得胜后暂退以保住胜果，明军的辎重大多丧失。杨镐与邢玠却向明朝朝廷谎报前线大捷。但当时各营欲向明朝朝廷回报，士卒死伤二万，这使杨镐大怒，按而不报，只称死伤百馀人。赞画主事丁应泰得知战败，至杨镐处商议应对计略，但杨镐竟出示张位、沈一贯的手书，扬扬自得。这令丁应泰愤而向朝廷回报战败事实，明朝首辅赵志皋欲保杨镐，决定暂时不逮捕他，但亦遣官查察。
2月，邢玠招募江西水军，并欲以海路运兵以作持久之计，5月明朝廷叫回攻略蔚山城失败的杨镐，新增兵力给于刘𬘩、邢玠并调派水陆约15万军力进朝鲜，于是都督陈璘以两广之兵，刘𬘩以四川之兵，邓子龙以浙江、南京之兵赶至增援，明将张榜、蓝芳威等于此时参阵。6月，杨镐罢职候查。
战事再起之初，朝鲜水师由元均率领。然而，元均于1597年8月27日（万历二十五年七月十五）在漆川梁遭日将藤堂高虎的伏击而阵亡，朝鲜水师几乎全军覆灭，朝鲜更是丧失了制海权。无奈之下，朝鲜政府再次起用本来已遭罢黜的李舜臣。李舜臣到任时，原来苦心经营的水师，只剩下数艘舰只。但他因为身系救国重任，惟有在这个逆境里尽其全力，在全罗道右水营著手重建海军。8月28日，李舜臣指挥著这支刚重建的水师，再度与日本水师决战，而决战地就是在鸣梁海峡。
李舜臣守在鸣梁海峡，但因兵力薄弱，所以决定设陷阱，派人乘退潮时在岸边设置了铁索与木桩。9月16日，日军统帅藤堂高虎率领330馀艘战船和2万陆军出发，欲趁涨潮时攻进鸣梁海峡，全歼朝鲜水师。李舜臣首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以扰乱日军，使其以为朝鲜水师已恢复过来。他自己则亲率12艘战船引敌深入鸣梁海峡。在成功引诱日军进攻后，隐蔽在山脚的朝鲜海军突然对日军发起集中的攻击，炮轰日舰。日军欲发起反击，由于朝鲜海军占据地利优势，无法打中目标。朝鲜海军趁机对准日军指挥舰发起攻击，歼灭日军指挥舰和其他战船2艘，当场击毙日军主帅来岛通总。就在这时，潮水开始退却，日舰相互撞击，阵势大乱，大量日舰挤在狭窄的海峡内，成了极其被动的攻击目标。朝鲜舰船趁势进攻，日舰因失去主帅，军心散涣，只得顺潮向东撤退，但却遇上李舜臣事先埋下的铁索和木桩，无法退却。朝鲜海军发起总攻，凭借着13艘军舰成功击沉日舰36艘，击毁92艘，并击毙日军8000馀人，大获全胜，而朝鲜只阵亡14人。朝鲜再度重创了日本水师，成功切断稷山之战以来受日军控制的黄海补给线，重新掌握了制海权。
同年，日军小早川秀秋等部七万多人以修整名义休整回国，以包含加藤清正、岛津义弘等所部在内的64,000兵力防守占领区。
邢玠将明军兵力分为水陆四路，每路置一名大将，中路李如梅（后替换为董一元），东路麻贵，西路刘铤，水路陈璘，各自负责握守要地，相机而动，进攻之时，各率约五万分三路，以麻贵攻蔚山、董一元、刘铤进攻泗川、顺天。
万历二十六年（1598年、日本庆长三年）8月，明将麻贵率领24000人、朝鲜将金应瑞率领5514人，攻打由加藤清正把守的蔚山倭城。明、朝联军在蔚山一带斩获日军甚众。加藤清正将明军诱入空城之内，伏兵突起，联军被打败。[30]。
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万历二十六年，邢玠将援朝军分为三路，东路麻贵，进剿加藤清正；中路董一元，进剿岛津义弘；西路刘𬘩，进剿小西行长；陈璘的水军在海上策应。泗川之战便是中路董一元军进行的攻打泗川岛津义弘的战役。 此战明军26000馀人，朝军2200馀人，日军一万馀人；初期联军进展顺利，收复晋州等地，将日军逼入倭城（城堡）；在后续的攻城中，联军甚至一度打破城门攻入，但在这个重要关头明军后方的弹药竟然发生了剧烈爆炸，联军前锋顿成惊弓之鸟，以为背后遭到伏击，竞相奔溃；而城外的部队在如此危急的时刻既没有组织反击也没有接应前军，竟然也加入逃跑的队伍，一时间联军大溃；日军乘机发起反击。 泗川之战联军损失极其惨重，阵亡者尸体枕藉惨不忍睹，幸存的败退者互相搀扶嚎啕大哭，在明朝与朝鲜的记载中，联军阵亡人数有七千一说，有一万一说，日方甚至记载斩敌军三万八千馀，被认为是万历援朝战争中联军损失最为惨重的战役。 战役暴露了明军诸多问题，最大的有两点：其一是丁酉之战明军兵员素质较壬辰之战时大幅度下降，战况利则一拥而上，不利则一哄而散，反映了明军精兵较少，冗兵较多的现实问题；其二是各部缺乏配合，如果此战中后军坚守阵线不退，则可以稳住前军军心以图再战或者至少将损失降到最低而不至全军溃败沦为鱼肉。 在明军内部，明将董一元本来是做为参军赴朝的，后来临时接替李如梅的职位，对手下的部队并不是很熟悉，将不知兵，无法做到人尽其才，兵不知将，这是带兵的大忌。
第二次泗川战役，由明军近2万人来对抗日军的第5军团1万4千馀人，战役结果明军胜利，共毙伤日军6千馀人，明军伤亡3千馀 日军当时已经知道丰臣秀吉已死，军心涣散，无心恋战。
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驻朝鲜西部日军接到撤退命令后，拟于万历二十六年（1598年）十一月十一日起开始撤退。驻顺天之第二军先撤，接著，驻泗川、南海、固城之日军，依次到巨济岛集结，候船回国。十一日晨，第二军部队登船待发。其先遣部队驶至光阳湾口的猫岛附近海面时，受到中朝联军水师的拦击，退路被截断。为了突破重围，第二军编组了一支冲锋船队，连日向联军水师发起攻击，均未能奏效，只得向驻泗川、南海之日军求援。
此时，驻泗川、新城之日军第五军主力，在岛津义弘率领下，已经登船，只待涨潮出发，驶往巨济岛。岛津义弘接到小西行长的求援信后，当即率领这支庞大的船队，于十八日夜乘月色向露梁海峡疾驶，企图突入光阳湾，解小西行长之围。中途与从南海开来之宗义智部船队会合。两支船队会合后，共有兵力万馀人，舰船500馀艘，于午夜开始通过露梁海峡。 陈璘、李舜臣获悉日援军西进的情报后，立即著手调整部署，决心在露梁以西海域，包围和歼灭救援之敌。其作战部署是： 一、以副将邓子龙率兵1000人，驾3艘巨舰为前锋，埋伏于露梁海北侧，待日船队通过海峡后，迂回到侧后发起攻击，切断其归路； 二、以陈璘率明朝水师主力为左军，泊昆阳之竹岛与水门洞港湾内正面阻击，待机出击； 三、以李舜臣率朝鲜水师为右军，进泊南海之观音浦，待机与明军夹击日军。 朝鲜首相柳成龙亲笔书写的战史 十九日丑时，石曼子（即岛津义弘）率军万馀、战船500只西上，进入露梁海明军预伏地，遭陈璘部阻击，调头南下。天亮，日军发现前有伏兵，又向北回师，遭到北岸邓子龙部截击。联军三面合围，在露梁海与日军展开激战。 此时，“月挂西山，山影倒海，半边微明，我船无数，从阴影中来，将近贼船，前锋放火炮，呐喊直驶向贼，诸船皆应之。贼知我来，一时鸟铳齐发，声震海中，飞丸落于水中者如雨。”[31] 联军驾船逼近日舰，跃上敌船，短兵肉搏。北岸邓子龙率士卒300登上朝鲜船，奋勇冲杀，由于众寡悬殊，邓子龙部旋即被日船包围。 “子龙素慷慨，年逾七十，意气弥厉，欲得首功，急携壮士二百，跃上朝鲜船，直前奋击，贼死伤无数。他舟误掷火器入子龙舟。舟中火，贼乘之，子龙战死。”[32]
战至中午，陈璘派水师副将陈蚕、游击季金率部来援。与此同时，中朝联军水师左右两路分别从南北两个方向，向大岛以东海面之日船队主力，展开了猛烈的攻击。 《朝鲜李忠武公行述》对这场战斗作了生动的描述：“两军突发，左右掩击，炮鼓齐鸣，矢石交下，柴火乱投，杀喊之声，山海同撼。许多倭船，大半延燃，贼兵殊死血战，势不能支，乃进入观音浦，日已明矣。”
陈璘率主力与李舜臣夹击日舰，施放喷火筒，焚毁日军大部分战船。日军跳水登岸，又遭陆上明军截杀，死伤大半。石曼子（岛津义弘）不支，仅率数百只战船溃逃。李舜臣率朝鲜水师跟踪追击，进入观音浦，再度与日军血战。陈璘也率中国水师赶来支援，用虎蹲炮连续轰击，日船纷纷起火。在一片混乱之中，日军仍垂死挣扎，拼命反击。 李舜臣趁势追击, 但被日本人的火绳枪射中胸口, 不幸阵亡[33]。 临终前李舜臣命令麾下将士秘不发丧, 继续追击日军, 烧毁倭船200馀艘。岛津义弘率领残馀倭船百馀艘遁入外海, 经过中朝联军一天的追击, 只剩下百馀艘船狼狈逃走, 其馀倭船均被联军烧毁，二百艘战船沉入海底。小西行长趁海战之际, 率军成功逃脱。至此, 露梁海战结束, 中朝联军获得大胜。
12月，仍然留在朝鲜的日本残兵再次由乙山偷渡，但因为崖深而道浅，将士不敢进。结果陈璘在夜里潜入，向其连珠炮发，日军只得逃去，陈璘更领明军追击将其全灭。[来源请求]
1599年5月（明万历二十七年四月），明军班师回朝，万历皇帝升座午门，接受都督邢玠等献上的日本俘虏六十一人，都“付所司正法”，砍下来的敌人的头颅传送天下。同日，万历皇帝接受百官朝贺，祭告郊庙，把献祭祖先的果酒都分赐给了内阁官员们。次月，颁平倭诏诏告天下。
| “ | 奉天承运皇帝诏曰：
朕缵承洪绪，统理兆人，海澨山陬，皆我赤子，苟非元恶，普欲包荒。属者东夷小丑平秀吉，猥以下隶，敢发难端，窃据商封，役属诸岛。遂兴荐食之志，窥我内附之邦，伊歧对马之间，鲸鲵四起，乐浪玄菟之境，锋镝交加，君臣逋亡，人民离散，驰章告急，请兵往援。 |
” |
根据1569年明兵部侍郎谭纶的记载，明朝军户籍总数3,138,300人，实际兵员为845,000人。在帝国北边服役的军士推测有50万人，马匹10万匹[34]。若万历时期军队数目不变的话，援朝兵力按本条目所载资料前后合计约12万人次（非同时派遣），等于明朝北疆约4.17%的兵力，这个数字不算大，但塞外远征对于一个农业国家而言仍是不小的负担。
此战军费对明朝形成沉重的财政支出；明税率极低，只在5.5%－12%之间，故一般官府税收难以支应大规模突发状况，援朝军费实质上是由太仓库支应。太仓库在1592年时有白银7,000,000两，每年流入约当2,092,000两；此战军费支出，平均一年即达2,400,000两左右，造成了太仓库的赤字。加之万历三大征接连发生，导致终万历一朝，太仓库财力匮乏，造成明末财政的紊乱。[35]
除了长期征伐带给国力日衰的明朝额外负担外，建州卫首领努尔哈赤也通过此战观察了明军的作战方式，使他在日后的对明战役中占得了情报上的优势。[来源请求]
朝鲜受到大规模入侵，全部国土几沦为战场，人民流离失所，战后百业萧条、农产大减，经济秩序多年后仍不能恢复。
战前朝鲜与宋朝一样重文轻武，家中如有两个小孩，念书者坐于堂上，习武者即在堂下供其使唤，如同奴仆。据《宣祖实录》记载，朝鲜兵如同羊群，闻炮声即溃；加之器械不修、城池不固，只能倚赖明军做为抗击日军的主力。经此教训，朝鲜转而重视火器的发展，在炮手的训练上成效尤著；后来满清征兵朝鲜，朝鲜炮手即曾在松锦之战重创清军[36]。明朝两次大军驰援使朝鲜免于亡国，朝鲜对此心存感念。后来虽被满清征服，但在明清战争中一直暗地支持明朝。
战后朝鲜人民对日感情一时恶化，1607年通信使遣日以后，缓化征兆。
丰臣秀吉动用西国大名为主力，打算以朝鲜出征为名以发泄文治派不满的势力（以石田三成等奉行为代表）与武功派（包括加藤清正、福岛正则等武将）的斗争。由于此种矛盾，秀吉死后，日本再度陷入各诸侯国战乱，丰臣政权“大老”德川家康得以联合福岛、加藤诸将，在1600年的关原之战中击败由石田三成号召、另一“大老”毛利辉元领衔的反德川势力，夺得最高权力；最后取丰臣家而代之，开创了由德川氏世袭的江户幕府政权。
由于此役缘故，大批朝鲜人雇工及平民战俘被带往日本，其中的陶艺工匠将大陆式瓷器及瓦片制作技术引入日本，一般俘虏（有的被卖为奴隶）则多少填补了日本劳动力的损失；此外，其时方兴未艾的日本儒学，也因朝鲜学者及书本的挹注而蓬勃发展，终于催生了江户时代的朱子学与水户学。
在京都市丰国神社附近建有埋藏朝鲜与明朝将士耳鼻的耳冢，但实际是否真的埋有这些耳鼻并没有确认[37]。当时统计战死者数量以所割鼻为准.原名鼻冢，后林罗山因不雅而改名耳冢。
- 1592年
- 1593年
- 1597年
- 1598年
- 明朝方面
- 未参战将领
- 第二次冲突参战将领
- 朝鲜王朝方面
- 郑希得、郑文孚、大添・小添、沙也可（金忠善）、郑拨、金命元、惟政、休静、金应瑞、李桓福、李阳元、李英男、桂月香、许浚、论介、李参平、郑起龙、高敬命、赵宪、崔庆会、尹斗寿、尹根寿、李恒福、李德馨、陈武晟、韩濩、黄慎
- 日本丰臣政权方面
- 大谷吉继、增田长盛、长谷川秀一、木村重兹、小西行长、加藤清正、细川忠兴、黑田长政、前野长康、浅野幸长、吉川广家、片桐且元、糟屋武则、贵田孙兵卫（毛谷村六助）、大石智久、熊谷直盛、小早川隆景、安国寺惠琼、立花宗茂、锅岛直茂、岛津义弘、宇喜多秀家、宗义智、 竹中重门、 寺泽广高、织田秀信、 稻叶贞通。
- 未参战将领
- 其他
- Gregorio Céspedes、庆念
- 小濑甫庵《太阁记》（吉田丰译《太阁记》1-4，教育社新书）
- 《西征日记》（小西行长的从军僧人天荆著，收录于《续续群书类从》）
- 路易斯·弗洛伊斯‘完訳フロイス日本史5 豊臣秀吉篇2’
- “普闻集”（页面存档备份，存于互联网档案馆）（锅岛直茂从军僧人是琢著，近代デジタルライブラリー藏）
- 《松浦法印征韩日记抄》
- 《松浦古事记 （页面存档备份，存于互联网档案馆）》
- 《宗氏家谱》
- 《宇都宫高丽归阵物语》
- 《朝鲜记》（太田一吉的家臣大河内秀元著）
- 《朝鲜日日记》(太田一吉的家臣、安养寺医僧庆念著。大分県立図書館Q＆A）
- 《清正高丽阵觉书 （页面存档备份，存于互联网档案馆）》
- 《朝鲜南大门合战记 （页面存档备份，存于互联网档案馆）》
- 《朝鲜征伐记 （页面存档备份，存于互联网档案馆）》
- 《征韩伟勋录 （页面存档备份，存于互联网档案馆）》
- 《元亲记》、《土佐物语》（长宗我部元亲的相关记录）
- 《立花朝鲜记》（安田国继著）
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